91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1234 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1234  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 388 aa  770    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  48.32 
 
 		 407 aa  329  6e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  49.86 
 
 		 398 aa  296  4e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.16 
 
 		 422 aa  229  7e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1888  hypothetical protein  42.47 
 
 		 343 aa  228  1e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.173823  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.3 
 
 		 384 aa  224  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  34.89 
 
 		 406 aa  223  4e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  38.4 
 
 		 409 aa  223  4e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1985  chain length determinant domain-containing protein  37.06 
 
 		 405 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0661  chain length determinant protein  36.34 
 
 		 405 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0567  chain length determinant protein  36.34 
 
 		 405 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1960  putative transport-related membrane protein  36.34 
 
 		 405 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.954505  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.05 
 
 		 395 aa  211  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  35.97 
 
 		 396 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  36.61 
 
 		 401 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  33.43 
 
 		 388 aa  200  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0789  lipopolysaccharide biosynthesis  32.56 
 
 		 408 aa  197  3e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2731  lipopolysaccharide biosynthesis  36.84 
 
 		 394 aa  196  6e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.838486  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3061  lipopolysaccharide biosynthesis protein  41.7 
 
 		 416 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1885  hypothetical protein  30.89 
 
 		 370 aa  150  5e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0889  lipopolysaccharide biosynthesis  29.54 
 
 		 428 aa  139  7e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.6181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2625  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.52 
 
 		 403 aa  95.5  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00623391  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.09 
 
 		 463 aa  77.4  0.0000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1780  capsular polysaccharide ABC transporter  24.89 
 
 		 372 aa  64.7  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3225  protein-tyrosine kinase  24.23 
 
 		 735 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.119763  normal  0.295148 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3443  tyrosine-protein kinase  25.88 
 
 		 753 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1959  capsular exopolysaccharide family  27.69 
 
 		 732 aa  62  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.901256 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1619  capsular polysaccharide ABC transporter  23.77 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1439  capsular polysaccharide ABC transporter  23.77 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4915  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  25.09 
 
 		 741 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113292 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0292  capsular polysaccharide export inner-membrane protein KpsE  23.78 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0547  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase, putative  26.32 
 
 		 739 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2242  protein-tyrosine kinase  26.45 
 
 		 740 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.551274 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3700  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  25.71 
 
 		 741 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4539  protein-tyrosine kinase  25.71 
 
 		 741 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267128  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3824  hypothetical protein  25.71 
 
 		 741 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0914  EpsB  25.61 
 
 		 739 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121592  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2272  protein-tyrosine kinase  26.38 
 
 		 741 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.994718  normal  0.103014 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2481  chain length determinant protein  25.61 
 
 		 739 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2619  chain length determinant protein  25.26 
 
 		 739 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1061  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  27.27 
 
 		 730 aa  57  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3727  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  24.64 
 
 		 741 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.601241 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3492  lipopolysaccharide biosynthesis  26.91 
 
 		 283 aa  56.2  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.259029 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5550  hypothetical protein  24.64 
 
 		 741 aa  56.2  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29900  Protein-tyrosine kinase wzz family protein  26.42 
 
 		 734 aa  55.8  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.131777  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  23.46 
 
 		 329 aa  55.8  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001117  tyrosine-protein kinase wzc  26.87 
 
 		 721 aa  55.5  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0502594  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  23.74 
 
 		 716 aa  54.7  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3844  lipopolysaccharide biosynthesis  27.49 
 
 		 740 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4703  exopolysaccharide transport protein family  21.79 
 
 		 747 aa  53.5  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  23.2 
 
 		 329 aa  53.1  0.000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5730  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein  25.21 
 
 		 368 aa  52.4  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.22 
 
 		 373 aa  51.2  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0845  capsular exopolysaccharide family  26.54 
 
 		 784 aa  50.8  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2472  exopolysaccharide transport protein family  20.25 
 
 		 741 aa  50.1  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.342499  normal  0.203654 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3850  protein-tyrosine kinase  27.92 
 
 		 784 aa  49.7  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2533  protein-tyrosine kinase  23.6 
 
 		 802 aa  49.7  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.152743 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0622  capsular polysaccharide ABC transporter  23.25 
 
 		 367 aa  49.3  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.22942 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3220  polysialic acid capsule export inner-membrane protein KpsE  23.41 
 
 		 382 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02765  hypothetical protein  23.41 
 
 		 382 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000109995  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  21.94 
 
 		 324 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02815  Capsule polysaccharide export inner-membrane protein kpsE  23.41 
 
 		 378 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000139035  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.68 
 
 		 324 aa  48.1  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1713  protein-tyrosine kinase  23.72 
 
 		 731 aa  48.5  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000917303  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0580  tyrosine-protein kinase  24.1 
 
 		 759 aa  47.8  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.298329  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0507  exopolysaccharide transporter  22.98 
 
 		 740 aa  47.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2347  lipopolysaccharide biosynthesis  25.35 
 
 		 426 aa  47.8  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000937745  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4053  exopolysaccharide transport protein family  23.67 
 
 		 740 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4428  non-specific protein-tyrosine kinase  27.49 
 
 		 749 aa  47.8  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.85 
 
 		 320 aa  47.4  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  36.36 
 
 		 328 aa  47.4  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4274  tyrosine kinase  24.89 
 
 		 745 aa  47  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0649  putative lipopolysaccharide biosynthesis tyrosine kinase  22.45 
 
 		 753 aa  47  0.0006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1658  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.58 
 
 		 413 aa  46.6  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  32.84 
 
 		 328 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4408  capsular exopolysaccharide family  25.21 
 
 		 746 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4429  capsular exopolysaccharide family  25.21 
 
 		 747 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2893  non-specific protein-tyrosine kinase  25.45 
 
 		 727 aa  45.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.22224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.82 
 
 		 321 aa  45.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3034  tyrosine kinase  22.31 
 
 		 723 aa  45.4  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3733  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  27.24 
 
 		 780 aa  45.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2049  capsule polysaccharide export protein-like protein  21.88 
 
 		 413 aa  44.7  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0820  exopolysaccharide transport protein family  21.31 
 
 		 744 aa  44.3  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3864  exopolysaccharide export associated tyrosine kinase  21.31 
 
 		 744 aa  44.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.642298 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.33 
 
 		 325 aa  44.3  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2715  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.48 
 
 		 341 aa  44.3  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.158503  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  28.06 
 
 		 772 aa  43.5  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2090  chain length determinant family protein  30.28 
 
 		 322 aa  43.5  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.77217  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2865  tyrosine kinase  21.43 
 
 		 723 aa  43.1  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0251  non-specific protein-tyrosine kinase  21.58 
 
 		 751 aa  42.7  0.009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0122717 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0621  capsular exopolysaccharide family  22.18 
 
 		 726 aa  43.1  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.242447  normal  0.136345 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>