100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0414 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0414  isopentenyl pyrophosphate isomerase  100 
 
 
357 aa  725    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1445  isopentenyl pyrophosphate isomerase  69.41 
 
 
357 aa  509  1e-143  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1764  isopentenyl pyrophosphate isomerase  65.82 
 
 
361 aa  498  1e-140  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0385  isopentenyl pyrophosphate isomerase  67.99 
 
 
363 aa  493  9.999999999999999e-139  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.967694  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0316  isopentenyl pyrophosphate isomerase  66.01 
 
 
360 aa  485  1e-136  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0384  isopentenyl pyrophosphate isomerase  60.52 
 
 
357 aa  461  1e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.333421  normal  0.0675969 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0417  isopentenyl pyrophosphate isomerase  60.92 
 
 
357 aa  447  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.059028 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2461  isopentenyl pyrophosphate isomerase  44.86 
 
 
350 aa  292  6e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.664449  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4607  isopentenyl pyrophosphate isomerase  46.04 
 
 
351 aa  288  1e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.20655 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4687  isopentenyl pyrophosphate isomerase  44.97 
 
 
344 aa  283  2.0000000000000002e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0843845  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1589  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.9 
 
 
345 aa  281  1e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4596  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  43.64 
 
 
353 aa  280  3e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0726118  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4058  isopentenyl pyrophosphate isomerase  43.84 
 
 
341 aa  277  2e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4020  isopentenyl pyrophosphate isomerase  43.84 
 
 
341 aa  277  2e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3586  isopentenyl pyrophosphate isomerase  44.61 
 
 
347 aa  276  4e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.433776 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0435  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.7 
 
 
346 aa  275  7e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.949256  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2215  isopentenyl pyrophosphate isomerase  44.26 
 
 
345 aa  275  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1933  isopentenyl pyrophosphate isomerase  43.47 
 
 
348 aa  263  4e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2437  isopentenyl pyrophosphate isomerase  43.42 
 
 
345 aa  256  3e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  0.0183837 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1043  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  38.73 
 
 
368 aa  250  2e-65  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.916962  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0683  isopentenyl pyrophosphate isomerase  39.54 
 
 
355 aa  242  9e-63  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000726  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase FMN-dependent  41.06 
 
 
339 aa  240  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0397  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase type 2  39.32 
 
 
340 aa  239  6.999999999999999e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000000393219  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04924  isopentenyl pyrophosphate isomerase  41.11 
 
 
339 aa  238  8e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4134  isopentenyl pyrophosphate isomerase  41.23 
 
 
343 aa  238  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0910498 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2136  isopentenyl pyrophosphate isomerase  39.83 
 
 
366 aa  237  2e-61  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.163315  decreased coverage  0.00000969261 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0400  isopentenyl pyrophosphate isomerase  40.44 
 
 
351 aa  235  9e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000319511  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2211  isopentenyl pyrophosphate isomerase  40.34 
 
 
359 aa  229  4e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2374  isopentenyl pyrophosphate isomerase  41.55 
 
 
354 aa  228  1e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.56018  normal  0.448465 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1495  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  40.47 
 
 
338 aa  228  1e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00576916  hitchhiker  0.000359975 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0017  isopentenyl pyrophosphate isomerase  39.71 
 
 
352 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1814  isopentenyl pyrophosphate isomerase  39.78 
 
 
350 aa  225  7e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0474  isopentenyl pyrophosphate isomerase  40.17 
 
 
357 aa  225  8e-58  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.157311  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0051  isopentenyl pyrophosphate isomerase  41.03 
 
 
352 aa  224  2e-57  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2397  isopentenyl pyrophosphate isomerase  40.11 
 
 
362 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000000000041762  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0272  isopentenyl pyrophosphate isomerase  38.44 
 
 
361 aa  220  3e-56  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1718  isopentenyl pyrophosphate isomerase  37.46 
 
 
343 aa  219  6e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1947  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  37.43 
 
 
372 aa  219  7e-56  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.613624  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4187  isopentenyl pyrophosphate isomerase  36.39 
 
 
342 aa  219  7.999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.433559 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1093  isopentenyl pyrophosphate isomerase  38.75 
 
 
354 aa  218  1e-55  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4151  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  38.4 
 
 
360 aa  215  8e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1381  isopentenyl pyrophosphate isomerase  36.26 
 
 
346 aa  215  8e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00000033801  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4082  isopentenyl pyrophosphate isomerase  39.19 
 
 
350 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.242984 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2044  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  38.27 
 
 
349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.032021  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2888  isopentenyl pyrophosphate isomerase  38.95 
 
 
363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0343951  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3410  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  37.5 
 
