31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2975 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  100 
 
 		 317 aa  647    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.978239 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  46.1 
 
 		 315 aa  282  5.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  41.69 
 
 		 329 aa  271  1e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  42.21 
 
 		 324 aa  271  1e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  41.84 
 
 		 325 aa  268  1e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  41.1 
 
 		 324 aa  267  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40.34 
 
 		 320 aa  259  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  41.02 
 
 		 328 aa  259  4e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  40 
 
 		 329 aa  258  1e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40.67 
 
 		 325 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  42.96 
 
 		 326 aa  256  3e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.64 
 
 		 328 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0764  lipopolysaccharide biosynthesis  39.39 
 
 		 307 aa  253  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0283751  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.59 
 
 		 324 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  42.37 
 
 		 321 aa  251  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2090  chain length determinant family protein  43.75 
 
 		 322 aa  248  7e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.77217  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  40.88 
 
 		 318 aa  248  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2262  chain length determinant protein  43.1 
 
 		 327 aa  245  6e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0523506  decreased coverage  0.000488654 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  41.53 
 
 		 325 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  40.07 
 
 		 320 aa  242  7e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2132  chain length determinant protein  35.57 
 
 		 340 aa  230  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.104216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2669  lipopolysaccharide biosynthesis  40.98 
 
 		 324 aa  226  4e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.71 
 
 		 395 aa  64.7  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  42.25 
 
 		 355 aa  57  0.0000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4000  protein-tyrosine kinase  24.78 
 
 		 708 aa  53.5  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.218918  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  35.16 
 
 		 422 aa  50.1  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4936  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.79 
 
 		 362 aa  50.1  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0428435  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3948  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.22 
 
 		 365 aa  48.1  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.174367 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  22.9 
 
 		 406 aa  45.8  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  23.57 
 
 		 409 aa  45.4  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  34.04 
 
 		 388 aa  44.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>