17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3948 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3948  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 365 aa  732    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.174367 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0352  lipopolysaccharide biosynthesis protein  46.31 
 
 		 357 aa  282  5.000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0533175  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1079  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.75 
 
 		 361 aa  194  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2770  hypothetical protein  25.07 
 
 		 363 aa  99.8  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0579909  normal  0.616581 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2569  hypothetical protein  24.93 
 
 		 373 aa  73.6  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.028657  normal  0.698022 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4936  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.04 
 
 		 362 aa  63.2  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0428435  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.14 
 
 		 324 aa  48.1  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  22.22 
 
 		 317 aa  48.5  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.978239 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  30.19 
 
 		 326 aa  46.2  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.06 
 
 		 422 aa  45.4  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  20.17 
 
 		 388 aa  45.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.57 
 
 		 320 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.59 
 
 		 355 aa  43.5  0.006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  35.85 
 
 		 758 aa  43.5  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  25.66 
 
 		 329 aa  43.1  0.007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.33 
 
 		 325 aa  43.1  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  27.62 
 
 		 328 aa  42.7  0.01  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>