More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0002 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR0001  chromosomal replication initiation protein  70.19 
 
 		 496 aa  654    Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00276825  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0001  chromosomal replication initiation protein  70.19 
 
 		 496 aa  654    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0000869739  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0001  chromosomal replication initiation protein  81.65 
 
 		 516 aa  777    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962631  hitchhiker  0.00495499 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0001  chromosomal replication initiation protein  66.46 
 
 		 479 aa  650    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0301114  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0391  chromosomal replication initiation protein  79.92 
 
 		 524 aa  773    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246214  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0001  chromosomal replication initiation protein  81.52 
 
 		 516 aa  776    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0192779 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0003  chromosomal replication initiation protein  70.77 
 
 		 520 aa  660    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.0000273847  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0002  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 		 481 aa  972    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0480088  hitchhiker  0.0000132312 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1279  chromosomal replication initiation protein  65.77 
 
 		 524 aa  625  1e-178  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000504678  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  52.09 
 
 		 475 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  52.62 
 
 		 473 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  51.26 
 
 		 475 aa  458  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  50.31 
 
 		 472 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  50.21 
 
 		 472 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  51.57 
 
 		 472 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  49.59 
 
 		 501 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  48.96 
 
 		 501 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  48.96 
 
 		 501 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  49.9 
 
 		 475 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  49.69 
 
 		 498 aa  438  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  49.27 
 
 		 494 aa  424  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  49.08 
 
 		 510 aa  423  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  0.0000000244231  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0001  chromosomal replication initiation protein  47.29 
 
 		 506 aa  419  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0129481  hitchhiker  0.0000000143408 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0001  chromosomal replication initiation protein  49.29 
 
 		 506 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  48.43 
 
 		 499 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.19 
 
 		 519 aa  352  5.9999999999999994e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  unclonable  1.2245600000000001e-24 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  40.83 
 
 		 461 aa  344  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  0.000000603983 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  38.62 
 
 		 448 aa  339  5.9999999999999996e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  39.71 
 
 		 482 aa  336  5e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  40.17 
 
 		 455 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  40.17 
 
 		 455 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  38.33 
 
 		 470 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  38.95 
 
 		 460 aa  323  4e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  36.95 
 
 		 460 aa  322  9.999999999999999e-87  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  37.18 
 
 		 464 aa  319  5e-86  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  36.55 
 
 		 452 aa  318  1e-85  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  37.96 
 
 		 509 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  38.28 
 
 		 477 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.82 
 
 		 477 aa  302  1e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  35.4 
 
 		 450 aa  295  1e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.97 
 
 		 482 aa  295  1e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000460391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  35.13 
 
 		 475 aa  293  4e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  34.68 
 
 		 446 aa  291  2e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  35.48 
 
 		 450 aa  291  2e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.4 
 
 		 453 aa  290  3e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  34.45 
 
 		 446 aa  288  1e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0001  chromosomal replication initiation protein  38.11 
 
 		 487 aa  288  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.775334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  34.26 
 
 		 446 aa  288  1e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.45 
 
 		 463 aa  287  2e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  33.61 
 
 		 446 aa  286  4e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  33.82 
 
 		 446 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  33.61 
 
 		 446 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  33.82 
 
 		 446 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  33.82 
 
 		 446 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  33.82 
 
 		 446 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  33.82 
 
 		 446 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  33.61 
 
 		 446 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.76 
 
 		 454 aa  283  3.0000000000000004e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  34.03 
 
 		 443 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0259  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.03 
 
 		 474 aa  283  5.000000000000001e-75  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.85 
 
 		 446 aa  281  1e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000208181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0001  chromosomal replication initiation protein  34.36 
 
 		 441 aa  280  3e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000247534  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  33.33 
 
 		 451 aa  280  6e-74  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0001  chromosomal replication initiation protein  38.03 
 
 		 498 aa  278  1e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  33.2 
 
 		 453 aa  277  3e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  33.2 
 
 		 453 aa  277  3e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  34.52 
 
 		 457 aa  277  4e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  34.52 
 
 		 457 aa  276  5e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.87 
 
 		 449 aa  276  8e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141272  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  35.85 
 
 		 462 aa  276  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  35.85 
 
 		 462 aa  276  8e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  34.13 
 
 		 462 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  34.13 
 
 		 462 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  34.13 
 
 		 462 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  34.13 
 
 		 462 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  34.03 
 
 		 452 aa  272  8.000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  34.03 
 
 		 452 aa  272  8.000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.41 
 
 		 462 aa  272  9e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  33.68 
 
 		 436 aa  272  9e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  34.48 
 
 		 460 aa  271  1e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.47 
 
 		 464 aa  271  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  34.48 
 
 		 460 aa  271  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  36.4 
 
 		 450 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  34.48 
 
 		 460 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  34.77 
 
 		 467 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  34.77 
 
 		 467 aa  270  4e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  34.63 
 
 		 460 aa  270  4e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  34.69 
 
 		 466 aa  270  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  34.69 
 
 		 466 aa  269  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  34.69 
 
 		 466 aa  270  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  34.69 
 
 		 466 aa  270  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  34.69 
 
 		 466 aa  270  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  35.56 
 
 		 463 aa  270  5.9999999999999995e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  34.77 
 
 		 467 aa  269  7e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.77 
 
 		 467 aa  269  7e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  34.77 
 
 		 467 aa  269  7e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  34.77 
 
 		 467 aa  269  7e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  34.77 
 
 		 467 aa  269  7e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  34.77 
 
 		 467 aa  269  7e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  34.2 
 
 		 461 aa  269  7e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>