46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0764 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_0764  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 
307 aa  611  9.999999999999999e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0283751  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  52.3 
 
 
325 aa  346  3e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  53.77 
 
 
329 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  53.95 
 
 
315 aa  335  5e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  52.79 
 
 
329 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  55.03 
 
 
324 aa  333  2e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  54.21 
 
 
328 aa  328  9e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  53.87 
 
 
321 aa  324  1e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  52.98 
 
 
320 aa  324  1e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  52.17 
 
 
324 aa  323  3e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  52.32 
 
 
328 aa  322  5e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  52.53 
 
 
324 aa  322  5e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  52.72 
 
 
326 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  54.88 
 
 
325 aa  318  5e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  53.16 
 
 
325 aa  309  4e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  52.31 
 
 
318 aa  297  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2262  chain length determinant protein  50.34 
 
 
327 aa  291  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0523506  decreased coverage  0.000488654 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2669  lipopolysaccharide biosynthesis  52.17 
 
 
324 aa  288  7e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  49.36 
 
 
320 aa  281  9e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2090  chain length determinant family protein  50 
 
 
322 aa  281  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.77217  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  39.39 
 
 
317 aa  253  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.978239 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2132  chain length determinant protein  41.45 
 
 
340 aa  252  5.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.104216  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.77 
 
 
395 aa  60.1  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.88 
 
 
355 aa  55.1  0.000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.97 
 
 
422 aa  53.9  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  35.79 
 
 
463 aa  53.1  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001117  tyrosine-protein kinase wzc  35.85 
 
 
721 aa  52.4  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0502594  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  32.11 
 
 
716 aa  51.2  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  29.41 
 
 
406 aa  46.6  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  29.59 
 
 
409 aa  46.6  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0621  capsular exopolysaccharide family  29.17 
 
 
726 aa  46.2  0.0007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.242447  normal  0.136345 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2674  tyrosine kinase  30.3 
 
 
720 aa  45.8  0.0009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.314219 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1002  tyrosine kinase  30.3 
 
 
720 aa  45.8  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1172  tyrosine kinase  30.3 
 
 
720 aa  45.8  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1581  tyrosine kinase  30.3 
 
 
720 aa  45.8  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2353  tyrosine kinase  30.3 
 
 
720 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  23.83 
 
 
388 aa  45.4  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01955  hypothetical protein  30.3 
 
 
720 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1597  capsular exopolysaccharide family  30.3 
 
 
720 aa  45.8  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818894  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01966  protein-tyrosine kinase  30.3 
 
 
720 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.82 
 
 
396 aa  45.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1115  capsular exopolysaccharide family  36.7 
 
 
730 aa  44.3  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.335686  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2995  tyrosine kinase  28.15 
 
 
720 aa  43.5  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00970433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0580  tyrosine-protein kinase  63.33 
 
 
759 aa  43.5  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.298329  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.33 
 
 
398 aa  43.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.62 
 
 
407 aa  43.5  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>