140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3648 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3648  cytochrome c class I  100 
 
 
135 aa  276  5e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1693  cytochrome c class I  50.6 
 
 
118 aa  101  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.504006 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0559  cytochrome c551/c552  43.93 
 
 
121 aa  97.4  5e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.536891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7278  cytochrome c class I  53.85 
 
 
138 aa  96.7  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  46.24 
 
 
1151 aa  86.3  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3321  cytochrome c, class I  47.13 
 
 
102 aa  85.1  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.344703  hitchhiker  0.0021347 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2099  cytochrome c class I  46.15 
 
 
110 aa  85.1  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0692  cytochrome c, class I  47.06 
 
 
104 aa  83.6  9e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.926342 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2726  cytochrome C transmembrane protein  46.07 
 
 
106 aa  82.4  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2813  cytochrome c, class I  41.38 
 
 
117 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.250545  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0293  cytochrome c, class I  41.38 
 
 
117 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0274  cytochrome c class I  41.38 
 
 
117 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00544484 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2493  cytochrome c class I  44.87 
 
 
110 aa  82  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.291916  normal  0.0913133 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2196  cytochrome c, class I  45.35 
 
 
106 aa  82  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.252301  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  48.78 
 
 
1143 aa  80.9  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1069  cytochrome c, class I  39.56 
 
 
101 aa  81.3  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0985  cytochrome c class I  39.56 
 
 
101 aa  81.3  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3394  cytochrome c, class I  41.67 
 
 
120 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0205  cytochrome c, class I  41.67 
 
 
119 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2879  cytochrome c, class I  44.3 
 
 
106 aa  80.5  0.000000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.578668 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2749  cytochrome c class I  37.36 
 
 
102 aa  80.5  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210292  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  41.84 
 
 
1142 aa  80.5  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4310  putative cytochrome c, class I  39.33 
 
 
118 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0219  cytochrome c class I  41.67 
 
 
119 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00518209 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3145  cytochrome c family protein  40.43 
 
 
111 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2050  cytochrome c, class I  40.66 
 
 
105 aa  80.1  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0434258 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0304  cytochrome c, class I  43.68 
 
 
101 aa  79  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.45467e-21  normal  0.0822288 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1783  cytochrome c, class I  38.46 
 
 
106 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434687  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1504  cytochrome c, class I  44.74 
 
 
101 aa  79  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.125489 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1488  cytochrome c class I  45.57 
 
 
101 aa  78.6  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.02284 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3728  cytochrome c class I  39.77 
 
 
102 aa  78.2  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0200  cytochrome c class I  40.51 
 
 
123 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  unclonable  0.00000000000521394 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0408  cytochrome c class I  38.64 
 
 
116 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  38.95 
 
 
348 aa  77  0.00000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4672  PKD domain containing protein  39.77 
 
 
941 aa  77  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612479  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3424  cytochrome c, class I  42.31 
 
 
108 aa  76.6  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3082  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorB  39.74 
 
 
208 aa  76.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299915  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3256  cytochrome c, class I  41.03 
 
 
108 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2222  cytochrome c class I  34.02 
 
 
108 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2208  PKD domain containing protein  39.53 
 
 
908 aa  75.5  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0778173  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  36.9 
 
 
344 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1386  cytochrome c551/c552-like protein  39.77 
 
 
118 aa  75.1  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660069  normal  0.798955 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2405  cytochrome c family protein  41.46 
 
 
105 aa  74.7  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1006  cytochrome c, class I  40.66 
 
 
112 aa  74.7  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2468  cytochrome c, class I  37.18 
 
 
115 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.202233  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3260  cytochrome C transmembrane protein  41.89 
 
 
141 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.812906 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1037  cytochrome c class I  41.18 
 
 
96 aa  73.9  0.0000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.692369 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1484  PKD domain containing protein  37.21 
 
 
918 aa  73.2  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.287223 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4892  sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit B  36 
 
