167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0931 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0931  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  100 
 
 
132 aa  266  5e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.678097  normal  0.520511 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0866  putative periplasmic cytochrome type-C oxidoreductase signal peptide protein  99.24 
 
 
132 aa  265  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.525765  normal  0.43414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1000  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  82.4 
 
 
133 aa  214  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.344958  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1025  cytochrome c, class I  73.81 
 
 
132 aa  184  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0988  cytochrome c, class I  83.33 
 
 
132 aa  179  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0908  cytochrome c, class I  54.95 
 
 
121 aa  120  7e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.413276  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0934  cytochrome c class I  54.05 
 
 
117 aa  114  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0967  cytochrome c family protein  52.68 
 
 
122 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1172  cytochrome c family protein  52.68 
 
 
122 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2099  cytochrome c class I  49.6 
 
 
127 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.149898 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0301  cytochrome c family protein  51.79 
 
 
122 aa  111  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1333  cytochrome c family protein  51.79 
 
 
122 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00326957  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0947  cytochrome c class I  51.79 
 
 
119 aa  111  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745275  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1018  cytochrome c553  51.79 
 
 
122 aa  111  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0847  cytochrome C4  51.79 
 
 
122 aa  111  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.233095  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1180  cytochrome c family protein  51.79 
 
 
122 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1233  cytochrome c class I  55.34 
 
 
127 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.911336  normal  0.743154 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1718  cytochrome c, class I  50.44 
 
 
119 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507301  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2330  cytochrome c, class I  50.44 
 
 
119 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2353  cytochrome c class I  50.44 
 
 
119 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5672  cytochrome c, class I  50.44 
 
 
119 aa  107  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3313  putative cytochrome C precursor-related protein  52.43 
 
 
127 aa  106  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.477709  normal  0.708119 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2249  cytochrome c class I  49.56 
 
 
119 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.802822 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2369  cytochrome c, class I  49.56 
 
 
119 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166553  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1662  cytochrome c class I  49.47 
 
 
224 aa  97.4  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1588  cytochrome c, class I  46.32 
 
 
221 aa  92.8  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166336  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1223  cytochrome c, class I  43.1 
 
 
221 aa  92.8  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153054  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1095  cytochrome c553-like protein  48.96 
 
 
220 aa  93.2  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2878  cytochrome c class I  46.88 
 
 
219 aa  90.9  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3555  cytochrome c, class I  46.88 
 
 
219 aa  90.9  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.411936  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4466  cytochrome c class I  47.78 
 
 
230 aa  88.2  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.657614  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3951  cytochrome c, class I  47.96 
 
 
221 aa  87.4  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1616  cytochrome c class I  46.39 
 
 
219 aa  82.4  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.016754 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0861  cytochrome c, class I  42.42 
 
 
225 aa  80.9  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2356  cytochrome c, class I  40.62 
 
 
222 aa  77.4  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  38.55 
 
 
153 aa  62  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  37.78 
 
 
153 aa  62.8  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  35 
 
 
211 aa  58.2  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1530  cytochrome c class I  38.24 
 
 
209 aa  57.8  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  37.01 
 
 
207 aa  57.4  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  37.8 
 
 
229 aa  57  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  34.43 
 
 
115 aa  57  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  33.64 
 
 
205 aa  55.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  32.54 
 
 
113 aa  53.9  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2026  cytochrome c, class IC  36.78 
 
 
107 aa  53.5  0.0000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  33.07 
 
 
223 aa  53.1  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0261  cytochrome C, c4  30.08 
 
 
222 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1587  cytochrome c, class I  34.45 
 
 
220 aa  52.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500716  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0287  cytochrome c, class I  30.08 
 
 
222 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.745608 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  35.19 
 
 
205 aa  51.2  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  35.48 
 
 
98 aa  50.8  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  32 
 
 
207 aa  50.8  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  31.78 
 
 
205 aa  50.8  0.000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  35.19 
 
 
205 aa  50.1  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  39.53 
 
 
208 aa  50.1  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2057  cytochrome c, class I  45.16 
 
 
254 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380399  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2721  cytochrome c, class I  37.21 
 
 
229 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2668  cytochrome c, class I  45.16 
 
 
254 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2593  cytochrome c, class I  37.21 
 
 
229 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.412189  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  27.78 
 
 
221 aa  50.1  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  32.29 
 
 
220 aa  49.3  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2697  cytochrome c, class I  45.16 
 
 
236 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  31.2 
 
 
206 aa  48.9  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  36.14 
 
 
318 aa  48.5  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  32 
 
 
207 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  32 
 
 
207 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  32 
 
 
207 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  32 
 
 
207 aa  48.9  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  32 
 
 
207 aa  48.9  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  32 
 
 
207 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  32 
 
 
207 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2027  cytochrome c, class IC  30.95 
 
 
111 aa  47.8  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  33.9 
 
 
200 aa  47.8  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  32.97 
 
 
265 aa  47.4  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1071  cytochrome c, class I  33.33 
 
 
105 aa  47.4  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0930552  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1889  cytochrome c, class I  30.53 
 
 
221 aa  47  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  33.09 
 
 
219 aa  47  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0629  cytochrome c, class I  43.55 
 
 
236 aa  47  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  30.4 
 
 
207 aa  46.6  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3265  cytochrome c class I  27.41 
 
 
219 aa  46.2  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.838246  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4366  cytochrome c class I  48 
 
 
219 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  37.63 
 
 
207 aa  46.2  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5047  cytochrome c, class I  48 
 
 
219 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0979  cytochrome c class I  28.8 
 
 
136 aa  46.6  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0035019  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5813  cytochrome c, class I  48 
 
 
219 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  31.45 
 
 
104 aa  45.8  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3764  cytochrome c class I  37.21 
 
 
104 aa  46.2  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000231636  normal  0.0830615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1173  cytochrome c class I  25.42 
 
 
136 aa  45.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000726448 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3479  cytochrome c, class I  32 
 
 
217 aa  45.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5996  cytochrome c, class I  41.94 
 
 
236 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.203421 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  32.46 
 
 
217 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2727  cytochrome c, class I  32 
 
 
217 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0380  cytochrome c, class I  32 
 
 
217 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0359  cytochrome c class I  32 
 
 
217 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  30.91 
 
 
206 aa  44.7  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6834  cytochrome c, class I  48.89 
 
 
218 aa  44.7  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.221701 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0687  cytochrome c class I  28.93 
 
 
225 aa  44.3  0.0005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  31.3 
 
 
108 aa  44.7  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3137  cytochrome c family protein  36.76 
 
 
265 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1956  cytochrome c family protein  36.76 
 
 
265 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>