More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1743 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1743  fatty acid metabolism regulator  100 
 
 		 239 aa  496  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1635  fatty acid metabolism regulator  82.01 
 
 		 239 aa  418  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000115144  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1924  fatty acid metabolism regulator  81.01 
 
 		 240 aa  407  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000876108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1683  fatty acid metabolism regulator  81.43 
 
 		 238 aa  408  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000333704  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2885  fatty acid metabolism regulator  79.5 
 
 		 240 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1643  fatty acid metabolism regulator  80.43 
 
 		 241 aa  401  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000083399  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  80.17 
 
 		 238 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1771  fatty acid metabolism regulator  80.17 
 
 		 238 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000343571  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2507  fatty acid metabolism regulator  80.17 
 
 		 238 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000437817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2438  fatty acid metabolism regulator  79.66 
 
 		 239 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1568  fatty acid metabolism regulator  80.43 
 
 		 241 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000521117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1635  fatty acid metabolism regulator  79.66 
 
 		 241 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000615714  normal  0.0628183 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1778  fatty acid metabolism regulator  80.08 
 
 		 238 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000719025  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2512  fatty acid metabolism regulator  72.49 
 
 		 249 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000912913  normal  0.579868 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2689  fatty acid metabolism regulator  73.01 
 
 		 249 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449481  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2174  fatty acid metabolism regulator  72.05 
 
 		 253 aa  354  5.999999999999999e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000030216  normal  0.0239474 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2363  fatty acid metabolism regulator  60.5 
 
 		 239 aa  312  2.9999999999999996e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000339682  normal  0.326287 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1999  fatty acid metabolism regulator  60.5 
 
 		 239 aa  312  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00814717  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2109  fatty acid metabolism regulator  60.5 
 
 		 239 aa  312  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109018  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2794  fatty acid metabolism regulator  62.77 
 
 		 236 aa  311  3.9999999999999997e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00556903  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1948  fatty acid metabolism regulator  60.85 
 
 		 239 aa  305  3e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00527579  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2244  fatty acid metabolism regulator  60.85 
 
 		 239 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0118438  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  58.55 
 
 		 236 aa  303  1.0000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2748  fatty acid metabolism regulator  58.97 
 
 		 239 aa  302  3.0000000000000004e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000401699  decreased coverage  0.0000363622 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2003  fatty acid metabolism regulator  58.82 
 
 		 239 aa  302  3.0000000000000004e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000120819  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1983  fatty acid metabolism regulator  57.56 
 
 		 239 aa  301  7.000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0199399  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  58.23 
 
 		 237 aa  298  4e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1513  fatty acid metabolism regulator  57.87 
 
 		 239 aa  296  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1328  fatty acid metabolism regulator  57.87 
 
 		 239 aa  296  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000224704  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2003  fatty acid metabolism regulator  57.87 
 
 		 239 aa  296  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1947  fatty acid metabolism regulator  57.87 
 
 		 239 aa  296  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0438592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1943  fatty acid metabolism regulator  57.87 
 
 		 239 aa  296  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0247778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2365  fatty acid metabolism regulator  57.02 
 
 		 239 aa  295  6e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000203201  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01162  fatty acid metabolism regulator  57.87 
 
 		 239 aa  294  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000799515  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2438  fatty acid metabolism regulator  57.87 
 
 		 239 aa  294  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000216625  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2461  fatty acid metabolism transcriptional regulator FadR  57.87 
 
 		 239 aa  294  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000004944  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01172  hypothetical protein  57.87 
 
 		 239 aa  294  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000480756  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1332  fatty acid metabolism regulator  57.87 
 
 		 239 aa  294  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305633  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1345  fatty acid metabolism regulator  57.87 
 
 		 239 aa  294  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00238872  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1674  fatty acid metabolism regulator  57.87 
 
 		 239 aa  294  1e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000616517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1290  fatty acid metabolism regulator  57.87 
 
 		 239 aa  294  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000557847  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1962  fatty acid metabolism regulator  57.87 
 
 		 239 aa  294  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  46.24 
 
 		 279 aa  245  4e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002979  transcriptional regulator for fatty acid degradation FadR GntR family  45.52 
 
 		 279 aa  241  7.999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  45.16 
 
 		 279 aa  240  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2147  fatty acid metabolism regulator  45.36 
 
 		 280 aa  238  4e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  45.89 
 
 		 236 aa  226  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0623  fatty acid metabolism regulator  42.8 
 
 		 239 aa  225  5.0000000000000005e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000168386  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  39.91 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  37.27 
 
 		 230 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  34.43 
 
 		 227 aa  135  8e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2130  regulatory protein GntR HTH  31.25 
 
 		 233 aa  115  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0857174  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  30.15 
 
 		 233 aa  115  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1066  transcriptional regulator NanR  28.73 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624285  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  31.37 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 267 aa  69.7  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 249 aa  68.2  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  29.85 
 
 		 240 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  23.85 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  26.32 
 
 		 240 aa  64.3  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  33.76 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 230 aa  63.9  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  27.53 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  26.32 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  25.16 
 
 		 229 aa  63.2  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  26.64 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  31.93 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1795  putative regulatory protein  30.61 
 
 		 223 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1629  putative regulatory protein  30.61 
 
 		 223 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1645  putative regulatory protein  30.61 
 
 		 223 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1712  putative regulatory protein  30.61 
 
 		 223 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  37.8 
 
 		 237 aa  62  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  30 
 
 		 234 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1653  putative regulatory protein  30.61 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.989828 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 242 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  28.4 
 
 		 250 aa  60.8  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 249 aa  60.5  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0539  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  28.57 
 
 		 253 aa  59.7  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0711  GntR domain-containing protein  30.06 
 
 		 243 aa  58.2  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.121808 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8406  regulatory protein GntR HTH  30.72 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  27.95 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  29.45 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 261 aa  57.4  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  27.92 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  27.85 
 
 		 252 aa  57  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3006  GntR domain protein  30.41 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  28.86 
 
 		 257 aa  57  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 261 aa  56.6  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  28.21 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2669  GntR domain-containing protein  24.66 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2802  GntR domain-containing protein  24.66 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  26.11 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1464  GntR domain protein  27.85 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.232072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>