283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2161 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2161  HesB/YadR/YfhF-family protein  100 
 
 		 194 aa  400  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0420771 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3445  hypothetical protein  87.11 
 
 		 194 aa  357  5e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.578417  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40630  hypothetical protein  87.11 
 
 		 194 aa  357  5e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28760  NfuA protein  82.99 
 
 		 194 aa  341  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2378  yhgI protein  88.66 
 
 		 194 aa  337  5e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0102502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3317  HesB/YadR/YfhF-family protein  88.66 
 
 		 194 aa  337  5e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0770851 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1985  IscR-regulated protein YhgI  88.14 
 
 		 194 aa  336  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.858904  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1891  IscR-regulated protein YhgI  88.14 
 
 		 194 aa  335  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.767011 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3104  HesB/YadR/YfhF  87.11 
 
 		 194 aa  332  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2466  HesB/YadR/YfhF:nitrogen-fixing NifU, C-terminal  84.26 
 
 		 197 aa  322  1e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0790017  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2735  yhgI protein  84.26 
 
 		 197 aa  322  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1525  HesB/YadR/YfhF-family protein  64.43 
 
 		 195 aa  274  6e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1888  HesB/YadR/YfhF  63.87 
 
 		 196 aa  272  2.0000000000000002e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2009  hypothetical protein  57.59 
 
 		 203 aa  247  6e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1847  HesB/YadR/YfhF-family protein  59.39 
 
 		 216 aa  244  6.999999999999999e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000308783 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1911  hypothetical protein  58.88 
 
 		 227 aa  241  3.9999999999999997e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000392795  hitchhiker  0.00108913 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2344  HesB/YadR/YfhF-family protein  57.89 
 
 		 193 aa  241  3.9999999999999997e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0112883 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2202  HesB/YadR/YfhF  58.38 
 
 		 257 aa  241  6e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.20209  decreased coverage  0.00866489 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0234  putative DNA uptake protein  53.93 
 
 		 191 aa  226  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0316  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 191 aa  224  7e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3926  putative DNA uptake protein  52.36 
 
 		 191 aa  221  4e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3990  putative DNA uptake protein  51.83 
 
 		 191 aa  218  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3750  putative DNA uptake protein  51.83 
 
 		 191 aa  218  5e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0163  putative DNA uptake protein  51.83 
 
 		 191 aa  218  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03266  predicted gluconate transport associated protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00179798  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0299  IscR-regulated protein YhgI  52.88 
 
 		 191 aa  216  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000044435  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3889  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4721  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3795  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03218  hypothetical protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00164281  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0299  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00815707  normal  0.0446785 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3611  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3695  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3881  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3785  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3819  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3710  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.238496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4119  putative DNA uptake protein  51.31 
 
 		 191 aa  216  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3713  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 191 aa  216  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3827  putative DNA uptake protein  50.79 
 
 		 191 aa  215  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4634  putative DNA uptake protein  50.26 
 
 		 191 aa  215  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2911  putative DNA uptake protein  50.77 
 
 		 194 aa  212  3.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0106  putative DNA uptake protein  53.4 
 
 		 192 aa  209  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.790621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4324  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 192 aa  209  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4010  putative DNA uptake protein  52.36 
 
 		 192 aa  209  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0142  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 192 aa  209  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4125  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 192 aa  209  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3880  putative DNA uptake protein  52.36 
 
 		 192 aa  209  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4192  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 192 aa  209  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001879  NfuA Fe-S protein maturation  51.28 
 
 		 194 aa  208  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00614  putative DNA uptake protein  51.28 
 
 		 194 aa  207  6e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3794  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 192 aa  207  7e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100459  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4619  putative DNA uptake protein  52.88 
 
 		 192 aa  207  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03996  putative DNA uptake protein  51.56 
 
 		 192 aa  204  5e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0244  putative DNA uptake protein  51.83 
 
 		 192 aa  204  6e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3804  putative DNA uptake protein  51.31 
 
 		 192 aa  204  7e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.472358 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4003  putative DNA uptake protein  51.31 
 
