More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4064 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4064  permease  100 
 
 		 349 aa  669    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0111  hypothetical protein  75.71 
 
 		 391 aa  510  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.239724 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2037  protein of unknown function UPF0118  69.91 
 
 		 405 aa  463  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0579571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1838  protein of unknown function UPF0118  69.91 
 
 		 398 aa  461  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00200619  normal  0.0419691 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3672  hypothetical protein  64.83 
 
 		 396 aa  443  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00326083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1564  putative transmembrane transport protein  62.75 
 
 		 406 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3044  hypothetical protein  63.43 
 
 		 398 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0215  hypothetical protein  62.75 
 
 		 406 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3370  hypothetical protein  58.65 
 
 		 360 aa  389  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0472  hypothetical protein  58.14 
 
 		 373 aa  387  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0479  hypothetical protein  56.45 
 
 		 372 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3551  hypothetical protein  56.45 
 
 		 364 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0477  hypothetical protein  56.98 
 
 		 368 aa  385  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0447  hypothetical protein  57.48 
 
 		 360 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3886  hypothetical protein  57.48 
 
 		 359 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4008  hypothetical protein  57.18 
 
 		 360 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3812  protein of unknown function UPF0118  57.18 
 
 		 356 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1275  hypothetical protein  34.24 
 
 		 354 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0268  protein of unknown function UPF0118  36.11 
 
 		 363 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0767  hypothetical protein  33.84 
 
 		 350 aa  184  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5064  protein of unknown function UPF0118  35.6 
 
 		 359 aa  179  8e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.949113 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5011  protein of unknown function UPF0118  34.74 
 
 		 359 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.022243  normal  0.128908 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4551  hypothetical protein  34.74 
 
 		 359 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0235388 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0796  hypothetical protein  33.84 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1067  hypothetical protein  33.97 
 
 		 356 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3296  protein of unknown function UPF0118  33.04 
 
 		 381 aa  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.854034  normal  0.185219 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5018  hypothetical protein  35.62 
 
 		 372 aa  168  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.454575  normal  0.302548 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0984  hypothetical protein  33.97 
 
 		 356 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2299  hypothetical protein  33.97 
 
 		 356 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4321  hypothetical protein  31.66 
 
 		 380 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0949244  normal  0.333615 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4274  hypothetical protein  33.02 
 
 		 356 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.444788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3243  hypothetical protein  32.71 
 
 		 356 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.340258  normal  0.654322 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0130  hypothetical protein  33.97 
 
 		 356 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1401  hypothetical protein  33.97 
 
 		 356 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1484  hypothetical protein  33.97 
 
 		 356 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0518  hypothetical protein  33.97 
 
 		 356 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1578  protein of unknown function UPF0118  34.98 
 
 		 373 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.373133  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1696  hypothetical protein  32.29 
 
 		 391 aa  161  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551892  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4180  hypothetical protein  33.23 
 
 		 356 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.664917 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3702  hypothetical protein  33.23 
 
 		 356 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1735  hypothetical protein  31.76 
 
 		 356 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4945  protein of unknown function UPF0118  30.39 
 
 		 360 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0255148  normal  0.175503 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2098  hypothetical protein  34.04 
 
 		 368 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3280  hypothetical protein  30.72 
 
 		 361 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.300759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2601  hypothetical protein  31.78 
 
 		 352 aa  146  5e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.99204  normal  0.455316 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1702  hypothetical protein  28.97 
 
 		 360 aa  146  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221894  normal  0.568838 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  29.09 
 
 		 362 aa  145  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4853  hypothetical protein  32.72 
 
 		 361 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0271  hypothetical protein  30.67 
 
 		 379 aa  143  6e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0810  protein of unknown function UPF0118  42.62 
 
 		 351 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0661  hypothetical protein  42.62 
 
 		 351 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0297  hypothetical protein  30.58 
 
 		 379 aa  139  6e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2209  hypothetical protein  29.54 
 
 		 409 aa  136  7.000000000000001e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0013  hypothetical protein  33.23 
 
 		 363 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00247664 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3734  hypothetical protein  30.46 
 
 		 350 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1869  protein of unknown function UPF0118  32.4 
 
 		 363 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2147  hypothetical protein  31.06 
 
 		 357 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1705  hypothetical protein  29.63 
 
 		 349 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.873743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3487  hypothetical protein  30.25 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1381  protein of unknown function UPF0118  27.95 
 
 		 371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000171014  decreased coverage  0.00070323 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4162  hypothetical protein  29.41 
 
 		 350 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0338  hypothetical protein  30.11 
 
 		 365 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88474  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4200  hypothetical protein  29.23 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2676  hypothetical protein  27.33 
 
 		 388 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2029  hypothetical protein  27.92 
 
 		 348 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.850073 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0549  protein of unknown function UPF0118  29.41 
 
 		 384 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0941477  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1154  hypothetical protein  28.57 
 
 		 358 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000550105  normal  0.0344505 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0582  hypothetical protein  25.62 
 
 		 367 aa  113  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0275552  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2221  lipoprotein, putative  28.3 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0102435  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3189  protein of unknown function UPF0118  28.17 
 
 		 361 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000846761  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3174  hypothetical protein  27.64 
 
 		 371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169461  normal  0.752301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3492  hypothetical protein  27.8 
 
 		 387 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.705437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1973  hypothetical protein  27.13 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000012652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0987  hypothetical protein  29.3 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.89372 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2012  protein of unknown function UPF0118  27.3 
 
 		 363 aa  106  7e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.578603 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2457  hypothetical protein  29.32 
 
 		 362 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4026  hypothetical protein  26.98 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10160  hypothetical protein  30.15 
 
 		 364 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.406243  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3980  hypothetical protein  28.35 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0192  protein of unknown function UPF0118  29.13 
 
 		 358 aa  102  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.146754  normal  0.226796 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2083  hypothetical protein  27.93 
 
 		 356 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.84015  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4092  permease-like  29.64 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.322579  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  26.4 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1821  hypothetical protein  30.9 
 
 		 381 aa  100  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7289  hypothetical protein  27.22 
 
 		 353 aa  100  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.815912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1907  protein of unknown function UPF0118  30.9 
 
 		 352 aa  100  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0488  hypothetical protein  28.17 
 
 		 371 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1844  putative inner membrane protein  25.96 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1738  putative inner membrane protein  25.96 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3648  hypothetical protein  28.57 
 
 		 354 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.505772  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4988  hypothetical protein  26.71 
 
 		 347 aa  97.8  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4061  hypothetical protein  29.18 
 
 		 351 aa  97.1  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2597  putative inner membrane protein  25.81 
 
 		 365 aa  96.7  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3249  hypothetical protein  29.1 
 
 		 350 aa  96.7  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.691639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0783  hypothetical protein  26.47 
 
 		 353 aa  95.9  8e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0901  protein of unknown function UPF0118  26.75 
 
 		 365 aa  95.9  9e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2238  protein of unknown function UPF0118  26.69 
 
 		 379 aa  95.1  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.605073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0491  hypothetical protein  26.45 
 
 		 359 aa  95.1  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0854  membrane protein  27.83 
 
 		 363 aa  94.4  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0563046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43510  hypothetical protein  29.09 
 
 		 355 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>