More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0003 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0001  chromosomal replication initiation protein  70.9 
 
 		 506 aa  671    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 		 510 aa  1036    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  0.0000000244231  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  62.6 
 
 		 501 aa  588  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  62.6 
 
 		 501 aa  588  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  62.68 
 
 		 501 aa  586  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  59.63 
 
 		 472 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  62.97 
 
 		 494 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  61.73 
 
 		 498 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  59.67 
 
 		 475 aa  574  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  59.92 
 
 		 473 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  64.23 
 
 		 499 aa  570  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  60.04 
 
 		 472 aa  568  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  59.79 
 
 		 472 aa  568  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  58.68 
 
 		 475 aa  564  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  58.93 
 
 		 475 aa  555  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0001  chromosomal replication initiation protein  54.22 
 
 		 506 aa  521  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0129481  hitchhiker  0.0000000143408 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0391  chromosomal replication initiation protein  49.32 
 
 		 524 aa  451  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246214  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0001  chromosomal replication initiation protein  47.23 
 
 		 516 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962631  hitchhiker  0.00495499 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0001  chromosomal replication initiation protein  46.72 
 
 		 479 aa  434  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0301114  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0001  chromosomal replication initiation protein  50 
 
 		 516 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0192779 
 
 
-
 
NC_004310  BR0001  chromosomal replication initiation protein  48.67 
 
 		 496 aa  424  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00276825  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0002  chromosomal replication initiation protein  49.08 
 
 		 481 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0480088  hitchhiker  0.0000132312 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0001  chromosomal replication initiation protein  48.67 
 
 		 496 aa  423  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0000869739  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0003  chromosomal replication initiation protein  46.37 
 
 		 520 aa  420  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.0000273847  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1279  chromosomal replication initiation protein  45.87 
 
 		 524 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000504678  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  45.83 
 
 		 519 aa  396  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  unclonable  1.2245600000000001e-24 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  43.04 
 
 		 448 aa  381  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  40.96 
 
 		 460 aa  361  1e-98  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  41.13 
 
 		 452 aa  359  8e-98  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  41.08 
 
 		 509 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  40.71 
 
 		 464 aa  354  2e-96  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  39.88 
 
 		 470 aa  355  2e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  40.8 
 
 		 461 aa  352  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  0.000000603983 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  39.43 
 
 		 482 aa  346  7e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.25 
 
 		 477 aa  345  1e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  40.17 
 
 		 455 aa  345  1e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  40.17 
 
 		 455 aa  345  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  38.88 
 
 		 460 aa  339  5e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  38.79 
 
 		 477 aa  340  5e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0259  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.18 
 
 		 474 aa  335  7.999999999999999e-91  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  38.51 
 
 		 475 aa  330  4e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.09 
 
 		 482 aa  323  4e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000460391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.36 
 
 		 453 aa  308  2.0000000000000002e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.51 
 
 		 463 aa  290  3e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  34.5 
 
 		 453 aa  289  7e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  34.5 
 
 		 453 aa  289  7e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.85 
 
 		 464 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0136  chromosomal replication initiation protein  34.51 
 
 		 452 aa  288  2e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000582235  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0001  chromosomal replication initiation protein  36.93 
 
 		 487 aa  286  5.999999999999999e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.775334  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  34.37 
 
 		 446 aa  286  7e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  34.37 
 
 		 446 aa  286  7e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  34.58 
 
 		 446 aa  286  9e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  34.58 
 
 		 446 aa  286  9e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  34.58 
 
 		 446 aa  286  9e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  34.58 
 
 		 446 aa  286  9e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  34.58 
 
 		 446 aa  286  9e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  34.16 
 
 		 446 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  33.68 
 
 		 451 aa  284  2.0000000000000002e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  34.16 
 
 		 446 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  33.95 
 
 		 450 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  33.89 
 
 		 436 aa  283  5.000000000000001e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  36.88 
 
 		 455 aa  283  6.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  36.02 
 
 		 460 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  35.38 
 
 		 472 aa  283  8.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  33.68 
 
 		 446 aa  283  8.000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  35.2 
 
 		 452 aa  282  9e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  32.58 
 
 		 450 aa  282  1e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  36.02 
 
 		 460 aa  281  1e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0001  chromosomal replication initiation protein  38.72 
 
 		 498 aa  281  1e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  35.82 
 
 		 462 aa  281  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  36.02 
 
 		 460 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.01 
 
 		 449 aa  281  1e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141272  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 		 467 aa  281  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  35.82 
 
 		 460 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.13 
 
 		 454 aa  281  3e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  34.99 
 
 		 461 aa  280  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 		 467 aa  279  7e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.73 
 
 		 467 aa  279  7e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  36.17 
 
 		 467 aa  279  7e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 		 467 aa  279  7e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  35.01 
 
 		 462 aa  279  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  35.01 
 
 		 462 aa  279  7e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 		 467 aa  279  7e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 		 467 aa  279  7e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  35.73 
 
 		 467 aa  279  7e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  33.75 
 
 		 446 aa  279  8e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  35.52 
 
 		 462 aa  279  9e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  35.93 
 
 		 466 aa  279  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  35.93 
 
 		 466 aa  279  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  36.23 
 
 		 461 aa  279  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  35.93 
 
 		 466 aa  279  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.73 
 
 		 474 aa  278  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  35.93 
 
 		 466 aa  279  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  35.97 
 
 		 451 aa  278  1e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000764641  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  35.33 
 
 		 452 aa  278  2e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  35.33 
 
 		 452 aa  278  2e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.1 
 
 		 462 aa  278  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 		 467 aa  278  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 		 466 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  35.81 
 
 		 478 aa  277  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>