More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0001 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  72.05 
 
 		 455 aa  659    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  72.05 
 
 		 455 aa  659    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 		 470 aa  972    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  71.86 
 
 		 461 aa  663    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  0.000000603983 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  66.24 
 
 		 448 aa  642    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  64.26 
 
 		 460 aa  619  1e-176  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  59 
 
 		 475 aa  582  1.0000000000000001e-165  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.3 
 
 		 519 aa  517  1.0000000000000001e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  unclonable  1.2245600000000001e-24 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  51.02 
 
 		 509 aa  473  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  49.89 
 
 		 482 aa  455  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  49.68 
 
 		 452 aa  448  1e-125  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.7 
 
 		 477 aa  444  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  49.03 
 
 		 464 aa  442  1e-123  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  47.12 
 
 		 477 aa  436  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  45.61 
 
 		 460 aa  416  9.999999999999999e-116  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0259  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.78 
 
 		 474 aa  394  1e-108  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  41.86 
 
 		 472 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  42.14 
 
 		 473 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  42.98 
 
 		 475 aa  378  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  41.72 
 
 		 472 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  41.93 
 
 		 472 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  40.12 
 
 		 501 aa  375  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  39.92 
 
 		 501 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  41.34 
 
 		 475 aa  372  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  42.19 
 
 		 475 aa  371  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  40.79 
 
 		 498 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  39.92 
 
 		 501 aa  370  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  41.4 
 
 		 461 aa  367  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  40.99 
 
 		 462 aa  362  9e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  40.63 
 
 		 467 aa  362  1e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  40.72 
 
 		 460 aa  362  1e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  37.55 
 
 		 449 aa  362  1e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  40.97 
 
 		 466 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  40.97 
 
 		 466 aa  361  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  40.97 
 
 		 466 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  40.97 
 
 		 466 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  40.97 
 
 		 466 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.61 
 
 		 483 aa  361  2e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000328329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  40.72 
 
 		 460 aa  360  3e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  40.42 
 
 		 467 aa  359  5e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.42 
 
 		 467 aa  359  5e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  40.42 
 
 		 467 aa  359  5e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  40.42 
 
 		 467 aa  359  5e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  40.42 
 
 		 467 aa  359  5e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  40.42 
 
 		 467 aa  359  5e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  40.34 
 
 		 460 aa  359  7e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  40.51 
 
 		 460 aa  359  8e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  40.42 
 
 		 467 aa  358  9e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  40.42 
 
 		 462 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  40.46 
 
 		 494 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  40.42 
 
 		 462 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  40.42 
 
 		 462 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  40.42 
 
 		 462 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.33 
 
 		 462 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  40.42 
 
 		 467 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.43 
 
 		 447 aa  357  1.9999999999999998e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  39.92 
 
 		 461 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  41.51 
 
 		 462 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  39.78 
 
 		 446 aa  356  3.9999999999999996e-97  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  41.89 
 
 		 499 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  39.78 
 
 		 446 aa  356  3.9999999999999996e-97  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  40 
 
 		 446 aa  356  5e-97  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  40 
 
 		 446 aa  356  5e-97  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  40 
 
 		 446 aa  356  5e-97  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  40 
 
 		 446 aa  356  5e-97  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  37.69 
 
 		 459 aa  356  5e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000386226  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  40 
 
 		 446 aa  356  5e-97  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.5 
 
 		 516 aa  355  7.999999999999999e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000003522  unclonable  0.00000000000722922 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  39.87 
 
 		 446 aa  355  8.999999999999999e-97  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  40.22 
 
 		 446 aa  354  2e-96  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  40.12 
 
 		 465 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  39.78 
 
 		 446 aa  353  4e-96  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  39.19 
 
 		 446 aa  353  4e-96  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  38.83 
 
 		 469 aa  353  4e-96  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  39.87 
 
 		 461 aa  353  5e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  40.38 
 
 		 449 aa  352  5.9999999999999994e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  40.3 
 
 		 462 aa  352  7e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  40.3 
 
 		 462 aa  352  7e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  39.75 
 
 		 463 aa  352  1e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  40.17 
 
 		 465 aa  350  2e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  40.67 
 
 		 462 aa  351  2e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  unclonable  0.0000000118337 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  39.07 
 
 		 450 aa  351  2e-95  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  38.85 
 
 		 450 aa  350  2e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0001  chromosomal replication initiation protein  37.34 
 
 		 450 aa  350  3e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  41.28 
 
 		 450 aa  350  4e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  40.59 
 
 		 457 aa  350  4e-95  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.63 
 
 		 464 aa  350  4e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  39.96 
 
 		 472 aa  349  5e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  40.13 
 
 		 452 aa  349  7e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  40.13 
 
 		 452 aa  349  7e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  40.04 
 
 		 468 aa  349  7e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  40.25 
 
 		 451 aa  349  8e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000764641  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  39.27 
 
 		 452 aa  348  9e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  39.38 
 
 		 468 aa  348  1e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000552796  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  40.59 
 
 		 457 aa  347  2e-94  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  36.91 
 
 		 445 aa  347  3e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  39.51 
 
 		 468 aa  347  3e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  41.33 
 
 		 455 aa  346  5e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  39.96 
 
 		 457 aa  346  5e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000224276  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  39.02 
 
 		 459 aa  344  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>