78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2669 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2669  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 324 aa  661    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  74.62 
 
 		 328 aa  511  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  75 
 
 		 320 aa  508  1e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  74.68 
 
 		 324 aa  502  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  73.54 
 
 		 324 aa  498  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  73.82 
 
 		 328 aa  494  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  75 
 
 		 326 aa  495  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  72.47 
 
 		 329 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  76.43 
 
 		 321 aa  488  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  73.73 
 
 		 329 aa  488  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  71.11 
 
 		 324 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  74.37 
 
 		 325 aa  475  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  73.37 
 
 		 318 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  72.7 
 
 		 325 aa  461  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2262  chain length determinant protein  70.98 
 
 		 327 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0523506  decreased coverage  0.000488654 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  51.42 
 
 		 325 aa  337  9.999999999999999e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  50.64 
 
 		 315 aa  330  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0764  lipopolysaccharide biosynthesis  52.84 
 
 		 307 aa  317  1e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0283751  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2090  chain length determinant family protein  55.85 
 
 		 322 aa  313  2.9999999999999996e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.77217  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  51.29 
 
 		 320 aa  309  2.9999999999999997e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2132  chain length determinant protein  44.33 
 
 		 340 aa  272  5.000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.104216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  42.62 
 
 		 317 aa  265  8e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.978239 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.55 
 
 		 395 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.51 
 
 		 463 aa  62.4  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.55 
 
 		 355 aa  56.2  0.0000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.19 
 
 		 422 aa  55.5  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  30.83 
 
 		 716 aa  55.1  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  37.38 
 
 		 396 aa  54.3  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001117  tyrosine-protein kinase wzc  29.82 
 
 		 721 aa  53.1  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0502594  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  21.79 
 
 		 406 aa  52.4  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40.91 
 
 		 398 aa  51.6  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2674  tyrosine kinase  39.29 
 
 		 720 aa  50.8  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.314219 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2625  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.28 
 
 		 403 aa  50.1  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00623391  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  23.72 
 
 		 409 aa  50.1  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 407 aa  48.5  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3034  tyrosine kinase  37.29 
 
 		 723 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0567  chain length determinant protein  22.32 
 
 		 405 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0661  chain length determinant protein  22.32 
 
 		 405 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4429  capsular exopolysaccharide family  35.82 
 
 		 747 aa  48.1  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  22.07 
 
 		 388 aa  47.8  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1960  putative transport-related membrane protein  22.32 
 
 		 405 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.954505  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0315  chain length determinant protein-like protein  40.43 
 
 		 347 aa  47.8  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0580  tyrosine-protein kinase  33.62 
 
 		 759 aa  47.4  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.298329  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22900  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 278 aa  47  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1298  tyrosine kinase  36.67 
 
 		 724 aa  47  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.661567  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1985  chain length determinant domain-containing protein  22.32 
 
 		 405 aa  47  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0419  chain length determinant protein  41.51 
 
 		 370 aa  46.6  0.0006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.554474  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4936  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.04 
 
 		 362 aa  46.2  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0428435  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0490  ferric enterobactin transport protein FepE  22.53 
 
 		 377 aa  46.2  0.0008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  29.85 
 
 		 401 aa  46.2  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0370  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.57 
 
 		 334 aa  45.4  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3948  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.43 
 
 		 365 aa  45.4  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.174367 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2865  tyrosine kinase  40.91 
 
 		 723 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1115  capsular exopolysaccharide family  41.79 
 
 		 730 aa  45.8  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.335686  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1681  lipopolysaccharide biosynthesis  41.67 
 
 		 365 aa  44.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1172  tyrosine kinase  37.5 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1768  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.18 
 
 		 297 aa  43.9  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01966  protein-tyrosine kinase  37.5 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01955  hypothetical protein  37.5 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2353  tyrosine kinase  37.5 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2995  tyrosine kinase  37.5 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00970433 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1581  tyrosine kinase  37.5 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1002  tyrosine kinase  35.59 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1585  non-specific protein-tyrosine kinase  23.18 
 
 		 724 aa  43.1  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.31457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1097  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  47.73 
 
 		 726 aa  42.7  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0653674  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2334  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  47.73 
 
 		 726 aa  42.7  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2456  tyrosine kinase  36.21 
 
 		 719 aa  42.7  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0354521 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2662  capsular exopolysaccharide family  47.73 
 
 		 726 aa  42.7  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149577  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2349  tyrosine kinase  36.21 
 
 		 719 aa  42.7  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1888  hypothetical protein  25 
 
 		 343 aa  42.7  0.008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.173823  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00984  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  47.73 
 
 		 726 aa  42.7  0.009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.616626  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1597  capsular exopolysaccharide family  35.42 
 
 		 720 aa  42.7  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818894  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2298  tyrosine kinase  36.21 
 
 		 719 aa  42.7  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.250342  normal  0.402005 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2615  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  47.73 
 
 		 726 aa  42.7  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.662631  normal  0.0600868 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2241  tyrosine kinase  36.21 
 
 		 719 aa  42.7  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00991  hypothetical protein  47.73 
 
 		 726 aa  42.7  0.009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.486912  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1090  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  47.73 
 
 		 726 aa  42.7  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1217  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  47.73 
 
 		 726 aa  42.7  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>