More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0471 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0471  dioxygenase  100 
 
 		 359 aa  727    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0476  2-nitropropane dioxygenase, NPD  92.22 
 
 		 353 aa  655    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  91.64 
 
 		 353 aa  645    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0474  2-nitropropane dioxygenase, NPD  91.43 
 
 		 353 aa  650    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0445  2-nitropropane dioxygenase NPD  84.73 
 
 		 349 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3814  2-nitropropane dioxygenase NPD  84.44 
 
 		 349 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3888  2-nitropropane dioxygenase NPD  84.73 
 
 		 349 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3371  2-nitropropane dioxygenase, NPD  82.13 
 
 		 354 aa  594  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.940632  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4010  2-nitropropane dioxygenase NPD  83.29 
 
 		 349 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2774  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.18 
 
 		 344 aa  449  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3305  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.01 
 
 		 352 aa  436  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3247  dioxygenase  63.66 
 
 		 352 aa  427  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0319665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3902  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.71 
 
 		 346 aa  414  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.721372  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2656  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.06 
 
 		 352 aa  410  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0351221 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3007  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.5 
 
 		 353 aa  410  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0562  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.29 
 
 		 378 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000315665 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.23 
 
 		 348 aa  404  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0127053 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000711  enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (FMN)  57.06 
 
 		 356 aa  403  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00491947  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1908  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.63 
 
 		 350 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.430969  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2734  putative oxidoreductase protein  58.41 
 
 		 348 aa  381  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2091  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.85 
 
 		 362 aa  378  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1878  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.68 
 
 		 361 aa  376  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.842086 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3196  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.84 
 
 		 358 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.41 
 
 		 353 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.917216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2755  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.37 
 
 		 359 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0669905  normal  0.0255247 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3542  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.84 
 
 		 361 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0130805 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3082  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.6 
 
 		 354 aa  364  2e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.926981  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3827  hypothetical protein  55.75 
 
 		 361 aa  362  6e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.321595 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5538  2-nitropropane dioxygenase NPD  52.23 
 
 		 364 aa  361  9e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.485511  normal  0.0535988 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1943  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.75 
 
 		 361 aa  358  7e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2972  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  52.2 
 
 		 359 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24605  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4565  2-nitropropane dioxygenase NPD  52.56 
 
 		 381 aa  355  6.999999999999999e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.190968 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4822  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.86 
 
 		 356 aa  352  5e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3745  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.86 
 
 		 356 aa  352  5e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6840  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.06 
 
 		 361 aa  350  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437449  normal  0.0843125 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0817  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.39 
 
 		 356 aa  344  2e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4714  putative 2-nitropropane dioxygenase  50.88 
 
 		 358 aa  342  5e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05464  oxidoreductase protein  53.56 
 
 		 362 aa  341  1e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.103651 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3522  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.59 
 
 		 358 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0118514  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2278  2-nitropropane dioxygenase, NPD  51.18 
 
 		 356 aa  338  5.9999999999999996e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0823525  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  51.18 
 
 		 358 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.769638  normal  0.0464074 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5278  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.78 
 
 		 350 aa  332  4e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4738  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.62 
 
 		 350 aa  332  6e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.217628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2259  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.74 
 
 		 371 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.392208 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0781  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.01 
 
 		 382 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267134  normal  0.0688656 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4343  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.31 
 
 		 354 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  hitchhiker  0.000436527 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3019  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.85 
 
 		 358 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1015  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.57 
 
 		 367 aa  320  3e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5374  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.92 
 
 		 356 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.143868  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3454  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.61 
 
 		 356 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.61 
 
 		 356 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.688478 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5205  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.59 
 
 		 350 aa  311  9e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.512596  normal  0.256944 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09580  hypothetical protein  46.02 
 
 		 351 aa  264  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2147  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.1 
 
 		 354 aa  263  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0896  hypothetical protein  45.17 
 
 		 351 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.15 
 
 		 376 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.241888  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0279  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.82 
 
 		 357 aa  246  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3310  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.17 
 
 		 350 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1549  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.4 
 
 		 366 aa  242  9e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.486705  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6375  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.19 
 
 		 353 aa  240  2e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1628  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.28 
 
 		 366 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.879013 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2942  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.11 
 
 		 350 aa  236  4e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6745  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.33 
 
 		 367 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.566568 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7097  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.67 
 
 		 366 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3136  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.25 
 
 		 351 aa  231  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.278577  normal  0.604759 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0919  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.28 
 
 		 355 aa  226  7e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0937  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.28 
 
 		 355 aa  226  7e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1606  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.44 
 
 		 366 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.433617  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4869  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.7 
 
 		 366 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.171146 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1318  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.82 
 
 		 354 aa  220  3e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0271  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.98 
 
 		 365 aa  217  2e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4144  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.87 
 
 		 366 aa  216  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1176  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.3 
 
 		 348 aa  212  7e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4574  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.46 
 
 		 360 aa  211  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3992  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.63 
 
 		 361 aa  210  3e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0207  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.01 
 
 		 356 aa  208  1e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2459  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.43 
 
 		 353 aa  206  6e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.36207 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8522  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.88 
 
 		 351 aa  202  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1257  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  36.16 
 
 		 364 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1418  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.82 
 
 		 357 aa  201  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.382357  normal  0.0781529 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1255  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  36.44 
 
 		 364 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1457  2-nitropropane dioxygenase  36.16 
 
 		 365 aa  200  3e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.907571 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1526  2-nitropropane dioxygenase  35.88 
 
 		 364 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1283  2-nitropropane dioxygenase  35.88 
 
 		 364 aa  199  5e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1385  2-nitropropane dioxygenase  35.88 
 
 		 364 aa  199  5e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  36.34 
 
 		 363 aa  199  6e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1290  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.38 
 
 		 378 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.62886  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1483  2-nitropropane dioxygenase  35.59 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1419  nitropropane dioxygenase  34.75 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1140  hypothetical protein  37.82 
 
 		 355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0756  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.16 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1135  hypothetical protein  36.81 
 
 		 350 aa  194  3e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1088  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.29 
 
 		 363 aa  193  4e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3380  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.64 
 
 		 359 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0188  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.14 
 
 		 354 aa  192  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2392  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.71 
 
 		 363 aa  191  1e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895701 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0191  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.23 
 
 		 359 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3501  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.21 
 
 		 356 aa  183  5.0000000000000004e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0204  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.94 
 
 		 359 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0014  2-nitropropane dioxygenase protein  34 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.859986  hitchhiker  0.00286829 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>