47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0709 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0709  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  100 
 
 		 190 aa  388  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.664786 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0665  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  93.16 
 
 		 190 aa  345  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.956301  normal  0.276525 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0716  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  62.36 
 
 		 186 aa  233  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0777  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  31.43 
 
 		 185 aa  84.3  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3230  fimbrial pilin related signal peptide protein  28.99 
 
 		 171 aa  70.9  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.591415  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2687  pilus assembly protein Fim  29.93 
 
 		 174 aa  67.8  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.99828  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0722  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  28.34 
 
 		 203 aa  65.1  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.905296 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2827  Tfp pilus assembly protein  27.01 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0215  hypothetical protein  28.73 
 
 		 174 aa  62  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0562308 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0486  pilin assembly protein  26.47 
 
 		 167 aa  61.2  0.000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00295768  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0810  type IV pilus biogenesis protein  26.7 
 
 		 166 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1821  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  32 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.071899  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2876  methylation  27.75 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0500  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  30.09 
 
 		 218 aa  52.4  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  22.41 
 
 		 187 aa  50.4  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2877  methylation  25.14 
 
 		 192 aa  49.7  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169243  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0007  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  31.19 
 
 		 173 aa  49.7  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0714  type IV pilus biogenesis protein  25.97 
 
 		 166 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3549  Tfp pilus assembly protein FimT  20.51 
 
 		 201 aa  47.4  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3829  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  27.27 
 
 		 222 aa  46.6  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.198337 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3912  hypothetical protein  27.46 
 
 		 186 aa  46.2  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.580591  normal  0.0873326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0709  methylation site containing protein  38.1 
 
 		 144 aa  45.1  0.0007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2447  hypothetical protein  26.6 
 
 		 186 aa  45.1  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3425  methylation site containing protein  36.51 
 
 		 144 aa  44.7  0.0009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0253  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  30.12 
 
 		 168 aa  43.9  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0685  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  29.09 
 
 		 186 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  41.79 
 
 		 172 aa  43.1  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  38.67 
 
 		 142 aa  43.5  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0686  hypothetical protein  31.03 
 
 		 192 aa  43.1  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0669  hypothetical protein  31.03 
 
 		 192 aa  43.5  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0702  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  28.21 
 
 		 186 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.686484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3313  methylation site containing protein  36.51 
 
 		 144 aa  43.5  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.936741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2665  methylation  23.12 
 
 		 189 aa  42.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1094  type IV pilus biogenesis protein, putative  26.67 
 
 		 170 aa  42.4  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  33.96 
 
 		 193 aa  42.4  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2159  Tfp pilus assembly protein FimT  26.16 
 
 		 206 aa  42.4  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2915  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  33.33 
 
 		 157 aa  42.4  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05337  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  29.67 
 
 		 181 aa  42  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.693608 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  40 
 
 		 167 aa  41.6  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1033  pilin, putative  46.55 
 
 		 187 aa  41.6  0.007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0234716  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0964  pilin, putative  46.55 
 
 		 187 aa  41.6  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0885526  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3326  pilin, putative  46.55 
 
 		 187 aa  41.6  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0266287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1066  pilin, putative  46.55 
 
 		 187 aa  41.6  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00196226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1999  general secretion pathway protein G  29.63 
 
 		 131 aa  41.6  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.607295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0670  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  31.71 
 
 		 214 aa  41.2  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.648692  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  51.35 
 
 		 166 aa  41.2  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0853  pilin, putative  35.09 
 
 		 144 aa  41.2  0.009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>