90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1653 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 321 aa  657    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  83.97 
 
 		 324 aa  546  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  80.25 
 
 		 325 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  78.64 
 
 		 328 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  80.26 
 
 		 329 aa  518  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  80.32 
 
 		 328 aa  520  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  78.32 
 
 		 329 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  75.94 
 
 		 320 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  82.04 
 
 		 325 aa  513  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  79.61 
 
 		 324 aa  513  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  78.57 
 
 		 324 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  75.46 
 
 		 326 aa  498  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  77.19 
 
 		 318 aa  482  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2669  lipopolysaccharide biosynthesis  75.16 
 
 		 324 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2262  chain length determinant protein  71.06 
 
 		 327 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0523506  decreased coverage  0.000488654 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  52.17 
 
 		 315 aa  344  1e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  50.79 
 
 		 325 aa  339  2.9999999999999998e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0764  lipopolysaccharide biosynthesis  53.87 
 
 		 307 aa  330  2e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0283751  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2090  chain length determinant family protein  55.33 
 
 		 322 aa  324  1e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.77217  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  52.33 
 
 		 320 aa  312  3.9999999999999997e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2132  chain length determinant protein  42.44 
 
 		 340 aa  264  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.104216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  42.37 
 
 		 317 aa  263  4e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.978239 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.22 
 
 		 395 aa  76.6  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.71 
 
 		 355 aa  76.3  0.0000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  22.84 
 
 		 406 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.69 
 
 		 463 aa  67  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.23 
 
 		 422 aa  62.4  0.000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  33.64 
 
 		 716 aa  58.5  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001117  tyrosine-protein kinase wzc  33.03 
 
 		 721 aa  57  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0502594  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  43.94 
 
 		 398 aa  54.7  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  22.17 
 
 		 388 aa  53.5  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.33 
 
 		 407 aa  53.5  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  21.93 
 
 		 409 aa  53.5  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1888  hypothetical protein  22 
 
 		 343 aa  53.5  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.173823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3034  tyrosine kinase  43.75 
 
 		 723 aa  52.8  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.34 
 
 		 396 aa  52.8  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4936  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.1 
 
 		 362 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0428435  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1298  tyrosine kinase  42.19 
 
 		 724 aa  50.4  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.661567  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  21.28 
 
 		 797 aa  49.7  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0370  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.84 
 
 		 334 aa  49.3  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0945  lipopolysaccharide biosynthesis  23.84 
 
 		 280 aa  48.9  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1977  capsular exopolysaccharide family  25.76 
 
 		 803 aa  48.1  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664452 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2625  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.89 
 
 		 403 aa  47.8  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00623391  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1674  lipopolysaccharide biosynthesis  22.69 
 
 		 364 aa  48.1  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3948  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.41 
 
 		 365 aa  46.6  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.174367 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22900  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.39 
 
 		 278 aa  46.6  0.0006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4429  capsular exopolysaccharide family  30.39 
 
 		 747 aa  46.2  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  22.36 
 
 		 772 aa  45.8  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2674  tyrosine kinase  38 
 
 		 720 aa  45.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.314219 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  23.56 
 
 		 774 aa  45.8  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23360  O-antigen chain length regulator  37.33 
 
 		 360 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000253152  hitchhiker  0.00753817 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0419  chain length determinant protein  45.83 
 
 		 370 aa  45.4  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.554474  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1585  non-specific protein-tyrosine kinase  27.94 
 
 		 724 aa  44.7  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.31457 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2274  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.35 
 
 		 315 aa  45.1  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.302253  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1234  lipopolysaccharide biosynthesis  34.85 
 
 		 388 aa  44.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2995  tyrosine kinase  37.1 
 
 		 720 aa  45.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00970433 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  28.36 
 
 		 401 aa  44.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2347  lipopolysaccharide biosynthesis  26.13 
 
 		 426 aa  45.1  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000937745  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0315  chain length determinant protein-like protein  45.95 
 
 		 347 aa  45.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00991  hypothetical protein  30.88 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.486912  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01955  hypothetical protein  36 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1217  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  30.88 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2865  tyrosine kinase  38.3 
 
 		 723 aa  44.3  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01966  protein-tyrosine kinase  36 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00984  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  30.88 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.616626  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2662  capsular exopolysaccharide family  30.88 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149577  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2334  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  30.88 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1172  tyrosine kinase  36 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1002  tyrosine kinase  36 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2615  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  30.88 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.662631  normal  0.0600868 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1581  tyrosine kinase  36 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1090  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  30.88 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2353  tyrosine kinase  36 
 
 		 720 aa  44.3  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1097  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  30.88 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0653674  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0580  tyrosine-protein kinase  30.28 
 
 		 759 aa  43.9  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.298329  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1775  capsular exopolysaccharide family  21.52 
 
 		 803 aa  43.5  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00109135  normal  0.0290835 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1257  ferric enterobactin transport protein FepE  35.38 
 
 		 383 aa  43.5  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000394328  hitchhiker  0.0000000226828 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1768  lipopolysaccharide biosynthesis protein  36.54 
 
 		 297 aa  43.1  0.006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3036  ferric enterobactin transport protein FepE  35.38 
 
 		 383 aa  42.7  0.007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.177075  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0621  capsular exopolysaccharide family  39.58 
 
 		 726 aa  42.7  0.008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.242447  normal  0.136345 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  28.85 
 
 		 377 aa  42.7  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3177  ferric enterobactin transport protein FepE  35.38 
 
 		 383 aa  42.7  0.008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  32.43 
 
 		 377 aa  42.7  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0490  ferric enterobactin transport protein FepE  28.85 
 
 		 377 aa  42.7  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0628  ferric enterobactin transport protein FepE  34.72 
 
 		 378 aa  42.7  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0685  ferric enterobactin transport protein FepE  34.72 
 
 		 378 aa  42.7  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1597  capsular exopolysaccharide family  34 
 
 		 720 aa  42.7  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818894  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0642  ferric enterobactin transport protein FepE  34.72 
 
 		 378 aa  42.7  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.412553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  35.06 
 
 		 779 aa  42.4  0.01  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4053  exopolysaccharide transport protein family  36.99 
 
 		 740 aa  42.4  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>