228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1605 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 395 aa  788    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  57.14 
 
 		 396 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  51.13 
 
 		 401 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  44.65 
 
 		 409 aa  316  5e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40.83 
 
 		 422 aa  276  3e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  41.8 
 
 		 384 aa  256  4e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  35.86 
 
 		 406 aa  253  3e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  37.83 
 
 		 388 aa  250  3e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3061  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40.32 
 
 		 416 aa  249  6e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.78 
 
 		 407 aa  220  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0789  lipopolysaccharide biosynthesis  35.06 
 
 		 408 aa  203  3e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0889  lipopolysaccharide biosynthesis  31.59 
 
 		 428 aa  193  5e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.6181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1234  lipopolysaccharide biosynthesis  32.79 
 
 		 388 aa  190  4e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2731  lipopolysaccharide biosynthesis  36.78 
 
 		 394 aa  183  6e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.838486  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1888  hypothetical protein  33.51 
 
 		 343 aa  172  6.999999999999999e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.173823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.07 
 
 		 463 aa  167  4e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.61 
 
 		 398 aa  166  9e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1960  putative transport-related membrane protein  31.71 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.954505  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0661  chain length determinant protein  31.71 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0567  chain length determinant protein  31.71 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1985  chain length determinant domain-containing protein  31.27 
 
 		 405 aa  159  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2625  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.07 
 
 		 403 aa  151  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00623391  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1885  hypothetical protein  27.72 
 
 		 370 aa  98.2  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0914  EpsB  25.91 
 
 		 739 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121592  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2481  chain length determinant protein  25.91 
 
 		 739 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1959  capsular exopolysaccharide family  24.38 
 
 		 732 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.901256 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0547  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase, putative  25.71 
 
 		 739 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2619  chain length determinant protein  25.55 
 
 		 739 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2242  protein-tyrosine kinase  24.39 
 
 		 740 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.551274 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3034  tyrosine kinase  24.19 
 
 		 723 aa  76.3  0.0000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  36.29 
 
 		 320 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.45 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  23.31 
 
 		 329 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4539  protein-tyrosine kinase  21.96 
 
 		 741 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267128  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  34.38 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3824  hypothetical protein  21.96 
 
 		 741 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3700  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.96 
 
 		 741 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.34 
 
 		 643 aa  73.6  0.000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  26.01 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2272  protein-tyrosine kinase  21.92 
 
 		 741 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.994718  normal  0.103014 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.56 
 
 		 328 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  33.59 
 
 		 328 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  23.58 
 
 		 716 aa  71.6  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4915  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.77 
 
 		 741 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113292 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.77 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2865  tyrosine kinase  21.22 
 
 		 723 aa  70.9  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  23.78 
 
 		 475 aa  70.9  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0621  capsular exopolysaccharide family  21.05 
 
 		 726 aa  70.1  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.242447  normal  0.136345 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.34 
 
 		 642 aa  70.1  0.00000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2342  tyrosine kinase  23.98 
 
 		 719 aa  70.1  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.34409  normal  0.673103 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  24.03 
 
 		 490 aa  69.7  0.00000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2241  tyrosine kinase  23.98 
 
 		 719 aa  69.7  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2349  tyrosine kinase  23.98 
 
 		 719 aa  69.7  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2456  tyrosine kinase  23.98 
 
 		 719 aa  69.7  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0354521 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.78 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  32.03 
 
 		 329 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2298  tyrosine kinase  23.98 
 
 		 719 aa  69.7  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.250342  normal  0.402005 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5550  hypothetical protein  21.37 
 
 		 741 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.01 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3443  tyrosine-protein kinase  25.5 
 
 		 753 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2472  exopolysaccharide transport protein family  22.87 
 
 		 741 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.342499  normal  0.203654 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3727  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.37 
 
 		 741 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.601241 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0507  exopolysaccharide transporter  25.1 
 
 		 740 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  22.67 
 
 		 720 aa  67.4  0.0000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4428  non-specific protein-tyrosine kinase  24.19 
 
 		 749 aa  66.6  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3276  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  21.85 
 
 		 736 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.205435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3733  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.4 
 
 		 780 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0845  capsular exopolysaccharide family  21.15 
 
 		 784 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1126  capsular exopolysaccharide family  27.6 
 
 		 790 aa  64.7  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0796389  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3694  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  24.48 
 
 		 726 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1002  tyrosine kinase  22.65 
 
 		 720 aa  64.7  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  32.71 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.978239 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01966  protein-tyrosine kinase  22.65 
 
 		 720 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1597  capsular exopolysaccharide family  23.21 
 
 		 720 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818894  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.46 
 
 		 671 aa  63.9  0.000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1172  tyrosine kinase  22.65 
 
 		 720 aa  63.9  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01955  hypothetical protein  22.65 
 
 		 720 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4053  exopolysaccharide transport protein family  25.86 
 
 		 740 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2995  tyrosine kinase  23.21 
 
 		 720 aa  64.3  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00970433 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  21.79 
 
 		 790 aa  64.3  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1581  tyrosine kinase  22.65 
 
 		 720 aa  64.3  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2353  tyrosine kinase  22.65 
 
 		 720 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001117  tyrosine-protein kinase wzc  21.16 
 
 		 721 aa  63.2  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0502594  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2191  tyrosine-protein kinase etk  21.9 
 
 		 722 aa  63.2  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174737  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2674  tyrosine kinase  22.36 
 
 		 720 aa  62.8  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.314219 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0580  tyrosine-protein kinase  23.11 
 
 		 759 aa  62.4  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.298329  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.04 
 
 		 325 aa  62.4  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  25.19 
 
 		 753 aa  62  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  21.85 
 
 		 804 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1061  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  20.76 
 
 		 730 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2893  non-specific protein-tyrosine kinase  24.58 
 
 		 727 aa  61.2  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.22224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2025  lipopolysaccharide biosynthesis  23.37 
 
 		 469 aa  61.6  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.97283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3225  protein-tyrosine kinase  23.87 
 
 		 735 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.119763  normal  0.295148 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4703  exopolysaccharide transport protein family  20 
 
 		 747 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2615  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  20.95 
 
 		 726 aa  60.5  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.662631  normal  0.0600868 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1097  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  20.95 
 
 		 726 aa  60.5  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0653674  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00991  hypothetical protein  20.95 
 
 		 726 aa  60.5  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.486912  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.77 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1191  exopolysaccharide transport protein family  22.17 
 
 		 750 aa  60.5  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.113829  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2334  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  20.95 
 
 		 726 aa  60.5  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>