218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_pSN254_0125 on replicon NC_009140
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009140  SNSL254_pSN254_0125  C-5 cytosine-specific DNA methylase  100 
 
 
541 aa  1114    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4194  C-5 cytosine-specific DNA methylase  61.92 
 
 
457 aa  580  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.741265 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1433  C-5 cytosine-specific DNA methylase  48.21 
 
 
471 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2746  C-5 cytosine-specific DNA methylase  49.11 
 
 
463 aa  428  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4299  C-5 cytosine-specific DNA methylase  38.68 
 
 
467 aa  351  1e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0340  C-5 cytosine-specific DNA methylase  36.42 
 
 
473 aa  298  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  27.08 
 
 
328 aa  96.3  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  28.21 
 
 
416 aa  91.3  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0414  DNA-cytosine methyltransferase  29.23 
 
 
436 aa  91.3  5e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.596456  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  26.51 
 
 
305 aa  89.7  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0356  site-specific DNA methylase  26.85 
 
 
323 aa  88.6  3e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  30.47 
 
 
416 aa  87.4  6e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3057  DNA-cytosine methyltransferase  30.38 
 
 
406 aa  86.3  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2371  DNA-cytosine methyltransferase  29.14 
 
 
419 aa  85.5  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0692329  hitchhiker  0.000000223127 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2140  DNA-cytosine methyltransferase  28.32 
 
 
428 aa  84  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  24.5 
 
 
417 aa  81.6  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0573  DNA cytosine methylase  27.36 
 
 
491 aa  80.9  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  25.38 
 
 
350 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  24.53 
 
 
350 aa  79  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1143  DNA-cytosine methyltransferase  28.94 
 
 
426 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4747  DNA cytosine methylase  28.47 
 
 
474 aa  77.8  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.209155  normal  0.300797 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  23.86 
 
 
727 aa  77.4  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0145  hypothetical protein  24.48 
 
 
417 aa  77  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  29.57 
 
 
671 aa  75.9  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  23.53 
 
 
331 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2460  DNA-cytosine methyltransferase  26.86 
 
 
424 aa  75.5  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266884  hitchhiker  0.00000000000186187 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  29.15 
 
 
652 aa  75.9  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  23.03 
 
 
423 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0298  DNA-cytosine methyltransferase  26.44 
 
 
415 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3354  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28 
 
 
418 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  22.75 
 
 
423 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  25.99 
 
 
329 aa  73.2  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  23.11 
 
 
329 aa  72.8  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0118  type II DNA-methyltransferase, putative  21.62 
 
 
463 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.617459  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3927  DNA-cytosine methyltransferase  28.92 
 
 
500 aa  70.1  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  27.13 
 
 
320 aa  70.1  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  28.12 
 
 
365 aa  70.1  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 
438 aa  69.3  0.0000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  28.5 
 
 
395 aa  68.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  21.72 
 
 
338 aa  68.2  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  22.63 
 
 
327 aa  68.6  0.0000000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  27.6 
 
 
467 aa  68.2  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4337  cytosine-specific methyltransferase NlaX  24.38 
 
 
348 aa  67.8  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0259442  hitchhiker  0.000000011708 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1017  DNA-cytosine methyltransferase  24.79 
 
 
407 aa  67  0.0000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000173246  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20440  DNA-methyltransferase Dcm  24.86 
 
 
315 aa  67  0.0000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.359782  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  23.1 
 
 
319 aa  66.2  0.000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3387  DNA-cytosine methyltransferase  27.57 
 
 
417 aa  66.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28418  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  23.24 
 
 
657 aa  65.5  0.000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  26.19 
 
 
319 aa  65.1  0.000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2742  DNA methylase  26.24 
 
 
492 aa  64.3  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0058  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  25.87 
 
 
475 aa  64.7  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.192929  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  24.58 
 
 
460 aa  63.9  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  24.58 
 
 
460 aa  63.9  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0083  DNA-cytosine methyltransferase  24.17 
 
 
425 aa  63.9  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.817279  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  30.1 
 
 
389 aa  63.5  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1249  DNA cytosine methylase  26.11 
 
 
476 aa  63.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.608462  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2151  DNA cytosine methylase  24.91 
 
 
476 aa  63.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.366802 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1333  DNA-cytosine methyltransferase  28.9 
 
 
415 aa  63.5  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2155  DNA cytosine methylase  24.91 
 
 
476 aa  63.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0409475 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1127  DNA cytosine methylase  24.91 
 
 
476 aa  63.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00778828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2208  DNA cytosine methylase  24.91 
 
 
476 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.736012 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  23.66 
 
 
320 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1359  site-specific DNA methylase  31.82 
 
 
423 aa  62.4  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00000354899  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  24.09 
 
 
334 aa  62.4  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  25.13 
 
 
357 aa  62.8  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  29.08 
 
 
437 aa  61.6  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  25.48 
 
 
362 aa  61.6  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4214  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.42 
 
 
304 aa  61.6  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000361487  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  27.78 
 
 
335 aa  60.8  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3583  DNA-cytosine methyltransferase  26.25 
 
 
487 aa  61.2  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  20.31 
 
 
324 aa  60.8  0.00000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  26.92 
 
 
361 aa  60.5  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  23.53 
 
 
373 aa  60.5  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  25.39 
 
 
468 aa  59.7  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1673  DNA-cytosine methyltransferase  22.81 
 
 
366 aa  60.1  0.0000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  26.4 
 
 
335 aa  60.1  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36050  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.45 
 
 
501 aa  59.3  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  24.76 
 
 
381 aa  58.2  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2521  modification methylase DdeI  23.58 
 
 
518 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  23.85 
 
 
489 aa  58.2  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1523  DNA-cytosine methyltransferase  25.38 
 
 
335 aa  57.8  0.0000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00206279  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  20.97 
 
 
311 aa  58.2  0.0000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4748  DNA cytosine methylase  25.93 
 
 
447 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  23.9 
 
 
361 aa  57.8  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  22.56 
 
 
336 aa  57.8  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  24.43 
 
 
345 aa  57.4  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1682  DNA cytosine methylase  25.26 
 
 
472 aa  57.4  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0382129 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0938  DNA-cytosine methyltransferase  22.02 
 
 
355 aa  57.4  0.0000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  26.05 
 
 
456 aa  57.4  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  26.05 
 
 
456 aa  57  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1008  DNA-cytosine methyltransferase  22.91 
 
 
367 aa  57  0.0000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.7 
 
 
451 aa  56.6  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0330  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.83 
 
 
253 aa  56.6  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0129199  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  28.07 
 
 
435 aa  56.6  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  25.4 
 
 
406 aa  56.6  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  22.66 
 
 
438 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  26.32 
 
 
398 aa  56.2  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  24.86 
 
 
328 aa  56.6  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0824  DNA-cytosine methyltransferase  27.61 
 
 
349 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1487  DNA-cytosine methyltransferase  30.09 
 
 
434 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>