More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP2233 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP2233  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 273 aa  546  1e-154  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.518923  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0476  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 279 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000749343 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4759  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 279 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.658857  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3322  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 279 aa  93.6  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.44967  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4394  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 280 aa  92  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4787  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 280 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4384  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 280 aa  90.9  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4548  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 280 aa  89.4  6e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4902  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 280 aa  89.4  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4768  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 280 aa  89  7e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4785  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 280 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.6594  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 319 aa  79  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.89 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.1 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  19.69 
 
 		 300 aa  75.5  0.0000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  23.28 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  23.92 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  23.92 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  23.92 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  20.14 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  20.14 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  20.14 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  23.92 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  20.14 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  20.14 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  23.92 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  23.92 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  23.92 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  23.92 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  23.92 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1816  transcriptional regulator, LysR family  22.11 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000392  transcriptional regulator of alpha-acetolactate operon AlsR  23.41 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00388737  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4410  transcriptional regulator, LysR family  22.3 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1190  LysR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  21.4 
 
 		 332 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 300 aa  72  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  22.99 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  22.99 
 
 		 306 aa  72  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1258  transcriptional regulator, LysR family  22.82 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000639687  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  23.39 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.08 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  20.75 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4319  transcriptional regulator, LysR family  21.39 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2771  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.042768  normal  0.541087 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3164  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00370809  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  22.91 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2948  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.871741  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2921  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.493083  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  22.82 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  24.5 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2847  LysR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3170  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0722  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0345  transcriptional regulator, LysR family  24.3 
 
 		 291 aa  71.2  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4520  Transcriptional regulator-like protein  23.13 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.629454 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3178  transcriptional regulator, LysR family  25.4 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  21.54 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  24.5 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 324 aa  70.5  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  24.5 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2682  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  20.73 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  24.5 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  24.5 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  24.5 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  21.31 
 
 		 302 aa  70.1  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  21.77 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  24.5 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 317 aa  69.7  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  26.57 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  20.42 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  24.24 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9122  transcriptional regulator LysR family  21.14 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  23.97 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>