More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03996 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03996  putative DNA uptake protein  100 
 
 		 192 aa  399  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4233  putative DNA uptake protein  82.81 
 
 		 192 aa  336  9e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4010  putative DNA uptake protein  76.96 
 
 		 192 aa  315  2e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3502  putative DNA uptake protein  75.39 
 
 		 192 aa  310  1e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.840353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3794  putative DNA uptake protein  74.35 
 
 		 192 aa  309  2e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100459  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4619  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  307  5e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3880  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  307  6.999999999999999e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03266  predicted gluconate transport associated protein  75 
 
 		 191 aa  307  8e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00179798  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0299  IscR-regulated protein YhgI  75 
 
 		 191 aa  307  8e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000044435  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3795  putative DNA uptake protein  75 
 
 		 191 aa  307  8e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3611  putative DNA uptake protein  75 
 
 		 191 aa  307  8e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0299  putative DNA uptake protein  75 
 
 		 191 aa  307  8e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00815707  normal  0.0446785 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3889  putative DNA uptake protein  75 
 
 		 191 aa  307  8e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4721  putative DNA uptake protein  75 
 
 		 191 aa  307  8e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3695  putative DNA uptake protein  75 
 
 		 191 aa  307  8e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03218  hypothetical protein  75 
 
 		 191 aa  307  8e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00164281  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3827  putative DNA uptake protein  75 
 
 		 191 aa  306  1.0000000000000001e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0159  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3528  putative DNA uptake protein  73.3 
 
 		 192 aa  305  3e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0179  putative DNA uptake protein  72.77 
 
 		 192 aa  305  3e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4192  putative DNA uptake protein  73.3 
 
 		 192 aa  304  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0142  putative DNA uptake protein  73.3 
 
 		 192 aa  304  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4324  putative DNA uptake protein  73.3 
 
 		 192 aa  304  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4125  putative DNA uptake protein  73.3 
 
 		 192 aa  304  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3819  putative DNA uptake protein  74.48 
 
 		 191 aa  304  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3785  putative DNA uptake protein  74.48 
 
 		 191 aa  304  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3881  putative DNA uptake protein  74.48 
 
 		 191 aa  304  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3713  putative DNA uptake protein  74.48 
 
 		 191 aa  304  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3710  putative DNA uptake protein  74.48 
 
 		 191 aa  304  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.238496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0244  putative DNA uptake protein  73.3 
 
 		 192 aa  304  6e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0106  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.790621  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0220  putative DNA uptake protein  70.83 
 
 		 192 aa  302  2.0000000000000002e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.722098  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0316  putative DNA uptake protein  72.92 
 
 		 191 aa  302  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4003  putative DNA uptake protein  72.25 
 
 		 192 aa  301  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.860921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3804  putative DNA uptake protein  72.25 
 
 		 192 aa  301  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.472358 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0234  putative DNA uptake protein  72.4 
 
 		 191 aa  298  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3926  putative DNA uptake protein  72.4 
 
 		 191 aa  298  4e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00614  putative DNA uptake protein  70.68 
 
 		 194 aa  297  5e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4634  putative DNA uptake protein  71.35 
 
 		 191 aa  297  8e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4119  putative DNA uptake protein  71.88 
 
 		 191 aa  296  9e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1491  putative DNA uptake protein  70.68 
 
 		 193 aa  296  1e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.241637  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3990  putative DNA uptake protein  71.35 
 
 		 191 aa  295  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0163  putative DNA uptake protein  71.35 
 
 		 191 aa  295  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3750  putative DNA uptake protein  71.35 
 
 		 191 aa  295  2e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001879  NfuA Fe-S protein maturation  69.63 
 
 		 194 aa  295  4e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2293  putative DNA uptake protein  70.68 
 
 		 195 aa  293  7e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2911  putative DNA uptake protein  68.59 
 
 		 194 aa  286  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3202  putative DNA uptake protein  64.06 
 
 		 193 aa  280  7.000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0161749 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3445  hypothetical protein  52.08 
 
 		 194 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.578417  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40630  hypothetical protein  52.08 
 
 		 194 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0484  yhgI protein  51.56 
 
 		 190 aa  213  1.9999999999999998e-54  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.508791  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1525  HesB/YadR/YfhF-family protein  48.7 
 
 		 195 aa  204  8e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2009  hypothetical protein  49.48 
 
 		 203 aa  200  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28760  NfuA protein  49.74 
 
