68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2841 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 326 aa  671    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  76.9 
 
 		 324 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  75.46 
 
 		 321 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  73.91 
 
 		 328 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  72.53 
 
 		 328 aa  481  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  72.67 
 
 		 329 aa  474  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  73.29 
 
 		 324 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  70.81 
 
 		 329 aa  475  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  73.44 
 
 		 320 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  72.7 
 
 		 325 aa  463  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  74.92 
 
 		 325 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  71.66 
 
 		 324 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2669  lipopolysaccharide biosynthesis  75 
 
 		 324 aa  442  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  75.58 
 
 		 318 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2262  chain length determinant protein  68.29 
 
 		 327 aa  423  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0523506  decreased coverage  0.000488654 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  49.54 
 
 		 325 aa  331  8e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  52.48 
 
 		 315 aa  331  9e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2090  chain length determinant family protein  55.33 
 
 		 322 aa  323  3e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.77217  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0764  lipopolysaccharide biosynthesis  52.72 
 
 		 307 aa  320  9.999999999999999e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0283751  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  52.16 
 
 		 320 aa  311  1e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2132  chain length determinant protein  43.67 
 
 		 340 aa  268  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.104216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  42.96 
 
 		 317 aa  256  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.978239 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.51 
 
 		 355 aa  74.3  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.3 
 
 		 463 aa  61.6  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.48 
 
 		 395 aa  60.1  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.27 
 
 		 422 aa  59.7  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0490  ferric enterobactin transport protein FepE  21.69 
 
 		 377 aa  57.4  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  23.34 
 
 		 716 aa  57.4  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0370  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.13 
 
 		 334 aa  55.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  27.03 
 
 		 377 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  21.46 
 
 		 406 aa  53.9  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  21.62 
 
 		 409 aa  53.5  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.89 
 
 		 396 aa  50.8  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001117  tyrosine-protein kinase wzc  33.94 
 
 		 721 aa  50.8  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0502594  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3057  ferric enterobactin transport protein FepE  31.65 
 
 		 377 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0638  ferric enterobactin transport protein FepE  31.65 
 
 		 377 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3039  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.65 
 
 		 377 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.443281  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0673  ferric enterobactin transport protein FepE  31.65 
 
 		 377 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00543  hypothetical protein  31.65 
 
 		 377 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.589908  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00554  regulator of length of O-antigen component of lipopolysaccharide chains  31.65 
 
 		 377 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40.91 
 
 		 398 aa  48.9  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  31.65 
 
 		 377 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.26 
 
 		 407 aa  48.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2625  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.26 
 
 		 403 aa  48.5  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00623391  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  22.52 
 
 		 388 aa  48.5  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0419  chain length determinant protein  44.9 
 
 		 370 aa  47.4  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.554474  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0315  chain length determinant protein-like protein  41.3 
 
 		 347 aa  46.6  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0580  tyrosine-protein kinase  39.39 
 
 		 759 aa  46.6  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.298329  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3948  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.19 
 
 		 365 aa  46.6  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.174367 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3034  tyrosine kinase  22.22 
 
 		 723 aa  45.4  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4053  exopolysaccharide transport protein family  30.43 
 
 		 740 aa  45.4  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  22.54 
 
 		 797 aa  45.4  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0507  exopolysaccharide transporter  29.57 
 
 		 740 aa  45.4  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1097  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  32.86 
 
 		 726 aa  44.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0653674  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00984  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  32.86 
 
 		 726 aa  44.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.616626  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2662  capsular exopolysaccharide family  32.86 
 
 		 726 aa  44.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149577  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00991  hypothetical protein  32.86 
 
 		 726 aa  44.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.486912  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1217  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  32.86 
 
 		 726 aa  44.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0945  lipopolysaccharide biosynthesis  37.88 
 
 		 280 aa  45.1  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2334  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  32.86 
 
 		 726 aa  44.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1090  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  32.86 
 
 		 726 aa  44.7  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2615  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  32.86 
 
 		 726 aa  44.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.662631  normal  0.0600868 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1298  tyrosine kinase  42.11 
 
 		 724 aa  44.3  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.661567  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1681  lipopolysaccharide biosynthesis  43.75 
 
 		 365 aa  43.1  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1115  capsular exopolysaccharide family  43.94 
 
 		 730 aa  43.1  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.335686  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  28.36 
 
 		 401 aa  43.1  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  21.16 
 
 		 774 aa  43.1  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4084  acetyltransferase  22.94 
 
 		 733 aa  42.7  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.182153  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>