160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1937 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP1937  isopentenyl pyrophosphate isomerase  100 
 
 
349 aa  724    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2370  isopentenyl pyrophosphate isomerase  76.72 
 
 
349 aa  566  1e-160  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2416  isopentenyl pyrophosphate isomerase  76.72 
 
 
349 aa  566  1e-160  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1222  isopentenyl pyrophosphate isomerase  43.53 
 
 
349 aa  296  3e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.050078  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3790  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.24 
 
 
349 aa  293  4e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000935889  hitchhiker  0.000920358 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2168  isopentenyl pyrophosphate isomerase  44.12 
 
 
349 aa  292  7e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000231515  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1422  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.24 
 
 
349 aa  292  7e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00436005  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1662  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.53 
 
 
349 aa  291  8e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1626  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.53 
 
 
349 aa  291  1e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00141431  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1381  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.24 
 
 
349 aa  290  2e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0161637  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1554  isopentenyl pyrophosphate isomerase  41.67 
 
 
349 aa  290  2e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0367947  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1409  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.24 
 
 
349 aa  290  3e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.012496  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1380  isopentenyl pyrophosphate isomerase  41.95 
 
 
349 aa  290  3e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.558414  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1520  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.24 
 
 
349 aa  290  3e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00602157  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1593  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.24 
 
 
349 aa  290  3e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.66387e-16 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0314  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  43.67 
 
 
779 aa  281  2e-74  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0544804 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1323  isopentenyl pyrophosphate isomerase  41.28 
 
 
331 aa  271  1e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.911087  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0601  isopentenyl pyrophosphate isomerase  41.9 
 
 
335 aa  270  2e-71  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0912  isopentenyl pyrophosphate isomerase  40.57 
 
 
348 aa  270  2e-71  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000613252  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1637  isopentenyl pyrophosphate isomerase  37.5 
 
 
350 aa  254  2.0000000000000002e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.345758  normal  0.0656775 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1388  isopentenyl pyrophosphate isomerase  37.46 
 
 
350 aa  245  8e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0474  isopentenyl pyrophosphate isomerase  39 
 
 
352 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.994842  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0009  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  40.31 
 
 
312 aa  235  9e-61  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1328  isopentenyl pyrophosphate isomerase  40.76 
 
 
346 aa  235  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00294191  normal  0.034708 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2447  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  37.07 
 
 
362 aa  233  5e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0457  isopentenyl pyrophosphate isomerase  36.29 
 
 
349 aa  227  2e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1036  isopentenyl pyrophosphate isomerase  40.96 
 
 
341 aa  218  1e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00681507  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1341  isopentenyl pyrophosphate isomerase  37.83 
 
 
310 aa  215  7e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.920546  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0190  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.82 
 
 
336 aa  208  1e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1093  isopentenyl pyrophosphate isomerase  37.01 
 
 
354 aa  206  7e-52  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0435  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.75 
 
 
346 aa  204  2e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.949256  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1103  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.63 
 
 
367 aa  204  2e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.107525  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1947  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  34.48 
 
 
372 aa  203  4e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.613624  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1145  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.63 
 
 
374 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.473323  normal  0.76775 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4058  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.29 
 
 
341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4020  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.29 
 
 
341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0272  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.46 
 
 
361 aa  197  3e-49  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4607  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.05 
 
 
351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.20655 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2211  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.84 
 
 
359 aa  196  6e-49  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0017  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.57 
 
 
352 aa  195  9e-49  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0231  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.34 
 
 
377 aa  195  9e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2136  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.86 
 
 
366 aa  195  1e-48  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.163315  decreased coverage  0.00000969261 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0048  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.83 
 
 
354 aa  194  3e-48  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0360256 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3586  isopentenyl pyrophosphate isomerase  36.39 
 
 
347 aa  193  4e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.433776 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4151  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  33.99 
 
 
360 aa  192  8e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1043  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  34.65 
 
 
368 aa  191  2e-47  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.916962  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0051  isopentenyl pyrophosphate isomerase  33.33 
 
 
352 aa  191  2e-47  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4687  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.25 
 
 
344 aa  189  5e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0843845  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2461  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.77 
 
 
350 aa  188  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.664449  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2215  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.94 
 
 
345 aa  187  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1718  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.37 
 
