177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3045 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3045  sugar-binding protein, putative  100 
 
 
368 aa  759    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0877  sugar-binding protein, putative  69.35 
 
 
336 aa  497  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.222726 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3533  sugar-binding protein, putative  67.86 
 
 
336 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1940  sugar-binding protein, putative  68.26 
 
 
334 aa  489  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3714  sugar-binding protein, putative  65.77 
 
 
336 aa  487  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1611  sugar-binding protein, putative  65.87 
 
 
336 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.677108  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2717  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  33.94 
 
 
311 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37920  periplasmic sugar-binding protein  34.38 
 
 
340 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04030  periplasmic sugar binding protein  32.39 
 
 
316 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0192587  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51630  periplasmic sugar-binding protein  32.07 
 
 
355 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4930  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  30.67 
 
 
329 aa  143  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.947336 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49230  Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.54 
 
 
376 aa  139  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_54411  predicted protein  30.13 
 
 
626 aa  134  1.9999999999999998e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0187117  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2945  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  29.38 
 
 
329 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.64676 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3423  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  29.43 
 
 
328 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.79 
 
 
331 aa  106  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1601  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.45 
 
 
345 aa  94.7  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.101113  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  24.27 
 
 
331 aa  90.5  5e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
323 aa  89  1e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
323 aa  89  1e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0973  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.75 
 
 
343 aa  81.6  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000623082  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.87 
 
 
338 aa  79.3  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.9 
 
 
343 aa  76.3  0.0000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
337 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1984  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28 
 
 
348 aa  73.6  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0778  ribose ABC transporter periplasmic-binding protein  25.9 
 
 
353 aa  71.6  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.481404  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5809  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  38.46 
 
 
331 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0805493 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1963  sugar ABC transporter substrate-binding protein  25.76 
 
 
320 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4070  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  31.28 
 
 
328 aa  67  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6155  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  23.95 
 
 
317 aa  66.6  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0424251 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.44 
 
 
337 aa  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.04 
 
 
316 aa  65.1  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19860  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.45 
 
 
318 aa  65.5  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2192  ribose ABC transporter, substrate-binding protein  31.1 
 
 
327 aa  63.2  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6710  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  36.79 
 
 
331 aa  62.8  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.440152 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2854  putative secreted solute-binding lipoprotein  28.99 
 
 
324 aa  62.8  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6266  rhamnose ABC transporter rhamnose-binding protein  32.77 
 
 
331 aa  61.6  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.569594  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2119  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  29.34 
 
 
341 aa  61.2  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.37979  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0225  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  40.66 
 
 
329 aa  60.5  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.222304  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3570  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  35.04 
 
 
331 aa  59.7  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0352467  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4599  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  24.62 
 
 
320 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.841849 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  25.52 
 
 
295 aa  58.9  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2212  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  25.97 
 
 
330 aa  58.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.104968 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2266  putative sugar ABC transporter, sugar-binding protein  33.33 
 
 
347 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.092972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2594  putative periplasmic binding ABC transporter protein  40.22 
 
 
332 aa  57.8  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.693301  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1681  putative secreted solute-binding lipoprotein  29.19 
 
 
344 aa  57.4  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.156663  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.17 
 
 
345 aa  57.4  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0494  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30 
 
 
305 aa  57  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023475  normal  0.304635 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4054  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.03 
 
 
333 aa  57  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.86065 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3012  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  32.5 
 
 
347 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.156643  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2971  putative sugar ABC transporter, sugar-binding protein  32.5 
 
 
347 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000100497 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2763  sugar ABC transporter sugar-binding protein  32.5 
 
 
347 aa  56.6  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0235197  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2713  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  32.5 
 
 
347 aa  56.6  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.209039  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2975  sugar ABC transporter sugar-binding protein  32.5 
 
 
347 aa  56.6  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.582492  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2434  putative periplasmic binding abc transporter protein  32.76 
 
 
333 aa  56.6  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3013  putative sugar ABC transporter, sugar-binding protein  34.96 
 
 
347 aa  56.2  0.0000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.521892  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2976  putative sugar ABC transporter, sugar-binding protein  32.5 
 
 
347 aa  56.2  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2693  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  33.06 
 
 
347 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.614777  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.4 
 
 
320 aa  55.1  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1365  ribose ABC transporter, periplasmic binding protein  25.6 
 
 
312 aa  55.1  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2985  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.5 
 
 
336 aa  54.7  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.126254  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0656  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.75 
 
 
326 aa  53.5  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.82 
 
 
349 aa  53.1  0.000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2410  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.03 
 
 
310 aa  52.4  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.372916 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4408  hypothetical protein  29.69 
 
 
347 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
312 aa  52.8  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0364  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  37.61 
 
 
329 aa  52.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4476  hypothetical protein  29.69 
 
 
347 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0431  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  37.61 
 
 
329 aa  52.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4406  hypothetical protein  29.69 
 
 
347 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01473  AI2 transporter  32.73 
 
 
340 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5241  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.53 
 
 
316 aa  50.8  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.635479 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1598  autoinducer-2 ABC transporter, periplasmic autoinducer-2-binding protein LsrB  32.73 
 
 
340 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01484  hypothetical protein  32.73 
 
 
340 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2142  sugar ABC transporter periplasmic subunit  32.73 
 
 
340 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0222  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.13 
 
 
324 aa  50.8  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4293  hypothetical protein  28.91 
 
 
347 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3533  putative periplasmic solute-binding protein  31.09 
 
 
333 aa  50.4  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0943675 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3346  ribose ABC transporter periplasmic binding protein  26.92 
 
 
337 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.694286  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1716  autoinducer-2 ABC transporter, periplasmic autoinducer-2-binding protein LsrB  32.73 
 
 
340 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4693  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  34.82 
 
 
328 aa  50.1  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4323  hypothetical protein  28.91 
 
 
347 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2690  sugar ABC transporter  31.06 
 
 
341 aa  50.4  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1231  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  36.75 
 
 
329 aa  50.4  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.165641 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2130  putative sugar transport protein  32.73 
 
 
340 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.465492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2129  autoinducer-2 ABC transporter, periplasmic autoinducer-2-binding protein LsrB  32.73 
 
 
340 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 
904 aa  50.1  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  26.38 
 
 
289 aa  50.1  0.00006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1656  autoinducer-2 ABC transporter, periplasmic autoinducer-2-binding protein LsrB  32.73 
 
 
340 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.915818  normal  0.792021 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.48 
 
 
311 aa  49.7  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4006  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.16 
 
 
327 aa  49.7  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.14 
 
 
343 aa  49.7  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.89 
 
 
312 aa  49.3  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1480  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.37 
 
 
312 aa  49.3  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  27.23 
 
 
319 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.31 
 
 
328 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  25.31 
 
 
299 aa  48.1  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5310  putative ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  38.46 
 
 
327 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125841  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2446  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  22.68 
 
 
372 aa  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0237495  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.43 
 
 
312 aa  47.4  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>