More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4438 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4571  UspA domain protein  100 
 
 
151 aa  301  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0406402  normal  0.225072 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4438  UspA domain protein  100 
 
 
151 aa  301  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0179  hypothetical protein  90.73 
 
 
151 aa  280  7.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.096278 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1504  hypothetical protein  66.22 
 
 
151 aa  196  7.999999999999999e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4745  hypothetical protein  62 
 
 
151 aa  191  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.829975  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1164  hypothetical protein  46.36 
 
 
153 aa  135  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1677  hypothetical protein  49.34 
 
 
146 aa  131  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3201  hypothetical protein  42.86 
 
 
156 aa  121  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308557  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3346  hypothetical protein  44 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0885774  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0038  universal stress family protein  41.78 
 
 
155 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.98264  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0038  universal stress protein  41.78 
 
 
155 aa  107  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.283622  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0032  universal stress protein  41.78 
 
 
155 aa  107  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1185  universal stress protein  41.78 
 
 
155 aa  107  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1465  universal stress protein  41.78 
 
 
155 aa  107  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5296  UspA domain-containing protein  42.07 
 
 
158 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0036  universal stress protein  41.78 
 
 
155 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0052  universal stress protein  41.78 
 
 
155 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02117  hypothetical protein  38.41 
 
 
151 aa  105  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4485  UspA domain-containing protein  40.69 
 
 
155 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5121  hypothetical protein  40.69 
 
 
155 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5738  UspA domain-containing protein  40.69 
 
 
155 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.192477 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3792  UspA domain protein  39.73 
 
 
151 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4869  UspA domain protein  39.73 
 
 
151 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0991837 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0442  universal stress protein  41.45 
 
 
200 aa  104  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5009  UspA domain-containing protein  40 
 
 
156 aa  103  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1853  universal stress protein  38.62 
 
 
168 aa  103  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.499137  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3150  UspA domain-containing protein  40 
 
 
155 aa  103  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4273  UspA domain protein  38.78 
 
 
155 aa  102  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.664066 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3137  universal stress protein  40 
 
 
155 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3827  putative universal stress protein  39.86 
 
 
187 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0607  putative universal stress-related protein  38.1 
 
 
155 aa  99.8  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.135512 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4517  universal stress protein  43.92 
 
 
150 aa  98.6  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0300457  normal  0.0239481 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1117  UspA domain-containing protein  37.41 
 
 
156 aa  96.7  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.656052  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7012  UspA domain-containing protein  38.1 
 
 
156 aa  96.3  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.305575  normal  0.800144 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1213  hypothetical protein  37.84 
 
 
151 aa  96.7  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.166995  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5580  UspA domain protein  38.56 
 
 
168 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88885  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4434  UspA domain-containing protein  36.73 
 
 
158 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.947422 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5818  UspA domain-containing protein  38.16 
 
 
153 aa  94  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0832063 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5552  UspA domain-containing protein  38.82 
 
 
150 aa  94  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0358862  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4451  universal stress protein UspA  35.81 
 
 
161 aa  93.6  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15852  normal  0.144884 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4434  UspA domain protein  38.41 
 
 
166 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4567  UspA domain protein  38.41 
 
 
166 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.233455  normal  0.128301 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1206  hypothetical protein  35.76 
 
 
163 aa  92  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0916  hypothetical protein  41.29 
 
 
173 aa  92.4  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5381  UspA domain-containing protein  38.93 
 
 
162 aa  91.7  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.122478 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5582  UspA domain protein  38.16 
 
 
158 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.285651  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6944  universal stress protein  38.1 
 
 
157 aa  90.5  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00046035  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4395  universal stress protein UspA  32.21 
 
 
164 aa  90.5  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.124166  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4281  UspA domain-containing protein  38.75 
 
 
156 aa  88.6  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0794331 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6200  UspA domain-containing protein  37.93 
 
 
163 aa  89  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371788  normal  0.304824 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4283  UspA domain-containing protein  37.93 
 
 
163 aa  88.6  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1134  UspA domain-containing protein  38.36 
 
