More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8406 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8406  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 277 aa  538  9.999999999999999e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0940  GntR domain protein  34.71 
 
 		 239 aa  100  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.120535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3532  GntR-like  39.26 
 
 		 244 aa  98.2  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5052  transcriptional regulator  40.13 
 
 		 242 aa  97.4  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.259786  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0503  GntR domain protein  38.18 
 
 		 234 aa  97.1  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.232387 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4204  galactonate operon transcriptional repressor  35.42 
 
 		 229 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.763278  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03578  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.42 
 
 		 229 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0008  GntR domain protein  35.42 
 
 		 229 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1098  galactonate operon transcriptional repressor  35.42 
 
 		 229 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0008  GntR domain-containing protein  35.42 
 
 		 229 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03522  hypothetical protein  35.42 
 
 		 229 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.700459  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3907  galactonate operon transcriptional repressor  35.42 
 
 		 229 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4060  galactonate operon transcriptional repressor  35.42 
 
 		 229 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2064  GntR domain-containing protein  32.26 
 
 		 238 aa  92.8  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000113894  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0006  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 229 aa  92  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4115  galactonate operon transcriptional repressor  32.64 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4222  galactonate operon transcriptional repressor  32.64 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4164  galactonate operon transcriptional repressor  32.64 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.935326  normal  0.912647 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  36.42 
 
 		 245 aa  89  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0041  GntR domain-containing protein  34.72 
 
 		 252 aa  87  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.340559 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3599  GntR domain-containing protein  36.71 
 
 		 251 aa  86.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 252 aa  86.3  6e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0022  GntR domain protein  33.99 
 
 		 232 aa  85.1  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1981  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000358345  normal  0.05165 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1993  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000185576  unclonable  0.0000207183 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0271  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2068  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000911573  hitchhiker  0.00000303995 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6253  GntR domain protein  37.58 
 
 		 256 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.783578 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  35.43 
 
 		 256 aa  81.6  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3460  GntR domain-containing protein  36.6 
 
 		 248 aa  81.6  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.612558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4206  GntR domain-containing protein  34.81 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000481189  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0011  GntR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000019573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2645  GntR domain protein  36.36 
 
 		 254 aa  81.3  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2142  GntR domain protein  38.02 
 
 		 238 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.530271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0011  GntR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000398907  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 252 aa  80.5  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2982  transcriptional regulator  34.01 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  35.62 
 
 		 250 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4920  GntR domain protein  35.76 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.774759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  36.65 
 
 		 258 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1414  GntR domain-containing protein  37.28 
 
 		 250 aa  76.6  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455285  normal  0.0932364 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2217  GntR domain protein  32.72 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  37.42 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  35.26 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1994  GntR domain-containing protein  37.8 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.122046  normal  0.944631 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3667  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 245 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0203377  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49240  GntR family regulatory protein  36.6 
 
 		 240 aa  75.1  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3766  GntR domain protein  36.05 
 
 		 251 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  33.92 
 
 		 237 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 242 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5012  GntR domain protein  41.1 
 
 		 239 aa  75.1  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.474023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  34.97 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4894  GntR domain-containing protein  33.54 
 
 		 229 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000861781  hitchhiker  0.000000633527 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 245 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0804  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  35.84 
 
 		 258 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  33.92 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3688  GntR domain protein  32.41 
 
 		 248 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0839  GntR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.642765  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4280  GntR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.003808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4171  GntR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000336109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4221  GntR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000881899  normal  0.895287 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4115  transcriptional regulator, GntR family  36.64 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000173473  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4100  transcriptional regulator, GntR family  36.64 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000122034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  34.57 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1787  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0160831  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  36.2 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  35.62 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0901  GntR-like  33.33 
 
 		 246 aa  73.6  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5910  GntR domain-containing protein  34.94 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0589896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4786  GntR domain protein  36.25 
 
 		 268 aa  73.6  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3478  GntR domain protein  35.92 
 
 		 251 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.554366 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  36.2 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  36.2 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  36.2 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  36.2 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  35 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1724  GntR domain protein  32.48 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5327  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.941798  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0046  GntR domain-containing protein  38.26 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5416  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.88633 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5706  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01162  fatty acid metabolism regulator  34.12 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000799515  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2461  fatty acid metabolism transcriptional regulator FadR  34.12 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000004944  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1962  fatty acid metabolism regulator  34.12 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01172  hypothetical protein  34.12 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000480756  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1345  fatty acid metabolism regulator  34.12 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00238872  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1332  fatty acid metabolism regulator  34.12 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305633  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1290  fatty acid metabolism regulator  34.12 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000557847  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2438  fatty acid metabolism regulator  34.12 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000216625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1674  fatty acid metabolism regulator  34.12 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000616517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1284  GntR domain-containing protein  37.02 
 
 		 274 aa  72.4  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0100582 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  36.54 
 
 		 226 aa  72  0.000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 255 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2003  fatty acid metabolism regulator  33.53 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1513  fatty acid metabolism regulator  33.53 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0894  GntR-like  32.69 
 
 		 253 aa  72  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1943  fatty acid metabolism regulator  33.53 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0247778  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>