More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1859 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1859  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 
377 aa  765    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.468508 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0700  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.29 
 
 
374 aa  418  1e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.225979 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0706  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.29 
 
 
374 aa  420  1e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0466586  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0720  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.29 
 
 
374 aa  420  1e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0155051 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0883  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.76 
 
 
376 aa  408  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2841  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.53 
 
 
383 aa  404  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000258118  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1149  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.79 
 
 
378 aa  396  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.811771  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0037  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.59 
 
 
378 aa  397  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.452006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2988  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase  51.67 
 
 
383 aa  363  3e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.132342  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3088  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.56 
 
 
376 aa  340  2e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.151695  normal  0.231095 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1477  hypothetical protein  49.34 
 
 
370 aa  340  2e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.801801 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11566  hypothetical protein  51.31 
 
 
375 aa  340  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3987  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.07 
 
 
369 aa  338  9.999999999999999e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0898704  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1469  hypothetical protein  46.88 
 
 
378 aa  305  8.000000000000001e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11922  hypothetical protein  43.83 
 
 
376 aa  300  3e-80  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2717  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.5 
 
 
376 aa  286  4e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.846884  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2761  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.5 
 
 
376 aa  286  4e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.812595  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2747  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.5 
 
 
376 aa  286  4e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0296981 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3005  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.44 
 
 
376 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.558356 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3286  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.06 
 
 
377 aa  281  2e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3815  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.85 
 
 
367 aa  272  9e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2724  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.41 
 
 
367 aa  268  1e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.436171  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5214  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.64 
 
 
373 aa  263  3e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.149834 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4626  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.34 
 
 
373 aa  262  6.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4714  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.34 
 
 
373 aa  262  6.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2835  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.33 
 
 
373 aa  262  8e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0500011 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.6 
 
 
373 aa  262  8.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.498712  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6298  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.95 
 
 
372 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.344947  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1544  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.83 
 
 
373 aa  256  3e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0048  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.33 
 
 
375 aa  255  1.0000000000000001e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2638  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.04 
 
 
373 aa  252  9.000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.805043  normal  0.215652 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3958  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.52 
 
 
378 aa  249  6e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4837  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.58 
 
 
371 aa  249  8e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0000132292  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5309  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.99 
 
 
380 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.1832 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1779  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.66 
 
 
377 aa  182  6e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.883896  normal  0.0611887 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.53 
 
 
360 aa  169  9e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.66 
 
 
331 aa  138  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1088  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.28 
 
 
363 aa  126  7e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03855  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07940)  29.53 
 
 
346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  26.87 
 
 
363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0933  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.81 
 
 
380 aa  119  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126178  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  24.87 
 
 
323 aa  119  7.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4574  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.07 
 
 
360 aa  119  7.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0937  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.96 
 
 
355 aa  119  9e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0919  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.96 
 
 
355 aa  119  9e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.2 
 
 
338 aa  119  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1419  nitropropane dioxygenase  26.85 
 
 
363 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.51 
 
 
314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1290  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.97 
 
 
378 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.62886  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  26.51 
 
 
314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1257  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  26.55 
 
 
364 aa  116  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.36 
 
 
313 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1457  2-nitropropane dioxygenase  26.72 
 
 
365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.907571 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.24 
 
 
309 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1526  2-nitropropane dioxygenase  26.55 
 
 
364 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1255  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  26.72 
 
 
364 aa  114  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  27.23 
 
 
326 aa  114  3e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1483  2-nitropropane dioxygenase  26.15 
 
 
364 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1418  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.2 
 
 
357 aa  112  8.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.382357  normal  0.0781529 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1283  2-nitropropane dioxygenase  26.55 
 
 
364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2755  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.97 
 
 
359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0669905  normal  0.0255247 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1385  2-nitropropane dioxygenase  26.55 
 
 
364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.1 
 
 
315 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4414  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.02 
 
 
321 aa  109  7.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.15 
 
 
325 aa  108  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.36 
 
 
353 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.917216  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3992  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.53 
 
 
361 aa  108  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.51 
 
 
317 aa  107  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  25.33 
 
 
316 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  25.2 
 
 
316 aa  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  26.54 
 
 
317 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  27.87 
 
 
315 aa  105  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06031  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G09850)  26.57 
 
 
355 aa  104  3e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.796468 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2942  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.12 
 
 
350 aa  104  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2972  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  26.36 
 
 
359 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24605  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7295  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.44 
 
 
311 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3542  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.34 
 
 
361 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0130805 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.03 
 
 
319 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2392  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.31 
 
 
363 aa  101  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.895701 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1015  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.04 
 
 
367 aa  100  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1908  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.19 
 
 
350 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.430969  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.42 
 
 
319 aa  100  6e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.63 
 
 
334 aa  99.8  7e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0098  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.22 
 
 
313 aa  99  1e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.718222  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02830  2-nitropropane dioxygenase, putative  28.01 
 
 
409 aa  99  1e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2147  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.2 
 
 
354 aa  99.4  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3501  2-nitropropane dioxygenase, NPD  25 
 
 
356 aa  99  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3082  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.97 
 
 
354 aa  99.4  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.926981  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1140  hypothetical protein  26.25 
 
 
355 aa  97.8  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3196  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.17 
 
 
358 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  24.59 
 
 
321 aa  97.8  3e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2091  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.32 
 
 
362 aa  96.7  6e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3609  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.82 
 
 
323 aa  96.7  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11150  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  27.42 
 
 
323 aa  96.3  7e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1435  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.88 
 
 
362 aa  95.9  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.212936  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3827  hypothetical protein  28.57 
 
 
361 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.321595 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0640  2-nitropropane dioxygenase, NPD  27.13 
 
 
316 aa  94.4  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000697959  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0471  dioxygenase  28.19 
 
 
359 aa  94.4  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1135  hypothetical protein  25.68 
 
 
350 aa  94.7  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0562  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.76 
 
 
378 aa  94  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000315665 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>