58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2262 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2262  chain length determinant protein  100 
 
 		 327 aa  671    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0523506  decreased coverage  0.000488654 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  73.93 
 
 		 324 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  72.39 
 
 		 328 aa  481  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  71.17 
 
 		 329 aa  483  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  71.78 
 
 		 329 aa  478  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  70.03 
 
 		 324 aa  475  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  73.39 
 
 		 325 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  72.9 
 
 		 320 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  70.86 
 
 		 328 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  69.72 
 
 		 324 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  68.29 
 
 		 326 aa  454  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  71.29 
 
 		 321 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  73.23 
 
 		 318 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  70.39 
 
 		 325 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2669  lipopolysaccharide biosynthesis  70.75 
 
 		 324 aa  421  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  52.81 
 
 		 315 aa  344  1e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  51.31 
 
 		 325 aa  339  2.9999999999999998e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0764  lipopolysaccharide biosynthesis  50.34 
 
 		 307 aa  308  1.0000000000000001e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0283751  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2090  chain length determinant family protein  52 
 
 		 322 aa  297  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.77217  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  50.99 
 
 		 320 aa  295  7e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  42.66 
 
 		 317 aa  266  4e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.978239 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2132  chain length determinant protein  41.12 
 
 		 340 aa  259  4e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.104216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.28 
 
 		 355 aa  66.6  0.0000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.51 
 
 		 463 aa  64.3  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.66 
 
 		 395 aa  63.2  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001117  tyrosine-protein kinase wzc  33.94 
 
 		 721 aa  59.3  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0502594  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  31.19 
 
 		 716 aa  58.9  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.19 
 
 		 422 aa  57.8  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1115  capsular exopolysaccharide family  33.93 
 
 		 730 aa  53.5  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.335686  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0580  tyrosine-protein kinase  32.48 
 
 		 759 aa  53.1  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.298329  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  21.92 
 
 		 409 aa  52.4  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3034  tyrosine kinase  37.5 
 
 		 723 aa  51.6  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4429  capsular exopolysaccharide family  29.81 
 
 		 747 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  37.31 
 
 		 396 aa  50.8  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2625  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.58 
 
 		 403 aa  50.4  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00623391  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1298  tyrosine kinase  39.29 
 
 		 724 aa  50.1  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.661567  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2674  tyrosine kinase  37.5 
 
 		 720 aa  48.1  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.314219 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  34.48 
 
 		 406 aa  47.4  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  23.81 
 
 		 388 aa  47  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0370  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.73 
 
 		 334 aa  46.2  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2995  tyrosine kinase  33.93 
 
 		 720 aa  45.4  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00970433 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.85 
 
 		 407 aa  45.8  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01955  hypothetical protein  33.93 
 
 		 720 aa  44.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4936  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.89 
 
 		 362 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0428435  normal  0.874346 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01966  protein-tyrosine kinase  33.93 
 
 		 720 aa  44.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0621  capsular exopolysaccharide family  25.47 
 
 		 726 aa  45.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.242447  normal  0.136345 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1172  tyrosine kinase  33.93 
 
 		 720 aa  44.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  36.67 
 
 		 398 aa  44.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1002  tyrosine kinase  33.93 
 
 		 720 aa  44.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1581  tyrosine kinase  33.93 
 
 		 720 aa  44.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2353  tyrosine kinase  33.93 
 
 		 720 aa  44.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  28.99 
 
 		 401 aa  45.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1768  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.46 
 
 		 297 aa  44.3  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0419  chain length determinant protein  32.31 
 
 		 370 aa  43.9  0.004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.554474  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3276  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  34.62 
 
 		 736 aa  43.1  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.205435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2347  lipopolysaccharide biosynthesis  47.92 
 
 		 426 aa  42.7  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000937745  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1597  capsular exopolysaccharide family  32.14 
 
 		 720 aa  42.7  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818894  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2865  tyrosine kinase  30.61 
 
 		 723 aa  42.7  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>