 
167 aa  88.2  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7052  UspA domain-containing protein  37.41 
 
 
159 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0904  hypothetical protein  39.47 
 
 
157 aa  88.6  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.381712  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1440  hypothetical protein  37.41 
 
 
159 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6388  UspA domain-containing protein  37.41 
 
 
159 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.686835  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0170  universal stress protein  40.13 
 
 
200 aa  87  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6467  UspA domain-containing protein  36.91 
 
 
159 aa  87.4  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.276818 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0118  UspA domain-containing protein  34.87 
 
 
144 aa  87  7e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.385941 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3815  UspA domain-containing protein  36.55 
 
 
167 aa  87  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.911542  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1567  universal stress protein  36.99 
 
 
164 aa  87  8e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.84315  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3813  UspA domain-containing protein  36.88 
 
 
156 aa  87  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.175974  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0144  universal stress protein  40.13 
 
 
156 aa  87  9e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1035  universal stress protein  40.13 
 
 
156 aa  87  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.883979  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1315  universal stress protein  40.13 
 
 
156 aa  87  9e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2628  universal stress family protein  40.13 
 
 
156 aa  87  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2771  universal stress protein  40.13 
 
 
156 aa  87  9e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.778243  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1811  hypothetical protein  35.06 
 
 
151 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1197  hypothetical protein  38.78 
 
 
151 aa  85.5  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21220  hypothetical protein  35.06 
 
 
151 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0228  UspA domain protein  35.53 
 
 
144 aa  84.3  5e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.115538 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0184  hypothetical protein  35.76 
 
 
166 aa  84  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.101223 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5567  UspA domain protein  36.6 
 
 
152 aa  84.3  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5714  UspA domain-containing protein  35.57 
 
 
159 aa  84  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.445064 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2829  UspA domain protein  36.91 
 
 
169 aa  84  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0510043  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5899  UspA domain-containing protein  37.24 
 
 
167 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.642554  normal  0.144749 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6198  UspA domain-containing protein  39.86 
 
 
156 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227044  normal  0.53809 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2036  universal stress protein (Usp)  36.49 
 
 
155 aa  81.6  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6185  UspA domain-containing protein  34.67 
 
 
157 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.552133  normal  0.212632 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1311  UspA domain protein  36 
 
 
187 aa  80.9  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.519886  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3527  universal stress protein  31.76 
 
 
151 aa  79.3  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4356  UspA domain-containing protein  36.42 
 
 
145 aa  79.7  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244024  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5916  UspA domain-containing protein  32.43 
 
 
157 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585154  normal  0.579135 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0487  universal stress protein  36 
 
 
150 aa  79  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3147  universal stress protein  36 
 
 
150 aa  79  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00251172  normal  0.0145111 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1136  UspA domain-containing protein  35.76 
 
 
148 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1496  UspA domain protein  35.76 
 
 
144 aa  78.2  0.00000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.828394 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2886  UspA domain-containing protein  35.33 
 
 
148 aa  78.2  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0844522  normal  0.787665 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4298  hypothetical protein  38.41 
 
 
155 aa  77.8  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248208  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1658  UspA domain protein  34.25 
 
 
287 aa  77.4  0.00000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1334  hypothetical protein  36.84 
 
 
154 aa  77.4  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0586772  normal  0.952223 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5901  UspA domain-containing protein  35.62 
 
 
155 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475966  normal  0.0916735 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0965  UspA domain protein  35.37 
 
 
152 aa  77  0.00000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1859  putative universal stress protein  33.55 
 
 
157 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0788  UspA domain-containing protein  33.11 
 
 
147 aa  76.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.523142 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0806  UspA domain-containing protein  36.24 
 
 
151 aa  76.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0105953  normal  0.0334639 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1650  universal stress protein  36.67 
 
 
156 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.262714  normal  0.111079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5987  UspA domain-containing protein  34.36 
 
 
156 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4367  UspA domain-containing protein  34.36 
 
 
156 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2792  UspA domain-containing protein  38.1 
 
 
162 aa  76.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.276612  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>