71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0643 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 398 aa  807    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1234  lipopolysaccharide biosynthesis  48.75 
 
 		 388 aa  327  3e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40.16 
 
 		 407 aa  247  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  34.05 
 
 		 406 aa  209  9e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1888  hypothetical protein  35.14 
 
 		 343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.173823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.34 
 
 		 395 aa  196  9e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0789  lipopolysaccharide biosynthesis  31.88 
 
 		 408 aa  189  5.999999999999999e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  33.69 
 
 		 409 aa  178  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2731  lipopolysaccharide biosynthesis  35.49 
 
 		 394 aa  177  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.838486  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0567  chain length determinant protein  30.87 
 
 		 405 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0661  chain length determinant protein  30.87 
 
 		 405 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1960  putative transport-related membrane protein  30.87 
 
 		 405 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.954505  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.9 
 
 		 384 aa  169  8e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1985  chain length determinant domain-containing protein  32.38 
 
 		 405 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.9 
 
 		 422 aa  164  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  28.65 
 
 		 388 aa  164  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  33.89 
 
 		 401 aa  162  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.92 
 
 		 396 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3061  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.33 
 
 		 416 aa  142  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0889  lipopolysaccharide biosynthesis  25.97 
 
 		 428 aa  126  8.000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.6181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1885  hypothetical protein  26.84 
 
 		 370 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2625  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.38 
 
 		 403 aa  87.4  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00623391  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.05 
 
 		 463 aa  85.9  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  24.08 
 
 		 329 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.22 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  23.1 
 
 		 324 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.55 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  45.45 
 
 		 325 aa  58.9  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.22 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.47 
 
 		 321 aa  57  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.91 
 
 		 320 aa  57  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2049  capsule polysaccharide export protein-like protein  24.32 
 
 		 413 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  43.94 
 
 		 329 aa  55.5  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  42.42 
 
 		 328 aa  54.3  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0914  EpsB  25.99 
 
 		 739 aa  53.5  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121592  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2481  chain length determinant protein  25.99 
 
 		 739 aa  53.5  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2619  chain length determinant protein  25.55 
 
 		 739 aa  53.1  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  21.39 
 
 		 325 aa  52.4  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0547  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase, putative  25.55 
 
 		 739 aa  52.4  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1780  capsular polysaccharide ABC transporter  21.61 
 
 		 372 aa  52.4  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  24.73 
 
 		 716 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  23.93 
 
 		 318 aa  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3824  hypothetical protein  26.48 
 
 		 741 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2272  protein-tyrosine kinase  26.48 
 
 		 741 aa  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.994718  normal  0.103014 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3700  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.48 
 
 		 741 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4539  protein-tyrosine kinase  26.48 
 
 		 741 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267128  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2669  lipopolysaccharide biosynthesis  40.91 
 
 		 324 aa  51.6  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4274  tyrosine kinase  28.64 
 
 		 745 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4915  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.48 
 
 		 741 aa  50.8  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113292 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2090  chain length determinant family protein  57.14 
 
 		 322 aa  50.4  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.77217  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  42.42 
 
 		 324 aa  50.4  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4429  capsular exopolysaccharide family  29.52 
 
 		 747 aa  50.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4408  capsular exopolysaccharide family  28.64 
 
 		 746 aa  49.7  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5550  hypothetical protein  26.03 
 
 		 741 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  40.91 
 
 		 326 aa  48.9  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3727  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.03 
 
 		 741 aa  48.9  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.601241 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.9 
 
 		 671 aa  48.5  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4053  exopolysaccharide transport protein family  27.37 
 
 		 740 aa  48.9  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1959  capsular exopolysaccharide family  24.22 
 
 		 732 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.901256 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1251  non-specific protein-tyrosine kinase  27.88 
 
 		 754 aa  46.6  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.5 
 
 		 315 aa  46.6  0.0007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0507  exopolysaccharide transporter  27.73 
 
 		 740 aa  46.6  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2242  protein-tyrosine kinase  24.22 
 
 		 740 aa  46.6  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.551274 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2632  non-specific protein-tyrosine kinase  26.92 
 
 		 745 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.405291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5368  exopolysaccharide transporter  23.81 
 
 		 747 aa  46.2  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1061  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  24.66 
 
 		 730 aa  45.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  24.17 
 
 		 753 aa  44.7  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0292  capsular polysaccharide export inner-membrane protein KpsE  21.88 
 
 		 371 aa  44.7  0.003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2262  chain length determinant protein  36.67 
 
 		 327 aa  44.7  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0523506  decreased coverage  0.000488654 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3844  lipopolysaccharide biosynthesis  27.23 
 
 		 740 aa  44.3  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0764  lipopolysaccharide biosynthesis  33.33 
 
 		 307 aa  43.1  0.01  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0283751  normal  0.394454 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>