More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2087 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  100 
 
 		 233 aa  482  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2130  regulatory protein GntR HTH  95.71 
 
 		 233 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0857174  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  33.94 
 
 		 235 aa  146  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  35.07 
 
 		 227 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  36.49 
 
 		 230 aa  143  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1683  fatty acid metabolism regulator  34.5 
 
 		 238 aa  125  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000333704  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  31.79 
 
 		 237 aa  124  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2885  fatty acid metabolism regulator  33.33 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  31.41 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2794  fatty acid metabolism regulator  32.29 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00556903  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1643  fatty acid metabolism regulator  33.01 
 
 		 241 aa  123  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000083399  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1635  fatty acid metabolism regulator  32.86 
 
 		 239 aa  123  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000115144  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1568  fatty acid metabolism regulator  33.01 
 
 		 241 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000521117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1635  fatty acid metabolism regulator  32.86 
 
 		 241 aa  122  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000615714  normal  0.0628183 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2507  fatty acid metabolism regulator  32.38 
 
 		 238 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000437817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1778  fatty acid metabolism regulator  32.38 
 
 		 238 aa  121  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000719025  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1771  fatty acid metabolism regulator  32.38 
 
 		 238 aa  121  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000343571  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  32.38 
 
 		 238 aa  121  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1924  fatty acid metabolism regulator  34.18 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000876108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2438  fatty acid metabolism regulator  31.66 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2512  fatty acid metabolism regulator  32.16 
 
 		 249 aa  116  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000912913  normal  0.579868 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1983  fatty acid metabolism regulator  29.46 
 
 		 239 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0199399  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1743  fatty acid metabolism regulator  30.15 
 
 		 239 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1999  fatty acid metabolism regulator  31.72 
 
 		 239 aa  115  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00814717  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2109  fatty acid metabolism regulator  31.72 
 
 		 239 aa  115  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109018  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2363  fatty acid metabolism regulator  31.72 
 
 		 239 aa  115  6e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000339682  normal  0.326287 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2174  fatty acid metabolism regulator  31.66 
 
 		 253 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000030216  normal  0.0239474 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2748  fatty acid metabolism regulator  31.52 
 
 		 239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000401699  decreased coverage  0.0000363622 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2689  fatty acid metabolism regulator  31.16 
 
 		 249 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449481  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2003  fatty acid metabolism regulator  29.02 
 
 		 239 aa  111  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000120819  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1948  fatty acid metabolism regulator  30.39 
 
 		 239 aa  109  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00527579  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01162  fatty acid metabolism regulator  29.53 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000799515  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2461  fatty acid metabolism transcriptional regulator FadR  29.53 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000004944  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1962  fatty acid metabolism regulator  29.53 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2438  fatty acid metabolism regulator  29.53 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000216625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1290  fatty acid metabolism regulator  29.53 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000557847  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1674  fatty acid metabolism regulator  29.53 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000616517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01172  hypothetical protein  29.53 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000480756  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1332  fatty acid metabolism regulator  29.53 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305633  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1345  fatty acid metabolism regulator  29.53 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00238872  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2244  fatty acid metabolism regulator  29.35 
 
 		 239 aa  108  8.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0118438  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2365  fatty acid metabolism regulator  28.5 
 
 		 239 aa  108  8.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000203201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1947  fatty acid metabolism regulator  29.57 
 
 		 239 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0438592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1328  fatty acid metabolism regulator  29.57 
 
 		 239 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000224704  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2003  fatty acid metabolism regulator  29.57 
 
 		 239 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1513  fatty acid metabolism regulator  29.57 
 
 		 239 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1943  fatty acid metabolism regulator  29.57 
 
 		 239 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0247778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0623  fatty acid metabolism regulator  25.12 
 
 		 239 aa  99.8  3e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000168386  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  27.66 
 
 		 236 aa  97.1  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002979  transcriptional regulator for fatty acid degradation FadR GntR family  26.84 
 
 		 279 aa  89.4  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  25.54 
 
 		 279 aa  86.7  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  24.68 
 
 		 279 aa  86.3  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2147  fatty acid metabolism regulator  24.89 
 
 		 280 aa  84  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  32.18 
 
 		 261 aa  82  0.000000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 240 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  31.14 
 
 		 237 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  28.29 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  29.21 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  28.28 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  33.14 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0711  GntR domain-containing protein  38.68 
 
 		 243 aa  65.1  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.121808 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3067  transcriptional regulator NanR  31.84 
 
 		 258 aa  64.7  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0862108 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  31.18 
 
 		 227 aa  62.4  0.000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 238 aa  62  0.000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4894  GntR domain-containing protein  28.25 
 
 		 229 aa  62.4  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000861781  hitchhiker  0.000000633527 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0277  regulatory protein GntR HTH  34.58 
 
 		 229 aa  62  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.582636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  30.3 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  24.07 
 
 		 257 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0901  GntR-like  27.31 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  29.05 
 
 		 238 aa  60.1  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4488  regulatory protein GntR HTH  34.26 
 
 		 252 aa  59.7  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  25.47 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5550  putative GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0940  GntR domain protein  26.67 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.120535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  27.8 
 
 		 253 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0503  GntR domain protein  25.45 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.232387 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  30.53 
 
 		 252 aa  58.5  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 268 aa  58.5  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  25.38 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  29.19 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2500  GntR domain protein  27.89 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0133  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 249 aa  57  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  28.83 
 
 		 237 aa  57  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  30.52 
 
 		 233 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 252 aa  57  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2217  GntR domain protein  30.54 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1561  regulatory protein GntR HTH  31.45 
 
 		 234 aa  57  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000597737  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  30.52 
 
 		 233 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  29.27 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  30.32 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  31.45 
 
 		 273 aa  56.2  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4787  GntR domain protein  27.13 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0496334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  24.87 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 232 aa  55.8  0.0000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>