137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0988 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0988  cytochrome c, class I  100 
 
 		 132 aa  267  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1025  cytochrome c, class I  81.82 
 
 		 132 aa  206  9e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0866  putative periplasmic cytochrome type-C oxidoreductase signal peptide protein  77.1 
 
 		 132 aa  200  5e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.525765  normal  0.43414 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0931  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  77.86 
 
 		 132 aa  189  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.678097  normal  0.520511 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1000  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  71.32 
 
 		 133 aa  188  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.344958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2099  cytochrome c class I  51.15 
 
 		 127 aa  122  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.149898 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0908  cytochrome c, class I  47.37 
 
 		 121 aa  116  7.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.413276  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1233  cytochrome c class I  56.31 
 
 		 127 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.911336  normal  0.743154 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0947  cytochrome c class I  51.79 
 
 		 119 aa  114  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3313  putative cytochrome C precursor-related protein  53.4 
 
 		 127 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.477709  normal  0.708119 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0967  cytochrome c family protein  50.43 
 
 		 122 aa  111  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1172  cytochrome c family protein  50.43 
 
 		 122 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0934  cytochrome c class I  51.35 
 
 		 117 aa  110  5e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1333  cytochrome c family protein  49.57 
 
 		 122 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00326957  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1018  cytochrome c553  49.57 
 
 		 122 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0847  cytochrome C4  49.57 
 
 		 122 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.233095  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1180  cytochrome c family protein  49.57 
 
 		 122 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0301  cytochrome c family protein  49.57 
 
 		 122 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1718  cytochrome c, class I  50.44 
 
 		 119 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507301  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2330  cytochrome c, class I  50.44 
 
 		 119 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2353  cytochrome c class I  50.44 
 
 		 119 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5672  cytochrome c, class I  50.44 
 
 		 119 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2369  cytochrome c, class I  50.44 
 
 		 119 aa  107  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166553  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2249  cytochrome c class I  50.44 
 
 		 119 aa  107  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.802822 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1662  cytochrome c class I  48.96 
 
 		 224 aa  98.2  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1588  cytochrome c, class I  46.32 
 
 		 221 aa  91.7  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166336  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1095  cytochrome c553-like protein  47.37 
 
 		 220 aa  91.7  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1223  cytochrome c, class I  43.3 
 
 		 221 aa  88.6  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153054  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2878  cytochrome c class I  45.26 
 
 		 219 aa  88.6  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3555  cytochrome c, class I  45.26 
 
 		 219 aa  88.6  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.411936  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4466  cytochrome c class I  44 
 
 		 230 aa  87  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.657614  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3951  cytochrome c, class I  39.84 
 
 		 221 aa  86.7  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1616  cytochrome c class I  46.88 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.016754 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0861  cytochrome c, class I  40.59 
 
 		 225 aa  80.5  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2356  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  35.65 
 
 		 207 aa  61.2  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  37.08 
 
 		 153 aa  60.8  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  34.15 
 
 		 211 aa  60.5  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  35.2 
 
 		 229 aa  60.5  0.000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  38.71 
 
 		 153 aa  59.3  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  33.6 
 
 		 113 aa  57.4  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  33.66 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  38.89 
 
 		 202 aa  53.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  34.21 
 
 		 217 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  46.67 
 
 		 104 aa  52.4  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1530  cytochrome c class I  49.09 
 
 		 209 aa  52  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  36.08 
 
 		 318 aa  52  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  38.1 
 
 		 115 aa  50.8  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2026  cytochrome c, class IC  38.1 
 
 		 107 aa  49.7  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  37.78 
 
 		 217 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  34.65 
 
 		 205 aa  50.1  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  32.35 
 
 		 206 aa  48.9  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  37.78 
 
 		 217 aa  48.5  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  34.65 
 
 		 205 aa  48.9  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  28.89 
 
 		 219 aa  47.8  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 206 aa  48.1  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0261  cytochrome C, c4  29.51 
 
 		 222 aa  47.4  0.00006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0287  cytochrome c, class I  29.51 
 
 		 222 aa  47.4  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.745608 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  30.91 
 
 		 223 aa  47.4  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  31.03 
 
 		 205 aa  47  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  33.07 
 
 		 205 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1185  cytochrome c family protein  31.62 
 
 		 214 aa  46.2  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.472956  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  36.67 
 
 		 196 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  33.07 
 
 		 205 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3648  cytochrome c class I  43.55 
 
 		 135 aa  45.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  33.86 
 
 		 205 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  32.28 
 
 		 205 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  29 
 
 		 207 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  40.91 
 
 		 217 aa  45.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2027  cytochrome c, class IC  31.45 
 
 		 111 aa  44.7  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  37.14 
 
 		 220 aa  44.7  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  30.16 
 
 		 206 aa  44.7  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  34.29 
 
 		 108 aa  44.7  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  36.08 
 
 		 200 aa  45.1  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  31.73 
 
 		 201 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  42.67 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1587  cytochrome c, class I  28.35 
 
 		 220 aa  44.3  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  42.68 
 
 		 209 aa  44.3  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  32.35 
 
 		 108 aa  44.3  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  32.94 
 
 		 208 aa  44.3  0.0006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  36.36 
 
 		 256 aa  43.9  0.0007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0359  cytochrome c class I  39.71 
 
 		 217 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2727  cytochrome c, class I  39.71 
 
 		 217 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0380  cytochrome c, class I  39.71 
 
 		 217 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0076  cytochrome c4 precursor  32.79 
 
 		 227 aa  43.9  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1570  cytochrome c, class I  41.46 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0285899  normal  0.683196 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 102 aa  42.7  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  37.66 
 
 		 265 aa  43.5  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  30.77 
 
 		 221 aa  43.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  28.7 
 
 		 224 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  31.9 
 
 		 207 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  31.9 
 
 		 207 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  34.07 
 
 		 207 aa  43.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  31.9 
 
 		 207 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2984  pyoverdine biosynthesis protein PvcD  38.04 
 
 		 218 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  46.15 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6834  cytochrome c, class I  51.28 
 
 		 218 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.221701 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0299  cytochrome c, class I  39.39 
 
 		 217 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.194352  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35390  pyoverdine biosynthesis protein PvcD  39.73 
 
 		 215 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.15131  normal  0.0513213 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  33.64 
 
 		 327 aa  42.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>