More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3346 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3346  hypothetical protein  100 
 
 
156 aa  306  6.999999999999999e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0885774  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3201  hypothetical protein  74.17 
 
 
156 aa  222  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308557  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3792  UspA domain protein  48.67 
 
 
151 aa  155  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4869  UspA domain protein  48.67 
 
 
151 aa  155  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0991837 
 
 
-
 
NC_003296  RS02117  hypothetical protein  49.33 
 
 
151 aa  149  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4745  hypothetical protein  46.21 
 
 
151 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.829975  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5818  UspA domain-containing protein  45.03 
 
 
153 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0832063 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1117  UspA domain-containing protein  45.03 
 
 
156 aa  131  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.656052  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1853  universal stress protein  50 
 
 
168 aa  130  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.499137  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7012  UspA domain-containing protein  45.03 
 
 
156 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.305575  normal  0.800144 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0442  universal stress protein  44.37 
 
 
200 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4485  UspA domain-containing protein  45.83 
 
 
155 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6944  universal stress protein  44.52 
 
 
157 aa  122  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00046035  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5121  hypothetical protein  45.83 
 
 
155 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5738  UspA domain-containing protein  45.83 
 
 
155 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.192477 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0179  hypothetical protein  46 
 
 
151 aa  122  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.096278 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0184  hypothetical protein  45.33 
 
 
166 aa  121  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.101223 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3827  putative universal stress protein  43.06 
 
 
187 aa  121  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4273  UspA domain protein  44.44 
 
 
155 aa  121  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.664066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0607  putative universal stress-related protein  45.14 
 
 
155 aa  120  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.135512 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5580  UspA domain protein  41.33 
 
 
168 aa  120  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88885  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6467  UspA domain-containing protein  43.84 
 
 
159 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.276818 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4434  UspA domain protein  44.67 
 
 
166 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4567  UspA domain protein  44.67 
 
 
166 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.233455  normal  0.128301 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5714  UspA domain-containing protein  43.15 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.445064 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7052  UspA domain-containing protein  43.84 
 
 
159 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1440  hypothetical protein  43.84 
 
 
159 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6388  UspA domain-containing protein  43.84 
 
 
159 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.686835  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1567  universal stress protein  44.97 
 
 
164 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.84315  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4434  UspA domain-containing protein  45.14 
 
 
158 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.947422 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1134  UspA domain-containing protein  44.44 
 
 
167 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3137  universal stress protein  44.44 
 
 
155 aa  117  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1504  hypothetical protein  44.14 
 
 
151 aa  116  9e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0170  universal stress protein  43.71 
 
 
200 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0144  universal stress protein  43.71 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2771  universal stress protein  43.71 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.778243  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1035  universal stress protein  43.71 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.883979  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1315  universal stress protein  43.71 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3150  UspA domain-containing protein  43.75 
 
 
155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2628  universal stress family protein  43.71 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4438  UspA domain protein  44 
 
 
151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5381  UspA domain-containing protein  41.78 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.122478 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5009  UspA domain-containing protein  43.75 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4571  UspA domain protein  44 
 
 
151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0406402  normal  0.225072 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1164  hypothetical protein  41.72 
 
 
153 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1213  hypothetical protein  40.94 
 
 
151 aa  113  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.166995  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5296  UspA domain-containing protein  43.06 
 
 
158 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1859  putative universal stress protein  43.45 
 
 
157 aa  111  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4283  UspA domain-containing protein  45.14 
 
 
163 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5899  UspA domain-containing protein  45.03 
 
 
167 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.642554  normal  0.144749 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0038  universal stress protein  41.67 
 
 
155 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.283622  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0038  universal stress family protein  41.67 
 
 
155 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.98264  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0032  universal stress protein  41.67 
 
 
155 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1465  universal stress protein  41.67 
 
 
155 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1185  universal stress protein  41.67 
 
 
155 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0036  universal stress protein  41.67 
 
 
155 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0052  universal stress protein  44.14 
 
 
155 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4517  universal stress protein  47.65 
 
 
150 aa  109  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0300457  normal  0.0239481 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3815  UspA domain-containing protein  43.06 
 
 
167 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.911542  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1677  hypothetical protein  41.78 
 
 
146 aa  107  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5552  UspA domain-containing protein  43.92 
 
 
150 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0358862  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6185  UspA domain-containing protein  41.78 
 
 
157 aa  106  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.552133  normal  0.212632 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6200  UspA domain-containing protein  43.75 
 
 
163 aa  106  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371788  normal  0.304824 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5567  UspA domain protein  42.76 
 
 
152 aa  106  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5916  UspA domain-containing protein  40.27 
 
 
157 aa  105  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585154  normal  0.579135 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4451  universal stress protein UspA  37.16 
 
 
161 aa  104  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15852  normal  0.144884 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5551  UspA domain protein  40.94 
 
 
165 aa  103  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.883405 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0707  universal stress protein  44.44 
 
 
164 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.531837  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1158  universal stress family protein  44.44 
 
 
164 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1232  universal stress family protein  44.44 
 
 
164 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736212  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2430  universal stress protein  44.44 
 
 
164 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0755  universal stress protein  44.44 
 
 
164 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1720  universal stress protein  44.44 
 
 
164 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1811  hypothetical protein  41.94 
 
 
151 aa  101  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1888  putative universal stress protein  38.67 
 
 
184 aa  101  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.803254  normal  0.974311 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21220  hypothetical protein  41.94 
 
 
151 aa  101  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0904  hypothetical protein  36.67 
 
 
157 aa  100  9e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.381712  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5582  UspA domain protein  40.14 
 
 
158 aa  98.2  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.285651  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1268  universal stress protein  38.96 
 
 
315 aa  94.7  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4395  universal stress protein UspA  35.62 
 
 
164 aa  94.4  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.124166  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0105  universal stress protein  37.25 
 
 
319 aa  93.2  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1610  universal stress family protein  37.25 
 
 
315 aa  93.2  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1525  universal stress family protein  37.25 
 
 
315 aa  93.2  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1102  UspA domain-containing protein  40 
 
 
319 aa  92.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6198  UspA domain-containing protein  41.33 
 
 
156 aa  92.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227044  normal  0.53809 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5901  UspA domain-containing protein  42.67 
 
 
155 aa  92  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475966  normal  0.0916735 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5987  UspA domain-containing protein  40.14 
 
 
156 aa  92  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4000  hypothetical protein  40.14 
 
 
156 aa  92  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4367  UspA domain-containing protein  40.14 
 
 
156 aa  92  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1569  universal stress protein  37.18 
 
 
152 aa  91.3  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2428  universal stress protein  38.67 
 
 
191 aa  90.9  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.881321  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1206  hypothetical protein  37.84 
 
 
154 aa  90.9  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.670905  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5820  UspA domain-containing protein  39.86 
 
 
318 aa  90.9  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131616 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1156  universal stress family protein  38.67 
 
 
201 aa  90.5  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4708  hypothetical protein  36.55 
 
 
147 aa  90.5  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0916  hypothetical protein  38.71 
 
 
173 aa  90.5  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1230  universal stress family protein  38.67 
 
 
201 aa  90.5  9e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0758  universal stress protein  38.78 
 
 
152 aa  88.6  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0705  universal stress protein  38.78 
 
 
152 aa  88.6  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.284573  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1723  universal stress protein  38.78 
 
 
152 aa  88.6  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>