More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01148 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  100 
 
 		 236 aa  488  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2794  fatty acid metabolism regulator  78.81 
 
 		 236 aa  391  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00556903  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1924  fatty acid metabolism regulator  61.54 
 
 		 240 aa  317  1e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000876108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2438  fatty acid metabolism regulator  61.97 
 
 		 239 aa  317  1e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2748  fatty acid metabolism regulator  60.59 
 
 		 239 aa  316  3e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000401699  decreased coverage  0.0000363622 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  60.68 
 
 		 237 aa  316  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1983  fatty acid metabolism regulator  61.44 
 
 		 239 aa  314  6e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0199399  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1635  fatty acid metabolism regulator  61.97 
 
 		 239 aa  314  8e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000115144  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2363  fatty acid metabolism regulator  61.02 
 
 		 239 aa  313  9.999999999999999e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000339682  normal  0.326287 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1999  fatty acid metabolism regulator  61.02 
 
 		 239 aa  313  9.999999999999999e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00814717  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2109  fatty acid metabolism regulator  61.02 
 
 		 239 aa  313  9.999999999999999e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109018  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2885  fatty acid metabolism regulator  60.68 
 
 		 240 aa  311  3.9999999999999997e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1643  fatty acid metabolism regulator  60.26 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000083399  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1568  fatty acid metabolism regulator  60.26 
 
 		 241 aa  310  2e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000521117  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2244  fatty acid metabolism regulator  60.17 
 
 		 239 aa  310  2e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0118438  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2003  fatty acid metabolism regulator  60.59 
 
 		 239 aa  309  2.9999999999999997e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000120819  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1948  fatty acid metabolism regulator  60.17 
 
 		 239 aa  308  4e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00527579  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1683  fatty acid metabolism regulator  59.83 
 
 		 238 aa  308  5e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000333704  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1635  fatty acid metabolism regulator  59.83 
 
 		 241 aa  307  8e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000615714  normal  0.0628183 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1943  fatty acid metabolism regulator  60.43 
 
 		 239 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0247778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1947  fatty acid metabolism regulator  60.43 
 
 		 239 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0438592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1328  fatty acid metabolism regulator  60.43 
 
 		 239 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000224704  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1513  fatty acid metabolism regulator  60.43 
 
 		 239 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2003  fatty acid metabolism regulator  60.43 
 
 		 239 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69959  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01162  fatty acid metabolism regulator  60.43 
 
 		 239 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000799515  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01172  hypothetical protein  60.43 
 
 		 239 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000480756  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2461  fatty acid metabolism transcriptional regulator FadR  60.43 
 
 		 239 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000004944  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1332  fatty acid metabolism regulator  60.43 
 
 		 239 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305633  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1962  fatty acid metabolism regulator  60.43 
 
 		 239 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1345  fatty acid metabolism regulator  60.43 
 
 		 239 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00238872  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1674  fatty acid metabolism regulator  60.43 
 
 		 239 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000616517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1290  fatty acid metabolism regulator  60.43 
 
 		 239 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000557847  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2438  fatty acid metabolism regulator  60.43 
 
 		 239 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000216625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  58.97 
 
 		 238 aa  304  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1778  fatty acid metabolism regulator  58.97 
 
 		 238 aa  304  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000719025  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1771  fatty acid metabolism regulator  58.97 
 
 		 238 aa  304  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000343571  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1743  fatty acid metabolism regulator  58.55 
 
 		 239 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2507  fatty acid metabolism regulator  58.97 
 
 		 238 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000437817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2365  fatty acid metabolism regulator  59.83 
 
 		 239 aa  302  4.0000000000000003e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000203201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2174  fatty acid metabolism regulator  58.56 
 
 		 253 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000030216  normal  0.0239474 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2689  fatty acid metabolism regulator  57.21 
 
 		 249 aa  280  2e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449481  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2512  fatty acid metabolism regulator  55.02 
 
 		 249 aa  278  6e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000912913  normal  0.579868 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002979  transcriptional regulator for fatty acid degradation FadR GntR family  46.74 
 
 		 279 aa  259  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  46.74 
 
 		 279 aa  258  5.0000000000000005e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  47.83 
 
 		 279 aa  258  6e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  45.34 
 
 		 236 aa  243  9.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2147  fatty acid metabolism regulator  44.36 
 
 		 280 aa  237  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0623  fatty acid metabolism regulator  44.68 
 
 		 239 aa  224  9e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000168386  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  39.35 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  39.8 
 
 		 235 aa  162  4.0000000000000004e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2130  regulatory protein GntR HTH  31.41 
 
 		 233 aa  124  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0857174  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  31.41 
 
 		 233 aa  124  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  32.81 
 
 		 227 aa  121  9e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  30.25 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  41.3 
 
 		 261 aa  72  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  33.33 
 
 		 237 aa  68.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 249 aa  67  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  42.67 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8406  regulatory protein GntR HTH  32.53 
 
 		 277 aa  62.8  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  29.14 
 
 		 232 aa  62  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4488  regulatory protein GntR HTH  37.63 
 
 		 252 aa  61.6  0.000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 258 aa  61.6  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 267 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 255 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  39.53 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1232  GntR-like  28.93 
 
 		 252 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6600  GntR domain-containing protein  28.93 
 
 		 252 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal  0.274665 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  30.72 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  28.19 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0718  putative transcriptional regulator, GntR family  26.13 
 
 		 238 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  28.48 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1066  transcriptional regulator NanR  25.91 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624285  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0700  putative transcriptional regulator, GntR family  25.68 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.516841 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1629  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1645  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1795  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1712  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  31.45 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2616  GntR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.23468  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  29.68 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  30.46 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1653  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 263 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.989828 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  30.88 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  29.59 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  23.11 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  25.81 
 
 		 253 aa  55.5  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1699  GntR domain-containing protein  28.1 
 
 		 513 aa  55.1  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.330463  hitchhiker  0.0000606357 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  29.8 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  45 
 
 		 251 aa  54.7  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 257 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2388  GntR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 248 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>