More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1568 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1568  fatty acid metabolism regulator  100 
 
 		 241 aa  495  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000521117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1643  fatty acid metabolism regulator  99.59 
 
 		 241 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000083399  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1635  fatty acid metabolism regulator  96.68 
 
 		 241 aa  484  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000615714  normal  0.0628183 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2885  fatty acid metabolism regulator  95.83 
 
 		 240 aa  477  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1683  fatty acid metabolism regulator  95.74 
 
 		 238 aa  463  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000333704  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1771  fatty acid metabolism regulator  93.19 
 
 		 238 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000343571  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  93.19 
 
 		 238 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1778  fatty acid metabolism regulator  93.62 
 
 		 238 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000719025  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2507  fatty acid metabolism regulator  92.77 
 
 		 238 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000437817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1635  fatty acid metabolism regulator  89.79 
 
 		 239 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000115144  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1924  fatty acid metabolism regulator  86.75 
 
 		 240 aa  422  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000876108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2438  fatty acid metabolism regulator  81.51 
 
 		 239 aa  410  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1743  fatty acid metabolism regulator  80.43 
 
 		 239 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2174  fatty acid metabolism regulator  73.11 
 
 		 253 aa  362  3e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000030216  normal  0.0239474 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2689  fatty acid metabolism regulator  73.01 
 
 		 249 aa  353  1e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449481  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2512  fatty acid metabolism regulator  72.05 
 
 		 249 aa  352  4e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000912913  normal  0.579868 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2748  fatty acid metabolism regulator  62.82 
 
 		 239 aa  317  1e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000401699  decreased coverage  0.0000363622 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1943  fatty acid metabolism regulator  62.03 
 
 		 239 aa  315  4e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0247778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2003  fatty acid metabolism regulator  62.03 
 
 		 239 aa  315  4e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1947  fatty acid metabolism regulator  62.03 
 
 		 239 aa  315  4e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0438592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1513  fatty acid metabolism regulator  62.03 
 
 		 239 aa  315  4e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1328  fatty acid metabolism regulator  62.03 
 
 		 239 aa  315  4e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000224704  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2363  fatty acid metabolism regulator  62.13 
 
 		 239 aa  315  5e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000339682  normal  0.326287 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1999  fatty acid metabolism regulator  62.13 
 
 		 239 aa  315  5e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00814717  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2109  fatty acid metabolism regulator  62.13 
 
 		 239 aa  315  5e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109018  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2794  fatty acid metabolism regulator  61.97 
 
 		 236 aa  315  5e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00556903  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01162  fatty acid metabolism regulator  61.6 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000799515  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1290  fatty acid metabolism regulator  61.6 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000557847  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2461  fatty acid metabolism transcriptional regulator FadR  61.6 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000004944  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1962  fatty acid metabolism regulator  61.6 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1345  fatty acid metabolism regulator  61.6 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00238872  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1674  fatty acid metabolism regulator  61.6 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000616517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01172  hypothetical protein  61.6 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000480756  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2438  fatty acid metabolism regulator  61.6 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000216625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1332  fatty acid metabolism regulator  61.6 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305633  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1948  fatty acid metabolism regulator  62.55 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00527579  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2244  fatty acid metabolism regulator  62.55 
 
 		 239 aa  311  7.999999999999999e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0118438  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  60.26 
 
 		 236 aa  310  2e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2365  fatty acid metabolism regulator  59.92 
 
 		 239 aa  305  5.0000000000000004e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000203201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2003  fatty acid metabolism regulator  60 
 
 		 239 aa  303  1.0000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000120819  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  61.3 
 
 		 237 aa  303  2.0000000000000002e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1983  fatty acid metabolism regulator  58.72 
 
 		 239 aa  299  3e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0199399  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  48.72 
 
 		 279 aa  259  2e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002979  transcriptional regulator for fatty acid degradation FadR GntR family  48 
 
 		 279 aa  248  6e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  46.52 
 
 		 279 aa  246  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2147  fatty acid metabolism regulator  47.08 
 
 		 280 aa  245  4e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  47.62 
 
 		 236 aa  234  6e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0623  fatty acid metabolism regulator  44.73 
 
 		 239 aa  229  4e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000168386  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  39.59 
 
 		 235 aa  159  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  41.58 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  34.6 
 
 		 227 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2130  regulatory protein GntR HTH  33.95 
 
 		 233 aa  123  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0857174  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  33.01 
 
 		 233 aa  123  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1066  transcriptional regulator NanR  30.22 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624285  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  27.73 
 
 		 237 aa  72.4  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 267 aa  71.6  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  30.07 
 
 		 261 aa  71.2  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  28.04 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  27.44 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 249 aa  65.1  0.0000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  28.76 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  39.02 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  30.72 
 
 		 232 aa  63.2  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3340  regulatory protein GntR, HTH:GntR-like  27.18 
 
 		 254 aa  62.4  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0714467 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  29.8 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0711  GntR domain-containing protein  29.88 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.121808 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  30.38 
 
 		 227 aa  59.7  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8406  regulatory protein GntR HTH  32.28 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  29.56 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  29.14 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  29.56 
 
 		 253 aa  58.9  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1517  transcriptional regulator NanR  30.41 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.822162  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  27.04 
 
 		 257 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2247  GntR domain protein  26.21 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 247 aa  57  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  28.19 
 
 		 257 aa  57.4  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1795  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 223 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1645  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 223 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1629  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 223 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0763  GntR domain protein  25.82 
 
 		 239 aa  57  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1712  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 223 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 261 aa  57  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1653  putative regulatory protein  28.19 
 
 		 263 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.989828 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  26.34 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0539  GntR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  31.48 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  26.44 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4109  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000434106  decreased coverage  0.00494792 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  29.49 
 
 		 254 aa  55.8  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0277  regulatory protein GntR HTH  39.71 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.582636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0114  regulatory protein GntR HTH  26.4 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>