More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0003 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  100 
 
 		 519 aa  1057    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  unclonable  1.2245600000000001e-24 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  57.85 
 
 		 452 aa  551  1e-156  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  57.63 
 
 		 464 aa  550  1e-155  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  57.76 
 
 		 448 aa  546  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  57.49 
 
 		 509 aa  542  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  55.41 
 
 		 470 aa  535  1e-151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  56.29 
 
 		 482 aa  531  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  58.01 
 
 		 461 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  0.000000603983 
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  54.39 
 
 		 460 aa  521  1e-146  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  57.74 
 
 		 455 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  57.74 
 
 		 455 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  57.94 
 
 		 477 aa  502  1e-141  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  53.32 
 
 		 460 aa  504  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  51.62 
 
 		 477 aa  487  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  51.46 
 
 		 475 aa  486  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0259  chromosomal replication initiator protein DnaA  49.68 
 
 		 474 aa  460  9.999999999999999e-129  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  50.32 
 
 		 475 aa  450  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  49.79 
 
 		 472 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  49.37 
 
 		 472 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  49.58 
 
 		 473 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  48.83 
 
 		 472 aa  445  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  49.05 
 
 		 475 aa  444  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  49.68 
 
 		 475 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  47.08 
 
 		 501 aa  422  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  47.48 
 
 		 498 aa  422  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  46.58 
 
 		 494 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  46.2 
 
 		 501 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  46.2 
 
 		 501 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  46.15 
 
 		 451 aa  414  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000764641  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0001  chromosomal replication initiation protein  46.33 
 
 		 506 aa  411  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  46.25 
 
 		 452 aa  411  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  46.25 
 
 		 452 aa  411  1e-113  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  46.71 
 
 		 455 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  45.99 
 
 		 464 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  45.36 
 
 		 467 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  45.36 
 
 		 467 aa  402  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  45.2 
 
 		 460 aa  403  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  45.36 
 
 		 467 aa  402  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  45.36 
 
 		 467 aa  402  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  45.36 
 
 		 467 aa  402  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  45.36 
 
 		 467 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  44.99 
 
 		 460 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  45.73 
 
 		 460 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  45.36 
 
 		 467 aa  402  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  45.2 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  45.36 
 
 		 467 aa  402  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  45.21 
 
 		 466 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  47.79 
 
 		 499 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  45.21 
 
 		 466 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  45.3 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  44.09 
 
 		 451 aa  400  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  45.21 
 
 		 466 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  44.09 
 
 		 451 aa  400  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123931  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  45.3 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  45.36 
 
 		 467 aa  401  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  45.36 
 
 		 483 aa  401  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000328329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  45.3 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  45.21 
 
 		 466 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  46.15 
 
 		 462 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  45.32 
 
 		 461 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  45.53 
 
 		 459 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  45.45 
 
 		 466 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  45.3 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  44.75 
 
 		 461 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  45.91 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  45.49 
 
 		 463 aa  398  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  44.66 
 
 		 462 aa  397  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  unclonable  0.0000000118337 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  45.7 
 
 		 462 aa  397  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  44.65 
 
 		 465 aa  396  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  43.11 
 
 		 495 aa  397  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  45.7 
 
 		 462 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  45.32 
 
 		 461 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  45.83 
 
 		 510 aa  398  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  0.0000000244231  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.53 
 
 		 442 aa  393  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  44.47 
 
 		 461 aa  392  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  44.54 
 
 		 465 aa  392  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  42.68 
 
 		 452 aa  394  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  44.73 
 
 		 449 aa  394  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  46.63 
 
 		 478 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  42.62 
 
 		 469 aa  393  1e-108  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  44.44 
 
 		 462 aa  389  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0001  chromosomal replication initiation protein  42.29 
 
 		 506 aa  392  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0129481  hitchhiker  0.0000000143408 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0001  chromosomal replication initiation protein  43.67 
 
 		 479 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0301114  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.71 
 
 		 455 aa  386  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.738178 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  44.16 
 
 		 472 aa  387  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  41.48 
 
 		 524 aa  388  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0001  chromosomal replication initiation protein  44.1 
 
 		 512 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  45.47 
 
 		 450 aa  388  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  40.21 
 
 		 446 aa  382  1e-105  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  40.21 
 
 		 446 aa  382  1e-105  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  40.38 
 
 		 446 aa  383  1e-105  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  40.38 
 
 		 446 aa  383  1e-105  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  40.43 
 
 		 446 aa  384  1e-105  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  44.29 
 
 		 494 aa  385  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  40.38 
 
 		 446 aa  383  1e-105  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  40.38 
 
 		 457 aa  384  1e-105  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  40.6 
 
 		 457 aa  385  1e-105  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  40.38 
 
 		 446 aa  383  1e-105  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  40.43 
 
 		 446 aa  383  1e-105  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  44.23 
 
 		 457 aa  385  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000224276  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>