266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2009 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2009  hypothetical protein  100 
 
 		 203 aa  424  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1888  HesB/YadR/YfhF  61.26 
 
 		 196 aa  265  2.9999999999999995e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2344  HesB/YadR/YfhF-family protein  63.02 
 
 		 193 aa  259  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0112883 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40630  hypothetical protein  61.78 
 
 		 194 aa  258  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3445  hypothetical protein  61.78 
 
 		 194 aa  258  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.578417  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1525  HesB/YadR/YfhF-family protein  58.64 
 
 		 195 aa  244  6e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28760  NfuA protein  58.12 
 
 		 194 aa  241  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1985  IscR-regulated protein YhgI  61.26 
 
 		 194 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.858904  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1911  hypothetical protein  54.41 
 
 		 227 aa  237  9e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000392795  hitchhiker  0.00108913 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2202  HesB/YadR/YfhF  53.92 
 
 		 257 aa  236  1e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.20209  decreased coverage  0.00866489 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1891  IscR-regulated protein YhgI  61.26 
 
 		 194 aa  236  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.767011 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2378  yhgI protein  60.73 
 
 		 194 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0102502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3317  HesB/YadR/YfhF-family protein  60.73 
 
 		 194 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0770851 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1847  HesB/YadR/YfhF-family protein  55.1 
 
 		 216 aa  231  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000308783 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2161  HesB/YadR/YfhF-family protein  57.59 
 
 		 194 aa  227  9e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0420771 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3104  HesB/YadR/YfhF  59.16 
 
 		 194 aa  226  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2735  yhgI protein  57.22 
 
 		 197 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2466  HesB/YadR/YfhF:nitrogen-fixing NifU, C-terminal  57.22 
 
 		 197 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0790017  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0316  putative DNA uptake protein  47.64 
 
 		 191 aa  202  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3926  putative DNA uptake protein  47.64 
 
 		 191 aa  201  5e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4634  putative DNA uptake protein  47.64 
 
 		 191 aa  201  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03266  predicted gluconate transport associated protein  46.6 
 
 		 191 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00179798  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0299  IscR-regulated protein YhgI  46.6 
 
 		 191 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000044435  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3611  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03996  putative DNA uptake protein  49.48 
 
 		 192 aa  200  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3827  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  200  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3795  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  200  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03218  hypothetical protein  46.6 
 
 		 191 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00164281  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3889  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4010  putative DNA uptake protein  48.69 
 
 		 192 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4721  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0299  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00815707  normal  0.0446785 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3695  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3819  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3881  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3502  putative DNA uptake protein  49.21 
 
 		 192 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.840353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3713  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4119  putative DNA uptake protein  47.12 
 
 		 191 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3785  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3710  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.238496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0234  putative DNA uptake protein  47.12 
 
 		 191 aa  199  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3880  putative DNA uptake protein  48.69 
 
 		 192 aa  199  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3794  putative DNA uptake protein  49.21 
 
 		 192 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100459  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00614  putative DNA uptake protein  48.7 
 
 		 194 aa  197  9e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2293  putative DNA uptake protein  48.44 
 
 		 195 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3804  putative DNA uptake protein  48.17 
 
 		 192 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.472358 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4003  putative DNA uptake protein  48.17 
 
 		 192 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.860921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001879  NfuA Fe-S protein maturation  48.19 
 
 		 194 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0163  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3750  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3990  putative DNA uptake protein  46.6 
 
 		 191 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0159  putative DNA uptake protein  47.12 
 
 		 192 aa  194  5.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4619  putative DNA uptake protein  48.69 
 
 		 192 aa  194  6e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3528  putative DNA uptake protein  47.64 
 
 		 192 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4192  putative DNA uptake protein  48.17 
 
 		 192 aa  193  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4324  putative DNA uptake protein  48.17 
 
 		 192 aa  193  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4125  putative DNA uptake protein  48.17 
 
 		 192 aa  193  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0142  putative DNA uptake protein  48.17 
 
 		 192 aa  193  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4233  putative DNA uptake protein  46.88 
 
 		 192 aa  192  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0244  putative DNA uptake protein  47.12 
 
 		 192 aa  192  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0106  putative DNA uptake protein  47.12 
 
 		 192 aa  192  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.790621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0179  putative DNA uptake protein  46.07 
 
 		 192 aa  192  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0220  putative DNA uptake protein  47.4 
 
 		 192 aa  188  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.722098  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2911  putative DNA uptake protein  46.11 
 
 		 194 aa  185  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1491  putative DNA uptake protein  43.3 
 
 		 193 aa  183  2.0000000000000003e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.241637  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3202  putative DNA uptake protein  45.83 
 
 		 193 aa  178  4e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0161749 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2673  HesB/YadR/YfhF-family protein  41.67 
 
 		 199 aa  169  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.114695 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01524  protein GntY  40.31 
 
 		 199 aa  168  5e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0484  yhgI protein  40.84 
 
 		 190 aa  162  3e-39  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.508791  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2172  thioredoxin-like protein  37.7 
 
 		 199 aa  155  4e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2084  HesB/YadR/YfhF-family protein  37.17 
 
 		 199 aa  154  1e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.92431  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2457  HesB/YadR/YfhF-family protein  35.57 
 
 		 211 aa  138  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172331  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1723  nitrogen-fixing NifU domain protein  35.37 
 
 		 204 aa  88.6  5e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0925  hypothetical protein  43.75 
 
 		 86 aa  64.7  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0198354 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1408  nitrogen-fixing NifU domain protein  46.77 
 
 		 73 aa  63.5  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.510061  normal  0.98694 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6870  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  26.63 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.262975 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0858  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.33 
 
 		 301 aa  58.9  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1326  NifU domain-containing protein  40.54 
 
 		 79 aa  58.9  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0710  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  37.33 
 
 		 296 aa  58.5  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1466  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.54 
 
 		 73 aa  58.2  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0074  nitrogen-fixing NifU domain protein  33.33 
 
 		 87 aa  57.8  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00755  NifU protein, putative  42.86 
 
 		 80 aa  57  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0945933  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3205  nitrogen-fixing NifU-like  38.16 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03110  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.54 
 
 		 74 aa  56.6  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1813  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.25 
 
 		 309 aa  55.8  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2796  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.27 
 
 		 73 aa  55.5  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000131696  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30771  predicted protein  35.44 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.777457  normal  0.560204 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3080  nitrogen-fixing NifU-like  42.86 
 
 		 74 aa  54.3  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3614  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.85 
 
 		 73 aa  54.3  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0187737  normal  0.20097 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_16693  predicted protein  31.82 
 
 		 195 aa  54.3  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2067  NifU domain-containing protein  37.68 
 
 		 73 aa  53.9  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000395477  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0480  NifU-like domain-containing protein  42.86 
 
 		 74 aa  53.5  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16946  predicted protein  42.03 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2331  NifU-like protein  38.24 
 
 		 103 aa  53.9  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00196281  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2934  nitrogen-fixing NifU domain protein  34.67 
 
 		 183 aa  53.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0974289 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1775  NifU domain-containing protein  37.33 
 
 		 185 aa  53.9  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3360  nitrogen-fixing NifU-like  40.85 
 
 		 173 aa  53.1  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.595792  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1414  nitrogen-fixing NifU domain protein  38.1 
 
 		 73 aa  53.5  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.68572e-21 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3402  nitrogen-fixing NifU-like  42.19 
 
 		 80 aa  53.1  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.168954 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0939  NifU domain-containing protein  41.27 
 
 		 73 aa  52.8  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.388562  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>