78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3191 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  100 
 
 		 329 aa  678    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  88.72 
 
 		 329 aa  616  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  89.51 
 
 		 324 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  89.81 
 
 		 328 aa  608  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  89.47 
 
 		 325 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  82.66 
 
 		 328 aa  568  1e-161  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  84.39 
 
 		 320 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  80.75 
 
 		 324 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  87.54 
 
 		 318 aa  542  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  75 
 
 		 324 aa  513  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  78.32 
 
 		 321 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  74.7 
 
 		 325 aa  496  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  70.81 
 
 		 326 aa  475  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2262  chain length determinant protein  71.17 
 
 		 327 aa  455  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0523506  decreased coverage  0.000488654 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2669  lipopolysaccharide biosynthesis  71.52 
 
 		 324 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  54.58 
 
 		 325 aa  356  3.9999999999999996e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  53.97 
 
 		 315 aa  353  2.9999999999999997e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0764  lipopolysaccharide biosynthesis  52.79 
 
 		 307 aa  335  7e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0283751  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  53.11 
 
 		 320 aa  326  3e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2090  chain length determinant family protein  53.33 
 
 		 322 aa  322  6e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.77217  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2132  chain length determinant protein  43.65 
 
 		 340 aa  287  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.104216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  41.69 
 
 		 317 aa  271  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.978239 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.03 
 
 		 355 aa  69.7  0.00000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.03 
 
 		 395 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.91 
 
 		 463 aa  62  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001117  tyrosine-protein kinase wzc  36.11 
 
 		 721 aa  59.7  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0502594  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 422 aa  58.9  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  32.41 
 
 		 716 aa  58.5  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  22.02 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  24.56 
 
 		 388 aa  57  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0357  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.08 
 
 		 296 aa  53.5  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  21.15 
 
 		 406 aa  52.8  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40.91 
 
 		 398 aa  52.8  0.000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0370  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.82 
 
 		 334 aa  51.2  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1674  lipopolysaccharide biosynthesis  22.84 
 
 		 364 aa  51.6  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1888  hypothetical protein  23.06 
 
 		 343 aa  50.4  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.173823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2625  lipopolysaccharide biosynthesis protein  35.87 
 
 		 403 aa  50.1  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00623391  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.38 
 
 		 407 aa  49.7  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3034  tyrosine kinase  32.43 
 
 		 723 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.34 
 
 		 396 aa  48.5  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0315  chain length determinant protein-like protein  42.86 
 
 		 347 aa  48.1  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1977  capsular exopolysaccharide family  23.71 
 
 		 803 aa  46.6  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664452 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1768  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.27 
 
 		 297 aa  46.2  0.0007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0419  chain length determinant protein  42.86 
 
 		 370 aa  46.2  0.0008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.554474  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  28.38 
 
 		 401 aa  46.2  0.0009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0580  tyrosine-protein kinase  32.35 
 
 		 759 aa  45.4  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.298329  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0621  capsular exopolysaccharide family  31 
 
 		 726 aa  44.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.242447  normal  0.136345 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0945  lipopolysaccharide biosynthesis  32.65 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1298  tyrosine kinase  37.7 
 
 		 724 aa  44.7  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.661567  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1234  lipopolysaccharide biosynthesis  32.84 
 
 		 388 aa  44.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3948  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.66 
 
 		 365 aa  43.9  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.174367 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2674  tyrosine kinase  36.54 
 
 		 720 aa  43.9  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.314219 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1775  capsular exopolysaccharide family  22.92 
 
 		 803 aa  43.9  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00109135  normal  0.0290835 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1115  capsular exopolysaccharide family  46.97 
 
 		 730 aa  43.5  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.335686  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1985  chain length determinant domain-containing protein  20 
 
 		 405 aa  43.5  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  24.21 
 
 		 774 aa  43.5  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00543  hypothetical protein  34.38 
 
 		 377 aa  43.1  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.589908  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0673  ferric enterobactin transport protein FepE  34.38 
 
 		 377 aa  43.1  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0638  ferric enterobactin transport protein FepE  34.38 
 
 		 377 aa  43.1  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3057  ferric enterobactin transport protein FepE  34.38 
 
 		 377 aa  43.1  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3039  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.38 
 
 		 377 aa  43.1  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.443281  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00554  regulator of length of O-antigen component of lipopolysaccharide chains  34.38 
 
 		 377 aa  43.1  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0162  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  45.45 
 
 		 350 aa  42.7  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  25.56 
 
 		 377 aa  43.1  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  34.38 
 
 		 377 aa  42.7  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  35.85 
 
 		 474 aa  42.7  0.008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0490  ferric enterobactin transport protein FepE  21.18 
 
 		 377 aa  42.7  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1681  lipopolysaccharide biosynthesis  43.75 
 
 		 365 aa  42.7  0.009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4000  protein-tyrosine kinase  21.03 
 
 		 708 aa  42.7  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.218918  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2347  lipopolysaccharide biosynthesis  56.41 
 
 		 426 aa  42.7  0.009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000937745  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00984  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  27.52 
 
 		 726 aa  42.4  0.01  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.616626  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2334  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  27.52 
 
 		 726 aa  42.4  0.01  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2662  capsular exopolysaccharide family  27.52 
 
 		 726 aa  42.4  0.01  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149577  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1090  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  27.52 
 
 		 726 aa  42.4  0.01  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00991  hypothetical protein  27.52 
 
 		 726 aa  42.4  0.01  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.486912  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1097  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  27.52 
 
 		 726 aa  42.4  0.01  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0653674  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2615  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  27.52 
 
 		 726 aa  42.4  0.01  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.662631  normal  0.0600868 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1217  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  27.52 
 
 		 726 aa  42.4  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>