More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0001 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_0001  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 
453 aa  907    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.115024 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0001  chromosomal replication initiation protein  54.33 
 
 
498 aa  470  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  49.24 
 
 
477 aa  441  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  41.63 
 
 
460 aa  342  9e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  44.2 
 
 
482 aa  336  5e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  39.78 
 
 
460 aa  334  2e-90  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  40 
 
 
464 aa  334  2e-90  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.71 
 
 
519 aa  333  5e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  unclonable  1.2245600000000001e-24 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  39.57 
 
 
452 aa  331  1e-89  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  41.8 
 
 
461 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  0.000000603983 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  41.27 
 
 
455 aa  323  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  41.27 
 
 
455 aa  323  3e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  39.47 
 
 
448 aa  323  4e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  37.89 
 
 
470 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  41.21 
 
 
475 aa  320  5e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  41.47 
 
 
472 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  42.27 
 
 
477 aa  317  3e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  40.84 
 
 
473 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  40.64 
 
 
472 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  40.75 
 
 
494 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  40.85 
 
 
475 aa  313  3.9999999999999997e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  41.6 
 
 
498 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  41.25 
 
 
475 aa  310  5e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  40.6 
 
 
472 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  40.95 
 
 
501 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  38.35 
 
 
509 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  41.34 
 
 
501 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  41.34 
 
 
501 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  41.13 
 
 
499 aa  301  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  34.51 
 
 
449 aa  300  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  34.5 
 
 
452 aa  300  4e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  35.79 
 
 
475 aa  294  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0259  chromosomal replication initiator protein DnaA  38.31 
 
 
474 aa  294  3e-78  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0001  chromosomal replication initiation protein  38.18 
 
 
506 aa  293  3e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0001  chromosomal replication initiation protein  34.27 
 
 
458 aa  293  4e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000304436  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0001  chromosomal replication initiation protein  39.11 
 
 
487 aa  293  4e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.775334  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  35.84 
 
 
462 aa  292  7e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  35.84 
 
 
462 aa  292  7e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  35.84 
 
 
462 aa  292  7e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  35.84 
 
 
462 aa  292  7e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  35.01 
 
 
445 aa  291  1e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  38.92 
 
 
510 aa  291  1e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  0.0000000244231  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  35.48 
 
 
461 aa  291  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0001  chromosomal replication initiation protein  33.91 
 
 
460 aa  290  3e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.11 
 
 
464 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.91 
 
 
462 aa  287  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  35.19 
 
 
461 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  36.05 
 
 
461 aa  286  4e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.39 
 
 
453 aa  286  7e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  35.33 
 
 
462 aa  286  8e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_008576  Mmc1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.2 
 
 
447 aa  285  9e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  35.78 
 
 
460 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  35.42 
 
 
459 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  35.57 
 
 
457 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000224276  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  35.99 
 
 
460 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  35.78 
 
 
460 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  35.99 
 
 
460 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0001  chromosomal replication initiation protein  34.27 
 
 
465 aa  283  6.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000010295  decreased coverage  0.002869 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0001  chromosomal replication initiation protein  36.61 
 
 
479 aa  282  7.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0301114  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.48 
 
 
454 aa  282  1e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1279  chromosomal replication initiation protein  37.34 
 
 
524 aa  281  1e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000504678  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  34.69 
 
 
465 aa  279  7e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  34.69 
 
 
462 aa  279  8e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.41 
 
 
475 aa  278  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0001  chromosomal replication initiation protein  45.75 
 
 
506 aa  278  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0129481  hitchhiker  0.0000000143408 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  34.75 
 
 
462 aa  278  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  unclonable  0.0000000118337 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.93 
 
 
461 aa  277  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  34.4 
 
 
465 aa  277  2e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0001  chromosomal replication initiation protein  35.37 
 
 
450 aa  277  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  33.55 
 
 
443 aa  277  3e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  35.13 
 
 
459 aa  276  4e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000386226  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0391  chromosomal replication initiation protein  36.91 
 
 
524 aa  276  5e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246214  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.79 
 
 
461 aa  276  5e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000704659  normal  0.0525005 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  35.46 
 
 
472 aa  275  9e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.24 
 
 
483 aa  275  9e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000328329  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  35.78 
 
 
462 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  34.97 
 
 
467 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  35.78 
 
 
462 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  34.97 
 
 
467 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.97 
 
 
467 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  34.97 
 
 
467 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  35.31 
 
 
463 aa  274  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  34.97 
 
 
467 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  34.97 
 
 
467 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0001  chromosomal replication initiation protein  35.76 
 
 
516 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962631  hitchhiker  0.00495499 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  34.97 
 
 
467 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.23 
 
 
482 aa  274  2.0000000000000002e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000460391  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  34.97 
 
 
467 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.87 
 
 
446 aa  274  3e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000208181  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0001  chromosomal replication initiation protein  35.96 
 
 
473 aa  273  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4144  chromosomal replication initiation protein  35.96 
 
 
473 aa  273  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.274258 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0002  chromosomal replication initiation protein  36.67 
 
 
481 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0480088  hitchhiker  0.0000132312 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  34.97 
 
 
467 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0001  chromosomal replication initiation protein  37.21 
 
 
516 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0192779 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0003  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 
520 aa  273  5.000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.0000273847  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  36.8 
 
 
455 aa  273  6e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0136  chromosomal replication initiation protein  34.8 
 
 
452 aa  273  7e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000582235  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.82 
 
 
474 aa  272  9e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  34.75 
 
 
466 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  31.56 
 
 
436 aa  272  1e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>