 		 192 aa  204  7e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.860921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2293  putative DNA uptake protein  50 
 
 		 195 aa  203  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0179  putative DNA uptake protein  51.31 
 
 		 192 aa  202  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0220  putative DNA uptake protein  49.48 
 
 		 192 aa  201  4e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.722098  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4233  putative DNA uptake protein  50 
 
 		 192 aa  201  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1491  putative DNA uptake protein  49.48 
 
 		 193 aa  201  6e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.241637  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0159  putative DNA uptake protein  50.79 
 
 		 192 aa  200  8e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3528  putative DNA uptake protein  50.79 
 
 		 192 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3502  putative DNA uptake protein  49.74 
 
 		 192 aa  193  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.840353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3202  putative DNA uptake protein  46.88 
 
 		 193 aa  184  5e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0161749 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0484  yhgI protein  42.41 
 
 		 190 aa  175  3e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.508791  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01524  protein GntY  40.84 
 
 		 199 aa  164  8e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2673  HesB/YadR/YfhF-family protein  41.88 
 
 		 199 aa  162  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.114695 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2172  thioredoxin-like protein  40.84 
 
 		 199 aa  159  3e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2084  HesB/YadR/YfhF-family protein  40.31 
 
 		 199 aa  157  8e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.92431  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2457  HesB/YadR/YfhF-family protein  39.06 
 
 		 211 aa  139  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172331  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1723  nitrogen-fixing NifU domain protein  38.93 
 
 		 204 aa  93.6  2e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2067  NifU domain-containing protein  46.48 
 
 		 73 aa  64.7  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000395477  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0074  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.19 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1408  nitrogen-fixing NifU domain protein  37.84 
 
 		 73 aa  61.2  0.000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.510061  normal  0.98694 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1466  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.25 
 
 		 73 aa  58.9  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3228  nitrogen-fixing NifU domain-containing protein  47.46 
 
 		 289 aa  58.5  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.769303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0476  nitrogen-fixing NifU domain protein  39.39 
 
 		 286 aa  58.5  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.140105  normal  0.34365 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0710  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  38.03 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0858  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.03 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2796  nitrogen-fixing NifU domain protein  39.44 
 
 		 73 aa  55.8  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000131696  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12230  thioredoxin-like protein  42.37 
 
 		 75 aa  55.8  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000175361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03110  nitrogen-fixing NifU domain protein  45.31 
 
 		 74 aa  56.2  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0723  NifU domain-containing protein  41.89 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.603746 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15130  thioredoxin-like protein  38.36 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.206063 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2331  NifU-like protein  43.33 
 
 		 103 aa  55.8  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00196281  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3531  nitrogen-fixing NifU-like  30.97 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2542  nitrogen-fixing NifU domain protein  43.66 
 
 		 306 aa  55.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.364829 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1414  nitrogen-fixing NifU domain protein  39.44 
 
 		 73 aa  55.5  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.68572e-21 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0889  nitrogen-fixing NifU domain protein  43.66 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000213557  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0925  hypothetical protein  36.84 
 
 		 86 aa  55.1  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0198354 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3402  nitrogen-fixing NifU-like  45.21 
 
 		 80 aa  55.1  0.0000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.168954 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2369  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  42.86 
 
 		 285 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.010436 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3080  nitrogen-fixing NifU-like  40.28 
 
 		 74 aa  54.7  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1107  nitrogen-fixing NifU domain protein  44.44 
 
 		 77 aa  54.7  0.0000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162394  hitchhiker  0.0000000000000133842 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3205  nitrogen-fixing NifU-like  40.28 
 
 		 311 aa  54.7  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00447  NifU-related protein (AFU_orthologue; AFUA_1G04680)  35 
 
 		 326 aa  53.9  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.215741  normal  0.563754 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0076  nitrogen-fixing NifU domain protein  36.49 
 
 		 73 aa  54.3  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0480  NifU-like domain-containing protein  41.94 
 
 		 74 aa  53.5  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>