 
343 aa  186  7e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0316  isopentenyl pyrophosphate isomerase  31.01 
 
 
360 aa  185  9e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0683  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.84 
 
 
355 aa  185  9e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1933  isopentenyl pyrophosphate isomerase  31.58 
 
 
348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0400  isopentenyl pyrophosphate isomerase  31.25 
 
 
351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000319511  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1589  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.87 
 
 
345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3410  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  29.72 
 
 
354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.267786  normal  0.127864 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2888  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.63 
 
 
363 aa  183  3e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0343951  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1814  isopentenyl pyrophosphate isomerase  33.84 
 
 
350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4134  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.94 
 
 
343 aa  182  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0910498 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2374  isopentenyl pyrophosphate isomerase  33.43 
 
 
354 aa  182  1e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.56018  normal  0.448465 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4596  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  33.22 
 
 
353 aa  181  2e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0726118  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0474  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.67 
 
 
357 aa  181  2e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.157311  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2034  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.47 
 
 
342 aa  180  4e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0417  isopentenyl pyrophosphate isomerase  31.32 
 
 
357 aa  177  3e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.059028 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0414  isopentenyl pyrophosphate isomerase  30.25 
 
 
357 aa  177  3e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2437  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.65 
 
 
345 aa  177  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  0.0183837 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2029  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.8 
 
 
342 aa  176  5e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1495  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  31.15 
 
 
338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00576916  hitchhiker  0.000359975 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2397  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.1 
 
 
362 aa  170  3e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000000000041762  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1419  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.59 
 
 
365 aa  169  6e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.501382  hitchhiker  0.00657817 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0726  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  31.09 
 
 
337 aa  169  7e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.114214  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2044  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  30.77 
 
 
349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.032021  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1445  isopentenyl pyrophosphate isomerase  28.53 
 
 
357 aa  166  4e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0384  isopentenyl pyrophosphate isomerase  29.02 
 
 
357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.333421  normal  0.0675969 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1184  isopentenyl pyrophosphate isomerase  30.17 
 
 
356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0704  isopentenyl pyrophosphate isomerase  28.27 
 
 
359 aa  160  2e-38  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0385  isopentenyl pyrophosphate isomerase  28.94 
 
 
363 aa  161  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.967694  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4187  isopentenyl pyrophosphate isomerase  29.62 
 
 
342 aa  160  3e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.433559 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000726  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase FMN-dependent  33.88 
 
 
339 aa  160  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2176  isopentenyl pyrophosphate isomerase  28.45 
 
 
342 aa  159  7e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.456875  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0397  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase type 2  29.19 
 
 
340 aa  157  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000000393219  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1764  isopentenyl pyrophosphate isomerase  29.45 
 
 
361 aa  157  4e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04924  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.1 
 
 
339 aa  155  9e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1381  isopentenyl pyrophosphate isomerase  30.55 
 
 
346 aa  153  5e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00000033801  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1058  isopentenyl pyrophosphate isomerase  29.64 
 
 
356 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4082  isopentenyl pyrophosphate isomerase  29.64 
 
 
350 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.242984 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1637  isopentenyl pyrophosphate isomerase  30.3 
 
 
355 aa  152  8e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.326404  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1040  isopentenyl pyrophosphate isomerase  29.83 
 
 
355 aa  152  8e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.20206 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0906  isopentenyl pyrophosphate isomerase  29.75 
 
 
355 aa  151  2e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1954  isopentenyl pyrophosphate isomerase  28.31 
 
 
348 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.871781  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2000  isopentenyl pyrophosphate isomerase  28.31 
 
 
348 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.774018 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1934  isopentenyl pyrophosphate isomerase  28.31 
 
 
348 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.154775  normal  0.926283 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2255  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  22.46 
 
 
343 aa  57  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03150  L-mandelate dehydrogenase, putative  32.28 
 
 
555 aa  55.1  0.000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.535636  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03480  conserved hypothetical protein  24.88 
 
 
552 aa  54.3  0.000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3608  L-lactate dehydrogenase  25.6 
 
 
380 aa  53.5  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236817  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1844  hydroxyacid oxidase 2  21.62 
 
 
340 aa  53.1  0.000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4408  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  24.84 
 
 
387 aa  52.8  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2132  FMN-dependent dehydrogenase  21.62 
 
 
340 aa  52.4  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>