More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1635 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1635  fatty acid metabolism regulator  100 
 
 		 239 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000115144  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2885  fatty acid metabolism regulator  89.54 
 
 		 240 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1771  fatty acid metabolism regulator  91.14 
 
 		 238 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000343571  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  91.14 
 
 		 238 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1683  fatty acid metabolism regulator  90.72 
 
 		 238 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000333704  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1778  fatty acid metabolism regulator  91.1 
 
 		 238 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000719025  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2507  fatty acid metabolism regulator  90.72 
 
 		 238 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000437817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1643  fatty acid metabolism regulator  90.21 
 
 		 241 aa  441  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000083399  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1568  fatty acid metabolism regulator  89.79 
 
 		 241 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000521117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1635  fatty acid metabolism regulator  89.83 
 
 		 241 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000615714  normal  0.0628183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1924  fatty acid metabolism regulator  86.08 
 
 		 240 aa  427  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000876108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1743  fatty acid metabolism regulator  82.01 
 
 		 239 aa  418  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2438  fatty acid metabolism regulator  81.7 
 
 		 239 aa  412  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2174  fatty acid metabolism regulator  75.11 
 
 		 253 aa  360  1e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000030216  normal  0.0239474 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2689  fatty acid metabolism regulator  74.78 
 
 		 249 aa  359  3e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449481  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2512  fatty acid metabolism regulator  72.93 
 
 		 249 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000912913  normal  0.579868 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2748  fatty acid metabolism regulator  61.34 
 
 		 239 aa  316  2e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000401699  decreased coverage  0.0000363622 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2794  fatty acid metabolism regulator  64.07 
 
 		 236 aa  316  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00556903  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  61.97 
 
 		 236 aa  314  9e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1947  fatty acid metabolism regulator  61.7 
 
 		 239 aa  313  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0438592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1328  fatty acid metabolism regulator  61.7 
 
 		 239 aa  313  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000224704  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1513  fatty acid metabolism regulator  61.7 
 
 		 239 aa  313  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2003  fatty acid metabolism regulator  61.7 
 
 		 239 aa  313  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1943  fatty acid metabolism regulator  61.7 
 
 		 239 aa  313  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0247778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2244  fatty acid metabolism regulator  62.71 
 
 		 239 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0118438  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1948  fatty acid metabolism regulator  62.71 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00527579  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01162  fatty acid metabolism regulator  61.28 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000799515  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2461  fatty acid metabolism transcriptional regulator FadR  61.28 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000004944  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1674  fatty acid metabolism regulator  61.28 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000616517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01172  hypothetical protein  61.28 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000480756  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1290  fatty acid metabolism regulator  61.28 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000557847  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1332  fatty acid metabolism regulator  61.28 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305633  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2438  fatty acid metabolism regulator  61.28 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000216625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1345  fatty acid metabolism regulator  61.28 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00238872  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1962  fatty acid metabolism regulator  61.28 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1999  fatty acid metabolism regulator  60.08 
 
 		 239 aa  309  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00814717  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2363  fatty acid metabolism regulator  60.08 
 
 		 239 aa  309  2e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000339682  normal  0.326287 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2109  fatty acid metabolism regulator  60.08 
 
 		 239 aa  309  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109018  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2365  fatty acid metabolism regulator  60 
 
 		 239 aa  306  2.0000000000000002e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000203201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1983  fatty acid metabolism regulator  58.4 
 
 		 239 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0199399  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  59.49 
 
 		 237 aa  302  4.0000000000000003e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2003  fatty acid metabolism regulator  58.4 
 
 		 239 aa  300  1e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000120819  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  48.01 
 
 		 279 aa  255  5e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002979  transcriptional regulator for fatty acid degradation FadR GntR family  46.59 
 
 		 279 aa  247  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  46.24 
 
 		 279 aa  244  6e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2147  fatty acid metabolism regulator  46.07 
 
 		 280 aa  241  5e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  49.57 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0623  fatty acid metabolism regulator  44.07 
 
 		 239 aa  228  7e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000168386  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  40.61 
 
 		 235 aa  161  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  39.45 
 
 		 230 aa  153  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  35.85 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  32.86 
 
 		 233 aa  123  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2130  regulatory protein GntR HTH  33.33 
 
 		 233 aa  122  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0857174  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1066  transcriptional regulator NanR  29.83 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624285  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  39.53 
 
 		 261 aa  69.7  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 267 aa  68.6  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  29.52 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 249 aa  66.2  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  25.91 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  31.41 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 239 aa  65.1  0.0000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  39.71 
 
 		 240 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1629  putative regulatory protein  31.97 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1795  putative regulatory protein  31.97 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1645  putative regulatory protein  31.97 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1712  putative regulatory protein  31.97 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1653  putative regulatory protein  31.97 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.989828 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 249 aa  63.9  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  39.02 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  30.22 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2064  GntR domain protein  32.91 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  30.77 
 
 		 235 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  28.57 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8406  regulatory protein GntR HTH  31.37 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  29.87 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  25.84 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  28.88 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  30.91 
 
 		 237 aa  58.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  28.3 
 
 		 253 aa  57.8  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3006  GntR domain protein  29.01 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0114  regulatory protein GntR HTH  25.54 
 
 		 260 aa  57  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  25.4 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 261 aa  56.6  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0711  GntR domain-containing protein  27.72 
 
 		 243 aa  56.6  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.121808 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  27.51 
 
 		 253 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  29.17 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0763  GntR domain protein  27.75 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4109  GntR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000434106  decreased coverage  0.00494792 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 251 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2218  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.92 
 
 		 255 aa  54.7  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0409255  hitchhiker  0.007316 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  24.04 
 
 		 255 aa  54.7  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5177  regulatory protein GntR HTH  28.07 
 
 		 238 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.835231  normal  0.258028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>