68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3515 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3515  TadE-like  100 
 
 		 181 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1789  TadE-like  75.14 
 
 		 181 aa  292  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4196  TadE family protein  67.23 
 
 		 177 aa  249  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.394929  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7024  hypothetical protein  69.48 
 
 		 179 aa  228  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0234688  normal  0.611985 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0396  TadE-like  59.56 
 
 		 189 aa  211  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.385276  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0306  Flp pilus assembly protein TadG  61.63 
 
 		 186 aa  209  1e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3707  TadE-like  51.79 
 
 		 176 aa  153  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0414  TadE family protein  42.37 
 
 		 185 aa  146  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0226  TadE family protein  43.53 
 
 		 183 aa  143  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0800  TadE family protein  41.21 
 
 		 192 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2979  TadE family protein  44.03 
 
 		 185 aa  137  8.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.565084  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2822  TadE family protein  38.25 
 
 		 193 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4097  TadE-like  36.57 
 
 		 189 aa  107  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.660373  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4863  TadE family protein  34.73 
 
 		 176 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.873182  normal  0.592097 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4787  TadE family protein  35.84 
 
 		 176 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0894541 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4183  TadE family protein  32.8 
 
 		 211 aa  97.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4471  TadE family protein  32.8 
 
 		 210 aa  96.3  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360977  normal  0.347949 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0226  hypothetical protein  31.41 
 
 		 207 aa  90.1  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0364  TadE family protein  32.8 
 
 		 207 aa  88.6  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0502839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2389  TadE family protein  34.3 
 
 		 191 aa  88.6  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.007335  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4198  TadE family protein  37.57 
 
 		 191 aa  85.1  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0718  TadE family protein  29.48 
 
 		 187 aa  83.2  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3347  TadE family protein  30.27 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5559  TadE family protein  30.89 
 
 		 215 aa  77.8  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.973311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6384  TadE family protein  32.26 
 
 		 185 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.398428 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0867  TadE family protein  29.51 
 
 		 183 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0542  TadE family protein  27.78 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3820  TadE family protein  30.9 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3513  TadE family protein  30.9 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2152  TadE-like  26.34 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975839  normal  0.0763338 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3898  TadE family protein  28.57 
 
 		 177 aa  58.2  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.574785 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0931  TadE family protein  27.51 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.837176 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2083  TadE family protein  30.9 
 
 		 208 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0994344 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0892  TadE family protein  26.98 
 
 		 183 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3494  TadE family protein  41.07 
 
 		 163 aa  52.4  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.170348  normal  0.0722743 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2800  putative transmembrane protein  40 
 
 		 165 aa  51.2  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1495  TadE family protein  44.64 
 
 		 164 aa  48.9  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000514648  hitchhiker  0.0000117146 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1519  TadE family protein  43.94 
 
 		 164 aa  48.9  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000188684  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1039  TadE-like  43.94 
 
 		 164 aa  48.9  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000150805  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1651  TadE family protein  40.35 
 
 		 165 aa  48.5  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257032  normal  0.635162 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4659  Flp pilus assembly protein TadG  45.45 
 
 		 164 aa  48.5  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000790558  hitchhiker  0.00303362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5904  TadE family protein  39.66 
 
 		 134 aa  48.1  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.781531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2368  hypothetical protein  30.67 
 
 		 152 aa  47.4  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.274749  normal  0.12275 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0078  TadE family protein  43.86 
 
 		 140 aa  47  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.413809  normal  0.991188 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0837  hypothetical protein  26.47 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.21812  normal  0.663687 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4453  TadE family protein  32.5 
 
 		 139 aa  47  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.301355 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2544  hypothetical protein  33.05 
 
 		 155 aa  47  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1939  hypothetical protein  42.86 
 
 		 155 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0225925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1780  TadE family protein  42.86 
 
 		 155 aa  46.2  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0115  hypothetical protein  42.86 
 
 		 155 aa  46.2  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.583483  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1766  TadE family protein  42.86 
 
 		 155 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.586094  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1050  TadE family protein  42.86 
 
 		 155 aa  46.2  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.10258  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1787  TadE family protein  42.86 
 
 		 155 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.972115  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2051  TadE family protein  31.31 
 
 		 138 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2268  hypothetical protein  23.2 
 
 		 174 aa  45.4  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.771496 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3005  TadE family protein  40 
 
 		 140 aa  44.7  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0798  hypothetical protein  40 
 
 		 156 aa  44.3  0.0009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2112  TadE family protein  26.37 
 
 		 137 aa  43.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2342  TadE family protein  42.31 
 
 		 135 aa  43.1  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0138  TadE family protein  34.38 
 
 		 135 aa  43.5  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1401  TadE family protein  44.44 
 
 		 156 aa  42.7  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0415098  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0225  TadE family protein  28.79 
 
 		 187 aa  42.7  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.523053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5558  TadE family protein  30.7 
 
 		 219 aa  42.4  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1734  TadE family protein  42 
 
 		 167 aa  42  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0104166  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1260  TadE family protein  35.19 
 
 		 165 aa  41.6  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.398874  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1441  TadE family protein  40 
 
 		 168 aa  41.6  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.810829  normal  0.348575 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0413  hypothetical protein  54.29 
 
 		 183 aa  41.2  0.008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2082  TadE family protein  39.34 
 
 		 195 aa  40.8  0.01  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0925664 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>