More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3990 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0163  putative DNA uptake protein  100 
 
 		 191 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3750  putative DNA uptake protein  100 
 
 		 191 aa  395  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3990  putative DNA uptake protein  100 
 
 		 191 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4634  putative DNA uptake protein  94.24 
 
 		 191 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4119  putative DNA uptake protein  92.15 
 
 		 191 aa  367  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0316  putative DNA uptake protein  92.15 
 
 		 191 aa  367  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3926  putative DNA uptake protein  91.62 
 
 		 191 aa  366  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0234  putative DNA uptake protein  91.62 
 
 		 191 aa  362  1e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3827  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  361  3e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3713  putative DNA uptake protein  90.05 
 
 		 191 aa  361  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3819  putative DNA uptake protein  90.05 
 
 		 191 aa  361  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3785  putative DNA uptake protein  90.05 
 
 		 191 aa  361  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3710  putative DNA uptake protein  90.05 
 
 		 191 aa  361  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.238496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3881  putative DNA uptake protein  90.05 
 
 		 191 aa  361  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03266  predicted gluconate transport associated protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  8e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00179798  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0299  IscR-regulated protein YhgI  89.53 
 
 		 191 aa  360  8e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000044435  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0299  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  8e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00815707  normal  0.0446785 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3795  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  8e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3889  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  8e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03218  hypothetical protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  8e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00164281  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3611  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  8e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3695  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  8e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4721  putative DNA uptake protein  89.53 
 
 		 191 aa  360  8e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2911  putative DNA uptake protein  78.01 
 
 		 194 aa  319  1.9999999999999998e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001879  NfuA Fe-S protein maturation  75.39 
 
 		 194 aa  307  5.9999999999999995e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0106  putative DNA uptake protein  76.44 
 
 		 192 aa  306  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.790621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00614  putative DNA uptake protein  74.35 
 
 		 194 aa  305  3e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1491  putative DNA uptake protein  72.25 
 
 		 193 aa  305  3e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.241637  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2293  putative DNA uptake protein  75.92 
 
 		 195 aa  303  7e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0142  putative DNA uptake protein  74.35 
 
 		 192 aa  301  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4324  putative DNA uptake protein  74.35 
 
 		 192 aa  301  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4125  putative DNA uptake protein  74.35 
 
 		 192 aa  301  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4192  putative DNA uptake protein  74.35 
 
 		 192 aa  301  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3880  putative DNA uptake protein  74.87 
 
 		 192 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4010  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  300  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4619  putative DNA uptake protein  74.35 
 
 		 192 aa  299  2e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3794  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  299  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100459  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0179  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  298  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0159  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  298  4e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3804  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  296  1e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.472358 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0244  putative DNA uptake protein  73.3 
 
 		 192 aa  296  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4003  putative DNA uptake protein  73.82 
 
 		 192 aa  296  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.860921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03996  putative DNA uptake protein  71.35 
 
 		 192 aa  295  2e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4233  putative DNA uptake protein  70.83 
 
 		 192 aa  291  5e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3502  putative DNA uptake protein  71.2 
 
 		 192 aa  287  8e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.840353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3528  putative DNA uptake protein  70.68 
 
 		 192 aa  286  9e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0220  putative DNA uptake protein  68.75 
 
 		 192 aa  282  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.722098  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3202  putative DNA uptake protein  66.15 
 
 		 193 aa  273  9e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0161749 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0484  yhgI protein  59.16 
 
 		 190 aa  243  9.999999999999999e-64  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.508791  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1525  HesB/YadR/YfhF-family protein  51.56 
 
 		 195 aa  219  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3445  hypothetical protein  49.21 
 
 		 194 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.578417  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40630  hypothetical protein  49.21 
 
 		 194 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28760  NfuA protein  51.04 
 
 		 194 aa  214  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1888  HesB/YadR/YfhF  50.79 
 
 		 196 aa  213  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3317  HesB/YadR/YfhF-family protein  51.83 
 
 		 194 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0770851 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2378  yhgI protein  51.83 
 
