173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2437 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2437  isopentenyl pyrophosphate isomerase  100 
 
 
345 aa  683    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  0.0183837 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2215  isopentenyl pyrophosphate isomerase  93.91 
 
 
345 aa  650    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0435  isopentenyl pyrophosphate isomerase  73.39 
 
 
346 aa  507  9.999999999999999e-143  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.949256  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4687  isopentenyl pyrophosphate isomerase  67.25 
 
 
344 aa  466  9.999999999999999e-131  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0843845  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2461  isopentenyl pyrophosphate isomerase  53.85 
 
 
350 aa  361  1e-98  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.664449  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1589  isopentenyl pyrophosphate isomerase  50.73 
 
 
345 aa  350  3e-95  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4058  isopentenyl pyrophosphate isomerase  52.51 
 
 
341 aa  347  1e-94  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4020  isopentenyl pyrophosphate isomerase  52.51 
 
 
341 aa  347  1e-94  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4607  isopentenyl pyrophosphate isomerase  51.62 
 
 
351 aa  344  1e-93  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.20655 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4596  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  51.93 
 
 
353 aa  338  8e-92  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0726118  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3586  isopentenyl pyrophosphate isomerase  52.11 
 
 
347 aa  329  5.0000000000000004e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.433776 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2044  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  52.15 
 
 
349 aa  328  7e-89  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.032021  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0400  isopentenyl pyrophosphate isomerase  51.93 
 
 
351 aa  314  9.999999999999999e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000319511  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1933  isopentenyl pyrophosphate isomerase  51.66 
 
 
348 aa  305  6e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4134  isopentenyl pyrophosphate isomerase  51.9 
 
 
343 aa  298  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0910498 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0397  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase type 2  45.92 
 
 
340 aa  280  2e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000000393219  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1445  isopentenyl pyrophosphate isomerase  44.35 
 
 
357 aa  280  3e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1718  isopentenyl pyrophosphate isomerase  43.07 
 
 
343 aa  276  4e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000726  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase FMN-dependent  46.57 
 
 
339 aa  276  4e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04924  isopentenyl pyrophosphate isomerase  45.67 
 
 
339 aa  276  4e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1947  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  47.94 
 
 
372 aa  273  2.0000000000000002e-72  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.613624  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0385  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.9 
 
 
363 aa  273  3e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.967694  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2136  isopentenyl pyrophosphate isomerase  44.54 
 
 
366 aa  273  3e-72  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.163315  decreased coverage  0.00000969261 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0474  isopentenyl pyrophosphate isomerase  46.75 
 
 
357 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.157311  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0414  isopentenyl pyrophosphate isomerase  43.42 
 
 
357 aa  272  5.000000000000001e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1764  isopentenyl pyrophosphate isomerase  45.58 
 
 
361 aa  271  1e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1495  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  45.71 
 
 
338 aa  271  1e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00576916  hitchhiker  0.000359975 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0384  isopentenyl pyrophosphate isomerase  41.97 
 
 
357 aa  270  2e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.333421  normal  0.0675969 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1814  isopentenyl pyrophosphate isomerase  45.32 
 
 
350 aa  270  2e-71  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4187  isopentenyl pyrophosphate isomerase  45.15 
 
 
342 aa  269  5e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.433559 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0417  isopentenyl pyrophosphate isomerase  41.62 
 
 
357 aa  268  8e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.059028 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1381  isopentenyl pyrophosphate isomerase  47.94 
 
 
346 aa  268  8e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00000033801  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2397  isopentenyl pyrophosphate isomerase  45.1 
 
 
362 aa  263  2e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000000000041762  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0683  isopentenyl pyrophosphate isomerase  46.29 
 
 
355 aa  263  4e-69  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1043  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  41.96 
 
 
368 aa  262  6.999999999999999e-69  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.916962  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0316  isopentenyl pyrophosphate isomerase  41.36 
 
 
360 aa  262  8e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4082  isopentenyl pyrophosphate isomerase  45.65 
 
 
350 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.242984 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2176  isopentenyl pyrophosphate isomerase  45.15 
 
 
342 aa  255  8e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.456875  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4151  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  47.95 
 
 
360 aa  254  1.0000000000000001e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2888  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.49 
 
 
363 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0343951  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0272  isopentenyl pyrophosphate isomerase  43.66 
 
 
361 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2211  isopentenyl pyrophosphate isomerase  45.91 
 
 
359 aa  254  2.0000000000000002e-66  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1419  isopentenyl pyrophosphate isomerase  46.29 
 
 
365 aa  253  3e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.501382  hitchhiker  0.00657817 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2374  isopentenyl pyrophosphate isomerase  44.63 
 
 
354 aa  252  7e-66  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.56018  normal  0.448465 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1954  isopentenyl pyrophosphate isomerase  44.61 
 
 
348 aa  248  9e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.871781  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2000  isopentenyl pyrophosphate isomerase  44.61 
 
 
348 aa  248  9e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.774018 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1934  isopentenyl pyrophosphate isomerase  44.61 
 
