More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0106 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0106  putative DNA uptake protein  100 
 
 		 192 aa  395  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.790621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3794  putative DNA uptake protein  90.58 
 
 		 192 aa  363  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100459  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3880  putative DNA uptake protein  90.58 
 
 		 192 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4010  putative DNA uptake protein  90.1 
 
 		 192 aa  362  2e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4324  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 192 aa  360  9e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4619  putative DNA uptake protein  90.58 
 
 		 192 aa  360  9e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4192  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 192 aa  360  9e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4125  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 192 aa  360  9e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0142  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 192 aa  360  9e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0244  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 192 aa  359  1e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0179  putative DNA uptake protein  89.06 
 
 		 192 aa  359  2e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3804  putative DNA uptake protein  89.01 
 
 		 192 aa  358  2e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.472358 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4003  putative DNA uptake protein  89.01 
 
 		 192 aa  358  2e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.860921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0159  putative DNA uptake protein  88.54 
 
 		 192 aa  358  2e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3502  putative DNA uptake protein  88.02 
 
 		 192 aa  353  7.999999999999999e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.840353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3528  putative DNA uptake protein  84.82 
 
 		 192 aa  342  2e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0163  putative DNA uptake protein  76.44 
 
 		 191 aa  306  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3990  putative DNA uptake protein  76.44 
 
 		 191 aa  306  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3750  putative DNA uptake protein  76.44 
 
 		 191 aa  306  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3695  putative DNA uptake protein  78.01 
 
 		 191 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03266  predicted gluconate transport associated protein  78.01 
 
 		 191 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00179798  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0299  IscR-regulated protein YhgI  78.01 
 
 		 191 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000044435  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3795  putative DNA uptake protein  78.01 
 
 		 191 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4721  putative DNA uptake protein  78.01 
 
 		 191 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0299  putative DNA uptake protein  78.01 
 
 		 191 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00815707  normal  0.0446785 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3611  putative DNA uptake protein  78.01 
 
 		 191 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4233  putative DNA uptake protein  75.92 
 
 		 192 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03218  hypothetical protein  78.01 
 
 		 191 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00164281  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3889  putative DNA uptake protein  78.01 
 
 		 191 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3881  putative DNA uptake protein  77.49 
 
 		 191 aa  305  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3710  putative DNA uptake protein  77.49 
 
 		 191 aa  305  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.238496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3713  putative DNA uptake protein  77.49 
 
 		 191 aa  305  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3819  putative DNA uptake protein  77.49 
 
 		 191 aa  305  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3827  putative DNA uptake protein  76.44 
 
 		 191 aa  305  3e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3785  putative DNA uptake protein  77.49 
 
 		 191 aa  305  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0316  putative DNA uptake protein  75.92 
 
 		 191 aa  304  6e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4119  putative DNA uptake protein  76.44 
 
 		 191 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03996  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  303  1.0000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3926  putative DNA uptake protein  75.92 
 
 		 191 aa  301  4.0000000000000003e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0234  putative DNA uptake protein  75.39 
 
 		 191 aa  300  9e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4634  putative DNA uptake protein  74.35 
 
 		 191 aa  300  1e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2911  putative DNA uptake protein  71.58 
 
 		 194 aa  296  2e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001879  NfuA Fe-S protein maturation  71.58 
 
 		 194 aa  292  2e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1491  putative DNA uptake protein  71.58 
 
 		 193 aa  290  6e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.241637  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00614  putative DNA uptake protein  70.53 
 
 		 194 aa  290  8e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0220  putative DNA uptake protein  69.63 
 
 		 192 aa  288  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.722098  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2293  putative DNA uptake protein  70 
 
 		 195 aa  288  3e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3202  putative DNA uptake protein  67.54 
 
 		 193 aa  275  3e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0161749 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0484  yhgI protein  54.45 
 
 		 190 aa  219  1.9999999999999999e-56  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.508791  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3445  hypothetical protein  52.88 
 
 		 194 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.578417  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40630  hypothetical protein  52.88 
 
 		 194 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28760  NfuA protein  54.69 
 
 		 194 aa  212  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1888  HesB/YadR/YfhF  49.74 
 
