More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0001 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  70.9 
 
 		 510 aa  672    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  0.0000000244231  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0001  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 		 506 aa  1028    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  59.53 
 
 		 501 aa  588  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  59.53 
 
 		 501 aa  588  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  61.02 
 
 		 501 aa  589  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  60.16 
 
 		 498 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  58.99 
 
 		 475 aa  570  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  60.99 
 
 		 494 aa  569  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  59.24 
 
 		 473 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  58.04 
 
 		 475 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  57.09 
 
 		 472 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  60.25 
 
 		 499 aa  558  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  57.23 
 
 		 472 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  57.2 
 
 		 472 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  57.43 
 
 		 475 aa  545  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0001  chromosomal replication initiation protein  54.55 
 
 		 506 aa  528  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0129481  hitchhiker  0.0000000143408 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0391  chromosomal replication initiation protein  48.77 
 
 		 524 aa  435  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246214  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0001  chromosomal replication initiation protein  47.33 
 
 		 516 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962631  hitchhiker  0.00495499 
 
 
-
 
NC_004310  BR0001  chromosomal replication initiation protein  48.07 
 
 		 496 aa  426  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00276825  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0001  chromosomal replication initiation protein  46.5 
 
 		 479 aa  428  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0301114  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0001  chromosomal replication initiation protein  47.86 
 
 		 496 aa  423  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0000869739  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0001  chromosomal replication initiation protein  46.6 
 
 		 516 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0192779 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0002  chromosomal replication initiation protein  49.29 
 
 		 481 aa  421  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0480088  hitchhiker  0.0000132312 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0003  chromosomal replication initiation protein  46.92 
 
 		 520 aa  417  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.0000273847  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  46.33 
 
 		 519 aa  412  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  unclonable  1.2245600000000001e-24 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1279  chromosomal replication initiation protein  45.4 
 
 		 524 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000504678  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  41.48 
 
 		 448 aa  375  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  42.08 
 
 		 461 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  0.000000603983 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  41.27 
 
 		 509 aa  360  2e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.39 
 
 		 477 aa  358  9.999999999999999e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  38.49 
 
 		 470 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  41.92 
 
 		 482 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  40 
 
 		 455 aa  354  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  40 
 
 		 455 aa  354  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  39.06 
 
 		 460 aa  353  4e-96  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  38.83 
 
 		 460 aa  344  2.9999999999999997e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  37.53 
 
 		 477 aa  341  2e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  38.4 
 
 		 464 aa  341  2e-92  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  38.37 
 
 		 452 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  38.81 
 
 		 482 aa  335  1e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000460391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0259  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.76 
 
 		 474 aa  321  1.9999999999999998e-86  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  36.53 
 
 		 475 aa  311  2.9999999999999997e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0001  chromosomal replication initiation protein  39.88 
 
 		 498 aa  301  1e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.39 
 
 		 463 aa  300  4e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.15 
 
 		 453 aa  296  8e-79  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  34.97 
 
 		 450 aa  293  4e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  33.94 
 
 		 453 aa  293  6e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  33.94 
 
 		 453 aa  293  6e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  37.6 
 
 		 451 aa  292  8e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000764641  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  34.55 
 
 		 450 aa  292  1e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0136  chromosomal replication initiation protein  35.31 
 
 		 452 aa  291  3e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000582235  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.33 
 
 		 449 aa  289  8e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141272  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  33.74 
 
 		 451 aa  288  1e-76  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  36.12 
 
 		 455 aa  289  1e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0001  chromosomal replication initiation protein  37.37 
 
 		 487 aa  288  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.775334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  34.29 
 
 		 446 aa  288  1e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  34.29 
 
 		 446 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  33.67 
 
 		 446 aa  286  5e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  33.67 
 
 		 446 aa  286  8e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  33.67 
 
 		 446 aa  286  8e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.47 
 
 		 516 aa  285  1.0000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000003522  unclonable  0.00000000000722922 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  33.67 
 
 		 446 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  33.67 
 
 		 446 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  33.67 
 
 		 446 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  36.55 
 
 		 463 aa  284  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  33.67 
 
 		 446 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  36.51 
 
 		 472 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  37.78 
 
 		 478 aa  284  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  33.67 
 
 		 446 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  37.45 
 
 		 467 aa  284  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  37.2 
 
 		 467 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.2 
 
 		 467 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  37.2 
 
 		 467 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  37.2 
 
 		 467 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  37.2 
 
 		 467 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  37.2 
 
 		 467 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.16 
 
 		 469 aa  283  6.000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  33.27 
 
 		 446 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  37.2 
 
 		 467 aa  283  7.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  34.69 
 
 		 452 aa  282  8.000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  34.69 
 
 		 452 aa  282  8.000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  37.2 
 
 		 467 aa  282  9e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.96 
 
 		 464 aa  282  9e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  35.85 
 
 		 462 aa  282  9e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  35.85 
 
 		 462 aa  282  9e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  36.69 
 
 		 449 aa  282  9e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.86 
 
 		 462 aa  281  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  36.2 
 
 		 466 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  36.55 
 
 		 465 aa  280  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  36.2 
 
 		 466 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  36.2 
 
 		 466 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  36.2 
 
 		 466 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.44 
 
 		 461 aa  280  4e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.08 
 
 		 446 aa  279  9e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000208181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  35.93 
 
 		 465 aa  278  1e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  36.42 
 
 		 450 aa  278  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  35.99 
 
 		 466 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  41.13 
 
 		 436 aa  278  2e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0003  chromosomal replication initiation protein  35.84 
 
 		 510 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  36.24 
 
 		 495 aa  276  5e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>