40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2090 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2090  chain length determinant family protein  100 
 
 		 322 aa  649    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.77217  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  58.09 
 
 		 328 aa  360  2e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  57.1 
 
 		 324 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  55.12 
 
 		 329 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  55.15 
 
 		 326 aa  352  7e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  55.26 
 
 		 324 aa  350  2e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  56.33 
 
 		 328 aa  349  4e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  57.33 
 
 		 321 aa  340  2e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  54.15 
 
 		 320 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  53.8 
 
 		 329 aa  340  2e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  52.17 
 
 		 324 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  55.33 
 
 		 325 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  54.63 
 
 		 325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  56.44 
 
 		 318 aa  321  9.000000000000001e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  50.65 
 
 		 315 aa  313  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  47.15 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0764  lipopolysaccharide biosynthesis  50 
 
 		 307 aa  302  6.000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0283751  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2669  lipopolysaccharide biosynthesis  54.46 
 
 		 324 aa  300  3e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2262  chain length determinant protein  51.83 
 
 		 327 aa  299  4e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0523506  decreased coverage  0.000488654 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  49.83 
 
 		 320 aa  293  3e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2132  chain length determinant protein  45.67 
 
 		 340 aa  290  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.104216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  44.97 
 
 		 317 aa  276  5e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.978239 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  37.38 
 
 		 355 aa  67.8  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  36.67 
 
 		 395 aa  65.1  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.26 
 
 		 396 aa  52.8  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  36.54 
 
 		 422 aa  52  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.33 
 
 		 398 aa  51.2  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.93 
 
 		 463 aa  51.2  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001117  tyrosine-protein kinase wzc  31.3 
 
 		 721 aa  50.1  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0502594  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0419  chain length determinant protein  34.85 
 
 		 370 aa  50.1  0.00006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.554474  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  31.48 
 
 		 716 aa  47.8  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0580  tyrosine-protein kinase  32.08 
 
 		 759 aa  45.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.298329  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0315  chain length determinant protein-like protein  44.44 
 
 		 347 aa  45.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.34 
 
 		 407 aa  44.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1234  lipopolysaccharide biosynthesis  34.94 
 
 		 388 aa  43.9  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  28.44 
 
 		 406 aa  43.9  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0945  lipopolysaccharide biosynthesis  30.77 
 
 		 280 aa  43.5  0.005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  31.73 
 
 		 388 aa  43.1  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  34.67 
 
 		 401 aa  42.7  0.008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3948  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.47 
 
 		 365 aa  42.4  0.01  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.174367 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>