79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3490 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3134  hypothetical protein  96.63 
 
 		 802 aa  1314    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.372474  normal  0.128985 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3490  hypothetical protein  100 
 
 		 802 aa  1504    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.630311  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2456  hypothetical protein  51.88 
 
 		 801 aa  585  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  25.21 
 
 		 1171 aa  131  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  24.49 
 
 		 1102 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  25.12 
 
 		 1176 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  24.9 
 
 		 1348 aa  105  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  24.09 
 
 		 1199 aa  105  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  24.29 
 
 		 1268 aa  103  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  26 
 
 		 1369 aa  98.2  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  25 
 
 		 1289 aa  97.4  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  26.23 
 
 		 1358 aa  97.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  24.92 
 
 		 1289 aa  97.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  25 
 
 		 1289 aa  97.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  26.23 
 
 		 1358 aa  96.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  25 
 
 		 1289 aa  96.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  24.86 
 
 		 1365 aa  96.3  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0236  ImcF/SciS family protein  25.99 
 
 		 1358 aa  94.4  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  25.73 
 
 		 1329 aa  90.9  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1823  hypothetical protein  24.84 
 
 		 1332 aa  88.6  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  26.97 
 
 		 1176 aa  88.2  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  23.28 
 
 		 1211 aa  88.2  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3922  type VI secretion protein IcmF  24.43 
 
 		 1366 aa  82.4  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  21.57 
 
 		 1182 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  26.41 
 
 		 1157 aa  77.8  0.0000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  25.34 
 
 		 1220 aa  77.8  0.0000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  24.62 
 
 		 1317 aa  76.6  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3550  type VI secretion protein IcmF  22.09 
 
 		 1164 aa  74.7  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.267985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3421  hypothetical protein  24.91 
 
 		 1164 aa  70.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  30.43 
 
 		 1173 aa  70.5  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0730  hypothetical protein  23.98 
 
 		 728 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000967191  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2090  hypothetical protein  23.94 
 
 		 1104 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0127209  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0454  hypothetical protein  23.94 
 
 		 1147 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.141895  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1026  hypothetical protein  23.94 
 
 		 1167 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170738  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0717  hypothetical protein  23.94 
 
 		 1167 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.319931  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0805  hypothetical protein  23.94 
 
 		 1167 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00300591  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2000  hypothetical protein  23.94 
 
 		 1167 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  29.73 
 
 		 1302 aa  67.4  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  29.73 
 
 		 1302 aa  67  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  29.73 
 
 		 1302 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1216  hypothetical protein  28.2 
 
 		 431 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0929  SciS protein  28.2 
 
 		 431 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  27.08 
 
 		 1175 aa  65.5  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  22.34 
 
 		 1275 aa  65.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  22.34 
 
 		 1275 aa  65.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  29.46 
 
 		 1302 aa  65.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  28.18 
 
 		 1205 aa  63.9  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  23 
 
 		 1181 aa  63.9  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  28.44 
 
 		 1302 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  27.46 
 
 		 1172 aa  63.2  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1885  ImcF-like family protein  23.31 
 
 		 1164 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0217268  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  26.21 
 
 		 1164 aa  62.4  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  28.7 
 
 		 1302 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  22.9 
 
 		 1148 aa  60.8  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  21.6 
 
 		 1150 aa  59.3  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  26.14 
 
 		 1365 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  25.39 
 
 		 1181 aa  56.6  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  26.25 
 
 		 1173 aa  55.5  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  24.52 
 
 		 1209 aa  54.7  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  24.52 
 
 		 1209 aa  54.7  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  24.52 
 
 		 1209 aa  54.7  0.000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  24.52 
 
 		 1209 aa  54.7  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  24.52 
 
 		 1209 aa  54.7  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  24.52 
 
 		 1209 aa  54.7  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  24.52 
 
 		 1209 aa  54.7  0.000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  25.67 
 
 		 1208 aa  52.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  25.17 
 
 		 1209 aa  52.8  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  23.02 
 
 		 1209 aa  51.6  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  24.26 
 
 		 1218 aa  51.2  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2911  ImcF domain-containing protein  27.04 
 
 		 1094 aa  50.8  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.951042  normal  0.253398 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05857  hypothetical protein  21.52 
 
 		 1129 aa  48.5  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  28.68 
 
 		 1175 aa  48.1  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0928  SciS protein  30.51 
 
 		 890 aa  47.8  0.0007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1215  ImcF-like family protein  30.51 
 
 		 890 aa  47.8  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 1194 aa  47  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  28.29 
 
 		 1175 aa  47  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  30.45 
 
 		 1204 aa  45.8  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  23.81 
 
 		 1206 aa  44.7  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3221  type VI secretion protein IcmF  23.96 
 
 		 1194 aa  44.3  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.79348  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>