 		 194 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1891  IscR-regulated protein YhgI  53.12 
 
 		 194 aa  191  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.767011 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2378  yhgI protein  52.08 
 
 		 194 aa  188  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0102502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3317  HesB/YadR/YfhF-family protein  52.08 
 
 		 194 aa  188  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0770851 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1985  IscR-regulated protein YhgI  52.08 
 
 		 194 aa  188  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.858904  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1888  HesB/YadR/YfhF  46.88 
 
 		 196 aa  188  5e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2344  HesB/YadR/YfhF-family protein  47.64 
 
 		 193 aa  186  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0112883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3104  HesB/YadR/YfhF  52.6 
 
 		 194 aa  185  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2161  HesB/YadR/YfhF-family protein  51.56 
 
 		 194 aa  184  5e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0420771 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2202  HesB/YadR/YfhF  48.47 
 
 		 257 aa  184  5e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.20209  decreased coverage  0.00866489 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1911  hypothetical protein  48.47 
 
 		 227 aa  184  6e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000392795  hitchhiker  0.00108913 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1847  HesB/YadR/YfhF-family protein  48.47 
 
 		 216 aa  182  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000308783 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2735  yhgI protein  49.23 
 
 		 197 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2466  HesB/YadR/YfhF:nitrogen-fixing NifU, C-terminal  49.23 
 
 		 197 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0790017  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2673  HesB/YadR/YfhF-family protein  43.52 
 
 		 199 aa  166  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.114695 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01524  protein GntY  42.49 
 
 		 199 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2172  thioredoxin-like protein  43.01 
 
 		 199 aa  163  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2084  HesB/YadR/YfhF-family protein  42.49 
 
 		 199 aa  162  3e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.92431  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2457  HesB/YadR/YfhF-family protein  42.27 
 
 		 211 aa  148  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172331  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1723  nitrogen-fixing NifU domain protein  31.65 
 
 		 204 aa  63.2  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0864  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  36.46 
 
 		 117 aa  58.9  0.00000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.470535  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1021  hypothetical protein  30.93 
 
 		 106 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31629  normal  0.456711 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6870  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  30.65 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.262975 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1413  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  32.99 
 
 		 118 aa  55.8  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0951  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  29.9 
 
 		 106 aa  55.5  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.031021 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0886  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  29.9 
 
 		 106 aa  55.5  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62045  normal  0.0717209 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1915  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  34.34 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2071  nitrogen-fixing NifU-like protein  38.16 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0389413  normal  0.471165 
 
 
-
 
NC_004310  BR0875  HesB/YadR/YfhF family protein  35.05 
 
 		 108 aa  53.9  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.699772  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2353  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  34.34 
 
 		 108 aa  53.9  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.130413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0866  HesB/YadR/YfhF family protein  35.05 
 
 		 108 aa  53.9  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1060  HesB/YadR/YfhF:Iron-sulphur cluster assembly protein IscA  28.87 
 
 		 106 aa  53.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.63683  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1166  Iron-sulphur cluster assembly protein IscA  31.25 
 
 		 107 aa  53.5  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0148248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3544  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  36 
 
 		 117 aa  53.9  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1587  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  37.11 
 
 		 128 aa  52.8  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000319223  normal  0.730386 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30771  predicted protein  36.25 
 
 		 206 aa  52.8  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.777457  normal  0.560204 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1247  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  28.12 
 
 		 108 aa  52.8  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2369  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.4 
 
 		 285 aa  52.4  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.010436 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1027  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  29.7 
 
 		 113 aa  52.4  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00699408  normal  0.267382 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1883  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  37.5 
 
 		 124 aa  52.4  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0104444  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1952  HesB/YadR/YfhF:Iron-sulphur cluster assembly protein IscA  29.17 
 
 		 107 aa  51.6  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000360593  normal  0.334037 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5073  hesB/yadR/yfhF family protein  36 
 
 		 130 aa  51.6  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2642  iron-sulfur cluster insertion protein ErpA  34.38 
 
 		 121 aa  51.6  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0615003  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3663  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  34.02 
 
 		 148 aa  51.6  0.000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.549056  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4666  hypothetical protein  36 
 
 		 130 aa  51.2  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5169  hesB/yadR/yfhF family protein  36 
 
 		 117 aa  51.2  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5044  hesB/yadR/yfhF family protein  36 
 
 		 117 aa  51.2  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>