More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1878 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1878  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 		 361 aa  738    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.842086 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000711  enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (FMN)  60.5 
 
 		 356 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00491947  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.36 
 
 		 348 aa  435  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0127053 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2734  putative oxidoreductase protein  55.97 
 
 		 348 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2656  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.6 
 
 		 352 aa  396  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0351221 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3888  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.81 
 
 		 349 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4010  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.73 
 
 		 349 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0445  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.52 
 
 		 349 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3814  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.94 
 
 		 349 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3371  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.65 
 
 		 354 aa  385  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.940632  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0476  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.49 
 
 		 353 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0474  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.07 
 
 		 353 aa  378  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0471  dioxygenase  54.68 
 
 		 359 aa  376  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.94 
 
 		 353 aa  376  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2774  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.8 
 
 		 344 aa  371  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1908  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.08 
 
 		 350 aa  374  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.430969  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3902  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.28 
 
 		 346 aa  371  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.721372  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0562  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.8 
 
 		 378 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000315665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2755  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.14 
 
 		 359 aa  343  4e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0669905  normal  0.0255247 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3305  2-nitropropane dioxygenase NPD  52.51 
 
 		 352 aa  342  5e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3542  2-nitropropane dioxygenase NPD  52.75 
 
 		 361 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0130805 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2972  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  49.86 
 
 		 359 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24605  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3007  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.89 
 
 		 353 aa  338  9.999999999999999e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.99 
 
 		 353 aa  333  3e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.917216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3247  dioxygenase  52.12 
 
 		 352 aa  333  4e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0319665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3196  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.58 
 
 		 358 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5538  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.04 
 
 		 364 aa  329  4e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.485511  normal  0.0535988 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3827  hypothetical protein  52.19 
 
 		 361 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.321595 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3082  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.57 
 
 		 354 aa  328  9e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.926981  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1943  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.46 
 
 		 361 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3745  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.05 
 
 		 356 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4822  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.05 
 
 		 356 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2091  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.14 
 
 		 362 aa  323  4e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6840  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.13 
 
 		 361 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437449  normal  0.0843125 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4738  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.99 
 
 		 350 aa  315  8e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.217628  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05464  oxidoreductase protein  50.76 
 
 		 362 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.103651 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2259  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.13 
 
 		 371 aa  308  9e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.392208 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5278  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.16 
 
 		 350 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0781  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.29 
 
 		 382 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267134  normal  0.0688656 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3522  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.54 
 
 		 358 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0118514  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1015  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.06 
 
 		 367 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4343  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.86 
 
 		 354 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  hitchhiker  0.000436527 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4565  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.89 
 
 		 381 aa  300  4e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.190968 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5374  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.29 
 
 		 356 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.143868  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3454  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.29 
 
 		 356 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.29 
 
 		 356 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.688478 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0817  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.49 
 
 		 356 aa  296  3e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4714  putative 2-nitropropane dioxygenase  44.76 
 
 		 358 aa  295  9e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2278  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.51 
 
 		 356 aa  293  3e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0823525  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5205  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.01 
 
 		 350 aa  292  7e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.512596  normal  0.256944 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3019  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.2 
 
 		 358 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.35 
 
 		 358 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.769638  normal  0.0464074 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2147  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.28 
 
 		 354 aa  243  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3992  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.91 
 
 		 361 aa  195  9e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6745  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.64 
 
 		 367 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.566568 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2459  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.11 
 
 		 353 aa  194  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.36207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09580  hypothetical protein  35.75 
 
 		 351 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0279  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.35 
 
 		 357 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4574  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.49 
 
 		 360 aa  191  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7097  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.5 
 
 		 366 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1318  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.63 
 
 		 354 aa  191  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0896  hypothetical protein  35.47 
 
 		 351 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2942  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.47 
 
 		 350 aa  188  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.46 
 
 		 376 aa  188  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.241888  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0937  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.61 
 
 		 355 aa  188  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0919  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.61 
 
 		 355 aa  188  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6375  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.21 
 
 		 353 aa  186  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1549  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.07 
 
 		 366 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.486705  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0271  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.57 
 
 		 365 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3310  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.01 
 
 		 350 aa  179  7e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3136  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.14 
 
 		 351 aa  179  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.278577  normal  0.604759 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1176  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.24 
 
 		 348 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1628  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.46 
 
 		 366 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.879013 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8522  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.98 
 
 		 351 aa  176  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3501  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.33 
 
 		 356 aa  173  5e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1418  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.7 
 
 		 357 aa  172  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.382357  normal  0.0781529 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1290  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.53 
 
 		 378 aa  171  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.62886  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1606  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.36 
 
 		 366 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.433617  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0207  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.65 
 
 		 356 aa  170  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0029  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.67 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.58495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4869  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.87 
 
 		 366 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.171146 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  31.18 
 
 		 363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_56894  2-nitropropane dioxygenases  31.84 
 
 		 385 aa  167  2.9999999999999998e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.079976 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1088  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.65 
 
 		 363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4144  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.62 
 
 		 366 aa  165  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1419  nitropropane dioxygenase  31.56 
 
 		 363 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2684  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.49 
 
 		 344 aa  162  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0188  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.07 
 
 		 354 aa  160  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3779  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.35 
 
 		 353 aa  159  9e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1257  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  31.33 
 
 		 364 aa  158  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0014  2-nitropropane dioxygenase protein  31.27 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.859986  hitchhiker  0.00286829 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1526  2-nitropropane dioxygenase  31.12 
 
 		 364 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2392  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.34 
 
 		 363 aa  158  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895701 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1483  2-nitropropane dioxygenase  31.12 
 
 		 364 aa  158  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1255  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  31.63 
 
 		 364 aa  158  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1457  2-nitropropane dioxygenase  31.42 
 
 		 365 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.907571 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1283  2-nitropropane dioxygenase  31.12 
 
 		 364 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1385  2-nitropropane dioxygenase  31.12 
 
 		 364 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12794  hypothetical protein  35.04 
 
 		 344 aa  155  8e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0024  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.86 
 
 		 351 aa  154  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00178014  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>