 
354 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.267786  normal  0.127864 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2000  isopentenyl pyrophosphate isomerase  38.89 
 
 
348 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.774018 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1954  isopentenyl pyrophosphate isomerase  38.89 
 
 
348 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.871781  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2176  isopentenyl pyrophosphate isomerase  36.19 
 
 
342 aa  211  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.456875  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1934  isopentenyl pyrophosphate isomerase  38.89 
 
 
348 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.154775  normal  0.926283 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0048  isopentenyl pyrophosphate isomerase  39.03 
 
 
354 aa  204  2e-51  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0360256 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0231  isopentenyl pyrophosphate isomerase  36.96 
 
 
377 aa  204  2e-51  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0704  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.36 
 
 
359 aa  203  4e-51  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0726  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  35.33 
 
 
337 aa  203  4e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.114214  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1145  isopentenyl pyrophosphate isomerase  36.1 
 
 
374 aa  202  6e-51  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.473323  normal  0.76775 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1184  isopentenyl pyrophosphate isomerase  33.89 
 
 
356 aa  202  8e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1328  isopentenyl pyrophosphate isomerase  40.98 
 
 
346 aa  202  9e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00294191  normal  0.034708 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1419  isopentenyl pyrophosphate isomerase  37.22 
 
 
365 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.501382  hitchhiker  0.00657817 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0474  isopentenyl pyrophosphate isomerase  37.75 
 
 
352 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.994842  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0190  isopentenyl pyrophosphate isomerase  36.05 
 
 
336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0906  isopentenyl pyrophosphate isomerase  33.89 
 
 
355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2034  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.38 
 
 
342 aa  196  5.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2029  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.38 
 
 
342 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1040  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.5 
 
 
355 aa  192  6e-48  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.20206 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1637  isopentenyl pyrophosphate isomerase  33.24 
 
 
355 aa  191  1e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.326404  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1637  isopentenyl pyrophosphate isomerase  33.05 
 
 
350 aa  191  1e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.345758  normal  0.0656775 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2416  isopentenyl pyrophosphate isomerase  31.71 
 
 
349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2370  isopentenyl pyrophosphate isomerase  31.71 
 
 
349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1422  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.71 
 
 
349 aa  187  3e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00436005  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0314  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  33.42 
 
 
779 aa  185  9e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0544804 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2447  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  35.53 
 
 
362 aa  185  1.0000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1554  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.57 
 
 
349 aa  183  3e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0367947  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1380  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.86 
 
 
349 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.558414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1381  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.86 
 
 
349 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0161637  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3790  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.86 
 
 
349 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000935889  hitchhiker  0.000920358 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2168  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.14 
 
 
349 aa  182  7e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000231515  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1593  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.86 
 
 
349 aa  182  7e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.66387e-16 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1662  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.57 
 
 
349 aa  182  7e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1409  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.86 
 
 
349 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.012496  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1520  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.86 
 
 
349 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00602157  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1058  isopentenyl pyrophosphate isomerase  31.75 
 
 
356 aa  181  1e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1626  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.29 
 
 
349 aa  181  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00141431  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1341  isopentenyl pyrophosphate isomerase  36.01 
 
 
310 aa  179  8e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.920546  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1222  isopentenyl pyrophosphate isomerase  33.71 
 
 
349 aa  179  9e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.050078  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1937  isopentenyl pyrophosphate isomerase  30.25 
 
 
349 aa  177  3e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1388  isopentenyl pyrophosphate isomerase  33.15 
 
 
350 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1323  isopentenyl pyrophosphate isomerase  30.75 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.911087  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0601  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.56 
 
 
335 aa  160  2e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0457  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.08 
 
 
349 aa  156  5.0000000000000005e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1103  isopentenyl pyrophosphate isomerase  29.44 
 
 
367 aa  150  2e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.107525  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0912  isopentenyl pyrophosphate isomerase  30.55 
 
 
348 aa  151  2e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000613252  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1036  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.09 
 
 
341 aa  150  3e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00681507  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0009  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  29.02 
 
 
312 aa  132  7.999999999999999e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3188  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  28.09 
 
 
347 aa  47  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.054684  hitchhiker  0.0000508135 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6258  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  24.2 
 
 
390 aa  44.3  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4251  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  27.51 
 
 
348 aa  43.9  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.731612  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1844  hydroxyacid oxidase 2  30.77 
 
 
340 aa  43.5  0.006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0123  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  31.96 
 
 
295 aa  43.5  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.895789  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2634  ferredoxin-dependent glutamate synthase  42.37 
 
 
444 aa  42.7  0.01  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4697  ferredoxin-dependent glutamate synthase  44.07 
 
 
445 aa  42.7  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>