 		 194 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0102502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1847  HesB/YadR/YfhF-family protein  52.31 
 
 		 216 aa  200  9.999999999999999e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000308783 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1985  IscR-regulated protein YhgI  51.83 
 
 		 194 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.858904  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1891  IscR-regulated protein YhgI  51.83 
 
 		 194 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.767011 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1911  hypothetical protein  50.26 
 
 		 227 aa  199  3e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000392795  hitchhiker  0.00108913 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2202  HesB/YadR/YfhF  50.26 
 
 		 257 aa  198  3e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.20209  decreased coverage  0.00866489 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2161  HesB/YadR/YfhF-family protein  51.83 
 
 		 194 aa  198  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0420771 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2009  hypothetical protein  46.6 
 
 		 203 aa  196  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3104  HesB/YadR/YfhF  51.83 
 
 		 194 aa  195  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2344  HesB/YadR/YfhF-family protein  48.42 
 
 		 193 aa  195  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0112883 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2735  yhgI protein  49.48 
 
 		 197 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2466  HesB/YadR/YfhF:nitrogen-fixing NifU, C-terminal  49.48 
 
 		 197 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0790017  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2673  HesB/YadR/YfhF-family protein  43.75 
 
 		 199 aa  173  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.114695 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01524  protein GntY  42.19 
 
 		 199 aa  169  3e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2172  thioredoxin-like protein  42.71 
 
 		 199 aa  165  4e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2084  HesB/YadR/YfhF-family protein  42.71 
 
 		 199 aa  164  6.9999999999999995e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.92431  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2457  HesB/YadR/YfhF-family protein  37.5 
 
 		 211 aa  144  8.000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172331  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1723  nitrogen-fixing NifU domain protein  32.43 
 
 		 204 aa  85.1  5e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0074  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.79 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0925  hypothetical protein  37.93 
 
 		 86 aa  60.5  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0198354 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2353  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  38.14 
 
 		 108 aa  60.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.130413  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2369  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.9 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.010436 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1408  nitrogen-fixing NifU domain protein  39.44 
 
 		 73 aa  59.3  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.510061  normal  0.98694 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3614  nitrogen-fixing NifU domain protein  43.66 
 
 		 73 aa  58.9  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0187737  normal  0.20097 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30771  predicted protein  37.66 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.777457  normal  0.560204 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2067  NifU domain-containing protein  40.85 
 
 		 73 aa  58.2  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000395477  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1466  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.25 
 
 		 73 aa  57.8  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0875  HesB/YadR/YfhF family protein  38.78 
 
 		 108 aa  57.8  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.699772  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0866  HesB/YadR/YfhF family protein  38.78 
 
 		 108 aa  57.8  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0997  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.54 
 
 		 77 aa  56.6  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.997138 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0710  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  39.44 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0858  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.44 
 
 		 301 aa  56.2  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3484  nitrogen-fixing NifU domain protein  39.71 
 
 		 74 aa  55.8  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000024465  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3205  nitrogen-fixing NifU-like  36.49 
 
 		 311 aa  55.5  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1247  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  32.29 
 
 		 108 aa  55.5  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0748  HesB/YadR/YfhF family protein  36.73 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00160104  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0047  nitrogen-fixing NifU domain protein  39.44 
 
 		 81 aa  55.1  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.424143 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0864  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  32.29 
 
 		 117 aa  53.9  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.470535  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3663  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  32.99 
 
 		 148 aa  53.9  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.549056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3067  nitrogen-fixing NifU domain protein  45.33 
 
 		 129 aa  53.1  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2796  nitrogen-fixing NifU domain protein  39.44 
 
 		 73 aa  52.8  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000131696  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1587  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  37.37 
 
 		 128 aa  52.8  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000319223  normal  0.730386 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1109  nitrogen-fixing NifU domain protein  36.25 
 
 		 88 aa  52.4  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.442386 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3448  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  35.71 
 
 		 121 aa  52.4  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0379124 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1414  nitrogen-fixing NifU domain protein  39.44 
 
 		 73 aa  52.4  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.68572e-21 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>