 
218 aa  73.2  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0474093 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7275  PKD domain containing protein  39.51 
 
 
1138 aa  73.2  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000186518  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  38.55 
 
 
1135 aa  72.8  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0038  cytochrome c family protein  37.97 
 
 
228 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0344  cytochrome c, class I  38.75 
 
 
102 aa  72  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0270928  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2528  cytochrome c class I  39.29 
 
 
101 aa  72.4  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  41.56 
 
 
360 aa  72.4  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0126  cytochrome c class I  39.24 
 
 
115 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
800 aa  71.6  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0021  cytochrome c family protein  37.97 
 
 
121 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.042023  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1745  cytochrome c family protein  37.97 
 
 
121 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3816  cytochrome c family protein  37.97 
 
 
121 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338903  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3897  cytochrome c family protein  37.97 
 
 
121 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3179  cytochrome c family protein  37.97 
 
 
121 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2798  cytochrome c family protein  37.97 
 
 
111 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.023573  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2122  cytochrome c class I  38.55 
 
 
131 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3220  cytochrome c, class I  37.18 
 
 
101 aa  70.5  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294896  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2536  cytochrome c class I  38.55 
 
 
131 aa  70.1  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3130  cytochrome c class I  41.1 
 
 
115 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5332  PKD domain containing protein  37.62 
 
 
909 aa  68.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0649636  normal  0.493539 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  34.09 
 
 
249 aa  69.3  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0619  cytochrome c-551 precursor  37.08 
 
 
104 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3458  cytochrome c class I  41.1 
 
 
115 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  37.84 
 
 
404 aa  68.6  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3635  putative cytochrome c, class I  34.67 
 
 
112 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1852  cytochrome c, class I  31.46 
 
 
108 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06740  cytochrome c-551 precursor  37.5 
 
 
104 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2463  cytochrome c, class I  31.46 
 
 
108 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2468  cytochrome c class I  31.46 
 
 
108 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5794  cytochrome c, class I  30.86 
 
 
108 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0342  cytochrome c, class I  43.75 
 
 
108 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.16869  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0335  PKD domain containing protein  39.51 
 
 
984 aa  67.4  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.16291  normal  0.953666 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3171  cytochrome c, class I  34.57 
 
 
101 aa  67.4  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0718  cytochrome c class I  33.04 
 
 
457 aa  66.2  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0002252  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0728  cytochrome c, class I  31.82 
 
 
110 aa  65.5  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0783308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0987  cytochrome c class I  34.67 
 
 
112 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0318  cytochrome c class I  35.44 
 
 
114 aa  65.1  0.0000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00066919  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5897  cytochrome c class I  31.25 
 
 
93 aa  63.9  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.106259  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1163  cytochrome c class I  32.39 
 
 
197 aa  63.5  0.0000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000127727  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2512  cytochrome c, class I  28.75 
 
 
109 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0629  putative oxidoreductase cytochrome C552 precursor signal peptide protein  32.53 
 
 
104 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1565  cytochrome c class I  32.53 
 
 
179 aa  62.8  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.593251 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1903  Carbohydrate binding family 6  38.37 
 
 
918 aa  62  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.602156  normal  0.263579 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2380  cytochrome c class I  28.75 
 
 
109 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00360  Cytochrome c-551  31.91 
 
 
104 aa  61.6  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.66895  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1179  cytochrome C552 precursor  30.86 
 
 
171 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4930  cytochrome c family protein  30.53 
 
 
229 aa  59.7  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0675  cytochrome c family protein  30.86 
 
 
107 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.414538  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2336  cytochrome c family protein  30.86 
 
 
107 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.1845  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2950  cytochrome c family protein  30.86 
 
 
107 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.25349  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1025  cytochrome c family protein  30.86 
 
 
107 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.502837  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1650  cytochrome c family protein  30.86 
 
 
107 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503452  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>