 		 196 aa  199  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1525  HesB/YadR/YfhF-family protein  48.44 
 
 		 195 aa  200  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1911  hypothetical protein  49.74 
 
 		 227 aa  192  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000392795  hitchhiker  0.00108913 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2009  hypothetical protein  47.12 
 
 		 203 aa  192  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2202  HesB/YadR/YfhF  49.23 
 
 		 257 aa  192  4e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.20209  decreased coverage  0.00866489 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2161  HesB/YadR/YfhF-family protein  53.4 
 
 		 194 aa  190  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0420771 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1891  IscR-regulated protein YhgI  53.93 
 
 		 194 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.767011 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2378  yhgI protein  52.88 
 
 		 194 aa  187  8e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0102502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1847  HesB/YadR/YfhF-family protein  49.74 
 
 		 216 aa  187  8e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000308783 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3317  HesB/YadR/YfhF-family protein  52.88 
 
 		 194 aa  187  8e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0770851 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1985  IscR-regulated protein YhgI  52.88 
 
 		 194 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.858904  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2344  HesB/YadR/YfhF-family protein  46.07 
 
 		 193 aa  187  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0112883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3104  HesB/YadR/YfhF  52.88 
 
 		 194 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2735  yhgI protein  51.03 
 
 		 197 aa  177  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2466  HesB/YadR/YfhF:nitrogen-fixing NifU, C-terminal  51.03 
 
 		 197 aa  177  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0790017  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2673  HesB/YadR/YfhF-family protein  43.52 
 
 		 199 aa  161  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.114695 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01524  protein GntY  41.45 
 
 		 199 aa  158  5e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2084  HesB/YadR/YfhF-family protein  41.45 
 
 		 199 aa  155  5.0000000000000005e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.92431  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2457  HesB/YadR/YfhF-family protein  41.97 
 
 		 211 aa  154  7e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172331  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2172  thioredoxin-like protein  40.93 
 
 		 199 aa  153  2e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1723  nitrogen-fixing NifU domain protein  32.43 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6870  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  30.1 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.262975 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1247  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  34.38 
 
 		 108 aa  57.4  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0875  HesB/YadR/YfhF family protein  36.73 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.699772  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0858  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.42 
 
 		 301 aa  57  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0710  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  42.42 
 
 		 296 aa  57  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0866  HesB/YadR/YfhF family protein  36.73 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4477  HesB/YadR/YfhF  26.94 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0747916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2369  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.64 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.010436 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0074  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.26 
 
 		 87 aa  55.8  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2067  NifU domain-containing protein  36.36 
 
 		 73 aa  55.5  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000395477  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03110  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.18 
 
 		 74 aa  55.8  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0464  NifU domain-containing protein  45.45 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.046891  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2353  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  35.71 
 
 		 108 aa  55.5  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.130413  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1021  hypothetical protein  29.9 
 
 		 106 aa  55.1  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31629  normal  0.456711 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15130  thioredoxin-like protein  37.84 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.206063 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1408  nitrogen-fixing NifU domain protein  38.67 
 
 		 73 aa  54.7  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.510061  normal  0.98694 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0886  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  28.87 
 
 		 106 aa  53.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62045  normal  0.0717209 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1952  HesB/YadR/YfhF:Iron-sulphur cluster assembly protein IscA  30.21 
 
 		 107 aa  53.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000360593  normal  0.334037 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0951  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  28.87 
 
 		 106 aa  53.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.031021 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1107  nitrogen-fixing NifU domain protein  40 
 
 		 77 aa  53.5  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162394  hitchhiker  0.0000000000000133842 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2331  NifU-like protein  38.36 
 
 		 103 aa  52.8  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00196281  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3228  nitrogen-fixing NifU domain-containing protein  40 
 
 		 289 aa  52.8  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.769303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0925  hypothetical protein  35.23 
 
 		 86 aa  52.8  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0198354 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0076  nitrogen-fixing NifU domain protein  35.82 
 
 		 73 aa  52.4  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2180  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  27.55 
 
 		 107 aa  52.4  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000819662  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0864  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  31.25 
 
 		 117 aa  52.4  0.000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.470535  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1915  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  31.96 
 
 		 109 aa  52.4  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>