More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2689 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2689  fatty acid metabolism regulator  100 
 
 
249 aa  512  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449481  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2512  fatty acid metabolism regulator  89.71 
 
 
249 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000912913  normal  0.579868 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2174  fatty acid metabolism regulator  82.93 
 
 
253 aa  429  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000030216  normal  0.0239474 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1924  fatty acid metabolism regulator  74.67 
 
 
240 aa  363  1e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000876108  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2438  fatty acid metabolism regulator  74.34 
 
 
239 aa  361  5.0000000000000005e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1635  fatty acid metabolism regulator  74.78 
 
 
239 aa  359  3e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000115144  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1683  fatty acid metabolism regulator  73.89 
 
 
238 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000333704  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2885  fatty acid metabolism regulator  73.45 
 
 
240 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1743  fatty acid metabolism regulator  73.01 
 
 
239 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1643  fatty acid metabolism regulator  73.01 
 
 
241 aa  354  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000083399  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1568  fatty acid metabolism regulator  73.01 
 
 
241 aa  353  1e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000521117  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1771  fatty acid metabolism regulator  73.01 
 
 
238 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000343571  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  73.01 
 
 
238 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1778  fatty acid metabolism regulator  73.01 
 
 
238 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000719025  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1635  fatty acid metabolism regulator  73.01 
 
 
241 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000615714  normal  0.0628183 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2507  fatty acid metabolism regulator  73.01 
 
 
238 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000437817  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2794  fatty acid metabolism regulator  59.29 
 
 
236 aa  292  4e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00556903  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2244  fatty acid metabolism regulator  57.46 
 
 
239 aa  281  7.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0118438  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2748  fatty acid metabolism regulator  57.02 
 
 
239 aa  281  7.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000401699  decreased coverage  0.0000363622 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  57.21 
 
 
236 aa  280  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1948  fatty acid metabolism regulator  57.46 
 
 
239 aa  280  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00527579  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2109  fatty acid metabolism regulator  56.14 
 
 
239 aa  278  6e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109018  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2363  fatty acid metabolism regulator  56.14 
 
 
239 aa  278  6e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000339682  normal  0.326287 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1999  fatty acid metabolism regulator  56.14 
 
 
239 aa  278  6e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00814717  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  59.91 
 
 
237 aa  278  8e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2003  fatty acid metabolism regulator  56.58 
 
 
239 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69959  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1943  fatty acid metabolism regulator  56.58 
 
 
239 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0247778  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1328  fatty acid metabolism regulator  56.58 
 
 
239 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000224704  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1513  fatty acid metabolism regulator  56.58 
 
 
239 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127061  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1947  fatty acid metabolism regulator  56.58 
 
 
239 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0438592  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01162  fatty acid metabolism regulator  57.02 
 
 
239 aa  276  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000799515  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1345  fatty acid metabolism regulator  57.02 
 
 
239 aa  276  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00238872  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2461  fatty acid metabolism transcriptional regulator FadR  57.02 
 
 
239 aa  276  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000004944  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01172  hypothetical protein  57.02 
 
 
239 aa  276  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000480756  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1332  fatty acid metabolism regulator  57.02 
 
 
239 aa  276  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305633  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1290  fatty acid metabolism regulator  57.02 
 
 
239 aa  276  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000557847  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1674  fatty acid metabolism regulator  57.02 
 
 
239 aa  276  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000616517  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1962  fatty acid metabolism regulator  57.02 
 
 
239 aa  276  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000133841  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2438  fatty acid metabolism regulator  57.02 
 
 
239 aa  276  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000216625  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2365  fatty acid metabolism regulator  55.7 
 
 
239 aa  274  9e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000203201  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1983  fatty acid metabolism regulator  55.7 
 
 
239 aa  268  5e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0199399  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2003  fatty acid metabolism regulator  54.82 
 
 
239 aa  265  4e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000120819  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2147  fatty acid metabolism regulator  49.44 
 
 
280 aa  244  9e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  47.01 
 
 
279 aa  238  9e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  46.24 
 
 
279 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002979  transcriptional regulator for fatty acid degradation FadR GntR family  47.37 
 
 
279 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0623  fatty acid metabolism regulator  45.98 
 
 
239 aa  226  3e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000168386  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  46.46 
 
 
236 aa  218  7.999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  39.82 
 
 
235 aa  175  5e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  42.86 
 
 
230 aa  160  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  35.11 
 
 
227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2130  regulatory protein GntR HTH  31.84 
 
 
233 aa  113  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0857174  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  31.16 
 
 
233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1066  transcriptional regulator NanR  29.05 
 
 
251 aa  70.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624285  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
249 aa  70.1  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
267 aa  69.7  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  32.67 
 
 
235 aa  68.9  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  31.82 
 
 
232 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  25 
 
 
237 aa  67  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  30.13 
 
 
234 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 
240 aa  65.9  0.0000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  27.92 
 
 
261 aa  63.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  31.06 
 
 
237 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  28.65 
 
 
250 aa  63.2  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  29.11 
 
 
235 aa  63.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  27.56 
 
 
253 aa  62.4  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8406  regulatory protein GntR HTH  32.68 
 
 
277 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
239 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0539  GntR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
247 aa  61.2  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
239 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  39.71 
 
 
240 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
239 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  29.82 
 
 
235 aa  60.8  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0711  GntR domain-containing protein  30.3 
 
 
243 aa  60.8  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.121808 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  30.2 
 
 
257 aa  60.8  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
242 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
230 aa  59.7  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  39.02 
 
 
237 aa  59.7  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1712  putative regulatory protein  27.97 
 
 
223 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1629  putative regulatory protein  27.97 
 
 
223 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1645  putative regulatory protein  27.97 
 
 
223 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1795  putative regulatory protein  27.97 
 
 
223 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1653  putative regulatory protein  27.97 
 
 
263 aa  58.9  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.989828 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5244  transcriptional regulator, GntR family  27.88 
 
 
234 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
249 aa  58.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
221 aa  58.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
247 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
231 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1561  regulatory protein GntR HTH  30.19 
 
 
234 aa  57.8  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000597737  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
252 aa  57.4  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2079  regulatory protein GntR HTH  26.15 
 
 
249 aa  57.8  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.744782  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  22.68 
 
 
252 aa  57  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0299  transcriptional regulator GntR  27.88 
 
 
234 aa  57  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  29.59 
 
 
254 aa  57  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  28.5 
 
 
258 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  28.5 
 
 
258 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  28.5 
 
 
258 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  28.5 
 
 
258 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  28.5 
 
 
258 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.44 
 
 
257 aa  56.2  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>