More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2255 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2255  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  100 
 
 
343 aa  704    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2319  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  66.67 
 
 
337 aa  472  1e-132  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2132  FMN-dependent dehydrogenase  42.68 
 
 
340 aa  269  5.9999999999999995e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1844  hydroxyacid oxidase 2  42.24 
 
 
340 aa  269  5.9999999999999995e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1976  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.6 
 
 
338 aa  266  4e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0528  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.05 
 
 
341 aa  256  5e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.889768  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0750  FMN-dependent family dehydrogenase  39.51 
 
 
340 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1204  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.7 
 
 
339 aa  252  6e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.109569 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1257  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.17 
 
 
340 aa  250  3e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1075  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.31 
 
 
339 aa  243  3e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2031  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.91 
 
 
336 aa  230  3e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.268129 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0157  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.35 
 
 
336 aa  225  9e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.111935 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3545  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.29 
 
 
407 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0421614  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1462  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  29.64 
 
 
352 aa  139  1e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0238326  normal  0.034718 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0804  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  29.79 
 
 
389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12350  L-lactate dehydrogenase/FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  29.57 
 
 
371 aa  124  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1817  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  27.99 
 
 
349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.466899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4251  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  29.88 
 
 
348 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.731612  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4676  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.55 
 
 
363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00322368  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0378  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.76 
 
 
371 aa  114  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.08 
 
 
379 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0702  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.75 
 
 
369 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1699  Lactate 2-monooxygenase  40.74 
 
 
434 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2810  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.51 
 
 
382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.954761  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1864  L-lactate dehydrogenase (FMN-dependent) related alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.88 
 
 
417 aa  110  3e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.213677  hitchhiker  0.000000000554071 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5491  L-lactate dehydrogenase  38.82 
 
 
381 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316989  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3487  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.84 
 
 
383 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.323095  normal  0.958366 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2083  FMN-dependent dehydrogenase  24.49 
 
 
381 aa  110  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.443709  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2463  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  28.53 
 
 
348 aa  109  6e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283428  normal  0.44924 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2344  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  28.47 
 
 
300 aa  109  6e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2560  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.41 
 
 
396 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63090  L-lactate dehydrogenase  38.16 
 
 
381 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0242094  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03463  L-lactate dehydrogenase  38.82 
 
 
388 aa  107  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3929  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.5 
 
 
388 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0176319  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3049  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.29 
 
 
379 aa  106  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0107  putative FMN-dependent dehydrogenase  41.46 
 
 
420 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4736  L-lactate dehydrogenase  38.82 
 
 
381 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4602  L-lactate dehydrogenase  38.82 
 
 
381 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515412  normal  0.0177303 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  39.86 
 
 
386 aa  105  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  37.91 
 
 
386 aa  105  9e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  37.01 
 
 
378 aa  105  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4737  L-lactate dehydrogenase  38.82 
 
 
381 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0254  L-lactate dehydrogenase  36.77 
 
 
378 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  42.19 
 
 
379 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3635  L-lactate dehydrogenase  38.06 
 
 
379 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.3 
 
 
391 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3608  L-lactate dehydrogenase  38.31 
 
 
380 aa  104  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236817  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4638  L-lactate dehydrogenase  37.5 
 
 
384 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.76191  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  38.82 
 
 
381 aa  104  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  38.82 
 
 
381 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  38.82 
 
 
381 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  36.13 
 
 
379 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.99 
 
 
397 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0169115 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08744  FMN dependent dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02720)  25.42 
 
 
403 aa  103  4e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  37.01 
 
 
379 aa  103  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0695  L-lactate dehydrogenase  37.5 
 
 
381 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000139507 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  36.84 
 
 
396 aa  102  7e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  36.84 
 
 
396 aa  102  7e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  36.84 
 
 
396 aa  102  7e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.84 
 
 
396 aa  102  7e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  36.84 
 
 
396 aa  102  7e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  36.84 
 
 
396 aa  102  7e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  36.84 
 
 
396 aa  102  7e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.41 
 
 
379 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  36.18 
 
 
392 aa  102  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  36.84 
 
 
396 aa  102  7e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  36.84 
 
 
396 aa  102  7e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2999  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.6 
 
 
366 aa  102  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  42.19 
 
 
378 aa  102  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3188  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.9 
 
 
347 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.054684  hitchhiker  0.0000508135 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.62 
 
 
379 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.93 
 
 
380 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02590  conserved hypothetical protein  29.06 
 
 
488 aa  101  2e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.000954672  normal  0.116226 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  37.25 
 
 
381 aa  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03150  L-mandelate dehydrogenase, putative  38.19 
 
 
555 aa  101  2e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.535636  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  37.25 
 
 
381 aa  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0123  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  27.8 
 
 
295 aa  101  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.895789  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3973  L-lactate dehydrogenase  36.18 
 
 
396 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.749794 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3911  L-lactate dehydrogenase  36.18 
 
 
396 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  36.36 
 
 
380 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4018  L-lactate dehydrogenase  36.18 
 
 
396 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1798  L-lactate oxidase  39.85 
 
 
400 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5156  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  26.92 
 
 
415 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309178  normal  0.804479 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4080  L-lactate dehydrogenase  36.18 
 
 
396 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3895  L-lactate dehydrogenase  36.18 
 
 
396 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.6 
 
 
379 aa  100  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4523  Lactate 2-monooxygenase  36.18 
 
 
426 aa  100  4e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1734  L-lactate oxidase  39.85 
 
 
400 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.613324  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1737  L-lactate oxidase  39.85 
 
 
400 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03020  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  35.48 
 
 
409 aa  100  4e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12000  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  37.32 
 
 
418 aa  100  4e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  39.06 
 
 
386 aa  100  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0130  L-lactate dehydrogenase  35.53 
 
 
395 aa  100  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08587  FMN dependent dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G00500)  36.43 
 
 
400 aa  99.4  7e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5439  L-lactate dehydrogenase  38.56 
 
 
379 aa  99.4  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.93 
 
 
380 aa  99.4  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.71 
 
 
381 aa  99.4  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2374  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  32.54 
 
 
421 aa  99.4  9e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0273182  hitchhiker  0.00857562 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1660  FMN-dependent dehydrogenase  39.2 
 
 
440 aa  99.4  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.599587  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.41 
 
 
405 aa  99  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>