 
348 aa  248  9e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.154775  normal  0.926283 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1184  isopentenyl pyrophosphate isomerase  39.37 
 
 
356 aa  238  2e-61  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1058  isopentenyl pyrophosphate isomerase  39.76 
 
 
356 aa  237  3e-61  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0726  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  41.37 
 
 
337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.114214  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1040  isopentenyl pyrophosphate isomerase  39.05 
 
 
355 aa  229  4e-59  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.20206 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1637  isopentenyl pyrophosphate isomerase  38.48 
 
 
355 aa  228  9e-59  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.326404  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0906  isopentenyl pyrophosphate isomerase  38.76 
 
 
355 aa  226  4e-58  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1145  isopentenyl pyrophosphate isomerase  40.72 
 
 
374 aa  219  6e-56  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.473323  normal  0.76775 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0231  isopentenyl pyrophosphate isomerase  40.72 
 
 
377 aa  217  2e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1093  isopentenyl pyrophosphate isomerase  41.25 
 
 
354 aa  216  5e-55  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2034  isopentenyl pyrophosphate isomerase  37.76 
 
 
342 aa  214  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0051  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.07 
 
 
352 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2029  isopentenyl pyrophosphate isomerase  37.76 
 
 
342 aa  213  2.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0048  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.64 
 
 
354 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0360256 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0017  isopentenyl pyrophosphate isomerase  42.35 
 
 
352 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2168  isopentenyl pyrophosphate isomerase  38.58 
 
 
349 aa  210  4e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000231515  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3410  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  40.99 
 
 
354 aa  208  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.267786  normal  0.127864 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2447  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  39.17 
 
 
362 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1222  isopentenyl pyrophosphate isomerase  37.5 
 
 
349 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.050078  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0190  isopentenyl pyrophosphate isomerase  33.63 
 
 
336 aa  194  3e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1554  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.8 
 
 
349 aa  191  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0367947  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3790  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.8 
 
 
349 aa  191  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000935889  hitchhiker  0.000920358 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1626  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.8 
 
 
349 aa  189  5e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00141431  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1380  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.8 
 
 
349 aa  189  7e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.558414  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1422  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.5 
 
 
349 aa  189  7e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00436005  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1937  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.65 
 
 
349 aa  189  8e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1381  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.8 
 
 
349 aa  189  8e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0161637  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1409  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.8 
 
 
349 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.012496  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1520  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.8 
 
 
349 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00602157  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0474  isopentenyl pyrophosphate isomerase  40.12 
 
 
352 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.994842  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1662  isopentenyl pyrophosphate isomerase  39.18 
 
 
349 aa  187  2e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1341  isopentenyl pyrophosphate isomerase  39.86 
 
 
310 aa  186  5e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.920546  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1593  isopentenyl pyrophosphate isomerase  35.5 
 
 
349 aa  186  5e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.66387e-16 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0704  isopentenyl pyrophosphate isomerase  32.52 
 
 
359 aa  185  9e-46  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2370  isopentenyl pyrophosphate isomerase  31.95 
 
 
349 aa  184  3e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2416  isopentenyl pyrophosphate isomerase  31.95 
 
 
349 aa  184  3e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1328  isopentenyl pyrophosphate isomerase  38.92 
 
 
346 aa  178  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00294191  normal  0.034708 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0457  isopentenyl pyrophosphate isomerase  34.23 
 
 
349 aa  172  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0314  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  35.4 
 
 
779 aa  167  4e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0544804 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1388  isopentenyl pyrophosphate isomerase  31.98 
 
 
350 aa  157  4e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1637  isopentenyl pyrophosphate isomerase  30.33 
 
 
350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.345758  normal  0.0656775 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1323  isopentenyl pyrophosphate isomerase  28.44 
 
 
331 aa  149  8e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.911087  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0601  isopentenyl pyrophosphate isomerase  29.61 
 
 
335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0009  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 2  29.09 
 
 
312 aa  137  2e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1103  isopentenyl pyrophosphate isomerase  27.4 
 
 
367 aa  135  1.9999999999999998e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.107525  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0912  isopentenyl pyrophosphate isomerase  31.09 
 
 
348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000613252  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1036  isopentenyl pyrophosphate isomerase  28.83 
 
 
341 aa  126  7e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00681507  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4620  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.16 
 
 
393 aa  53.9  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.609739  hitchhiker  0.00139206 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0804  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.89 
 
 
389 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6258  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  26.7 
 
 
390 aa  52.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1844  hydroxyacid oxidase 2  38.55 
 
 
340 aa  51.6  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2132  FMN-dependent dehydrogenase  44.12 
 
 
340 aa  51.2  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4736  L-lactate dehydrogenase  36.71 
 
 
381 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1864  L-lactate dehydrogenase (FMN-dependent) related alpha-hydroxy acid dehydrogenase  31.58 
 
 
417 aa  49.7  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.213677  hitchhiker  0.000000000554071 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>