More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3019 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3019  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 		 358 aa  711    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2259  2-nitropropane dioxygenase, NPD  80.62 
 
 		 371 aa  531  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.392208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4714  putative 2-nitropropane dioxygenase  73.67 
 
 		 358 aa  518  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  77.87 
 
 		 358 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.769638  normal  0.0464074 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2278  2-nitropropane dioxygenase, NPD  75 
 
 		 356 aa  514  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0823525  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3522  2-nitropropane dioxygenase NPD  75.63 
 
 		 358 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0118514  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2972  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  58.15 
 
 		 359 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24605  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2755  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.78 
 
 		 359 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0669905  normal  0.0255247 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.5 
 
 		 353 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.917216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3082  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.91 
 
 		 354 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.926981  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1015  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.44 
 
 		 367 aa  394  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05464  oxidoreductase protein  60.22 
 
 		 362 aa  390  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.103651 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2091  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.94 
 
 		 362 aa  390  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5278  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.83 
 
 		 350 aa  390  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3196  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.26 
 
 		 358 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4822  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.07 
 
 		 356 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4565  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.46 
 
 		 381 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.190968 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3745  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.07 
 
 		 356 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3542  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.13 
 
 		 361 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0130805 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4738  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.02 
 
 		 350 aa  381  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.217628  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3827  hypothetical protein  56.58 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.321595 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5538  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.4 
 
 		 364 aa  373  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.485511  normal  0.0535988 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5205  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.42 
 
 		 350 aa  371  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.512596  normal  0.256944 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6840  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.73 
 
 		 361 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437449  normal  0.0843125 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1943  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.86 
 
 		 361 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3902  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.53 
 
 		 346 aa  349  5e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.721372  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3371  2-nitropropane dioxygenase, NPD  50.44 
 
 		 354 aa  346  4e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.940632  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0476  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.86 
 
 		 353 aa  344  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4343  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.38 
 
 		 354 aa  344  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  hitchhiker  0.000436527 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0445  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.73 
 
 		 349 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0562  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.67 
 
 		 378 aa  342  4e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000315665 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3814  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.44 
 
 		 349 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0817  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.14 
 
 		 356 aa  341  1e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2774  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.06 
 
 		 344 aa  340  2.9999999999999998e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0781  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.79 
 
 		 382 aa  339  4e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267134  normal  0.0688656 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4010  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.73 
 
 		 349 aa  339  4e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5374  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.38 
 
 		 356 aa  339  4e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.143868  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3888  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.44 
 
 		 349 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3454  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.38 
 
 		 356 aa  338  8e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.38 
 
 		 356 aa  338  8e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.688478 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.57 
 
 		 353 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0474  2-nitropropane dioxygenase, NPD  49.28 
 
 		 353 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0471  dioxygenase  49.71 
 
 		 359 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2656  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.67 
 
 		 352 aa  334  1e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0351221 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.59 
 
 		 348 aa  327  3e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0127053 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1908  2-nitropropane dioxygenase, NPD  51.32 
 
 		 350 aa  326  4.0000000000000003e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.430969  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000711  enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (FMN)  46.76 
 
 		 356 aa  322  9.000000000000001e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00491947  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3305  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.53 
 
 		 352 aa  316  3e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1878  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.38 
 
 		 361 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.842086 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3007  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.97 
 
 		 353 aa  306  3e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3247  dioxygenase  52.49 
 
 		 352 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0319665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2734  putative oxidoreductase protein  45.4 
 
 		 348 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2147  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.24 
 
 		 354 aa  248  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.15 
 
 		 376 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.241888  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2942  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.07 
 
 		 350 aa  221  9.999999999999999e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0271  2-nitropropane dioxygenase, NPD  44.25 
 
 		 365 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3136  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.76 
 
 		 351 aa  219  6e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.278577  normal  0.604759 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6745  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.66 
 
 		 367 aa  215  9e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.566568 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0896  hypothetical protein  41.38 
 
 		 351 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0279  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.49 
 
 		 357 aa  213  5.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09580  hypothetical protein  40.17 
 
 		 351 aa  212  9e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1549  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.34 
 
 		 366 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.486705  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2459  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.3 
 
 		 353 aa  207  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.36207 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6375  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.95 
 
 		 353 aa  205  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1628  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.66 
 
 		 366 aa  204  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.879013 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7097  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.13 
 
 		 366 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3310  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.13 
 
 		 350 aa  199  7.999999999999999e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1140  hypothetical protein  34.9 
 
 		 355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4574  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.19 
 
 		 360 aa  195  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4869  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.35 
 
 		 366 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.171146 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0919  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.93 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0937  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.93 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1135  hypothetical protein  34.6 
 
 		 350 aa  192  1e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2392  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.14 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895701 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1606  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.28 
 
 		 366 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.433617  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3992  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.23 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3380  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.42 
 
 		 359 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1290  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.84 
 
 		 378 aa  189  5e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.62886  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1526  2-nitropropane dioxygenase  32.29 
 
 		 364 aa  189  8e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1483  2-nitropropane dioxygenase  32.58 
 
 		 364 aa  188  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3501  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.04 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1088  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.63 
 
 		 363 aa  186  4e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0207  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.64 
 
 		 356 aa  186  8e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1255  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  32.58 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1257  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  32.01 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4144  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.55 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0191  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.83 
 
 		 359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1457  2-nitropropane dioxygenase  32.12 
 
 		 365 aa  183  3e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.907571 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  32.12 
 
 		 363 aa  184  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1283  2-nitropropane dioxygenase  32.01 
 
 		 364 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1385  2-nitropropane dioxygenase  32.01 
 
 		 364 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0188  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.88 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1419  nitropropane dioxygenase  32.4 
 
 		 363 aa  179  4e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1318  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.26 
 
 		 354 aa  179  7e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8522  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.59 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1176  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.26 
 
 		 348 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0204  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.24 
 
 		 359 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4328  putative 2-nitropropane dioxygenase  38.15 
 
 		 368 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1418  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.13 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.382357  normal  0.0781529 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0259  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.58 
 
 		 360 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>